More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0071 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0071  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  100 
 
 
166 aa  342  1e-93  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00130  tRNA-adenosine deaminase  58.75 
 
 
172 aa  193  1e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12760  tRNA-adenosine deaminase  56.49 
 
 
206 aa  181  4.0000000000000006e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0255164  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0088  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.2 
 
 
167 aa  177  8e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3563  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54 
 
 
166 aa  176  9e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.67 
 
 
152 aa  176  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1416  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.33 
 
 
152 aa  174  5e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3763  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.84 
 
 
150 aa  172  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.253802  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3629  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.63 
 
 
166 aa  170  9e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0015  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  55.1 
 
 
165 aa  170  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0018  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.33 
 
 
160 aa  168  4e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000222669  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20800  tRNA-adenosine deaminase  51.7 
 
 
159 aa  168  4e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.3528e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0009  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.55 
 
 
148 aa  167  7e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000143091  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  53.42 
 
 
154 aa  167  9e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3524  tRNA-adenosine deaminase  54.67 
 
 
171 aa  166  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0595  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.11 
 
 
156 aa  165  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0055  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  51.37 
 
 
176 aa  165  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0581  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  54.11 
 
 
156 aa  165  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.679154  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0022  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  54 
 
 
166 aa  165  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.015213  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0024  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  54 
 
 
166 aa  165  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000145543  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4941  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  55.94 
 
 
168 aa  165  2.9999999999999998e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2018  tRNA-adenosine deaminase  54.55 
 
 
144 aa  164  4e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0019  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  53.55 
 
 
166 aa  164  5e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0510921  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5296  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  53.33 
 
 
166 aa  164  5e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000172102  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0017  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.33 
 
 
164 aa  164  5.9999999999999996e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0616301  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1331  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.67 
 
 
182 aa  163  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.324375 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1396  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.67 
 
 
182 aa  163  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.355926  normal  0.109007 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2131  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  54.93 
 
 
151 aa  163  9e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000198227  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0022  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  53.33 
 
 
166 aa  162  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0020  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  53.33 
 
 
166 aa  162  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  53.33 
 
 
166 aa  162  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3779  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.87 
 
 
154 aa  162  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.142761  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  53.33 
 
 
166 aa  162  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.125537  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  53.33 
 
 
166 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.736614  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3696  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.45 
 
 
183 aa  162  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0595885  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3638  tRNA-adenosine deaminase  57.75 
 
 
160 aa  161  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0204  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  48.67 
 
 
168 aa  159  1e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.938161  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1451  putative hydrolase protein  50.63 
 
 
183 aa  160  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.849244 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3115  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.05 
 
 
162 aa  159  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2509  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.37 
 
 
154 aa  159  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0557203  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0017  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.63 
 
 
164 aa  159  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.387948  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3111  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.52 
 
 
157 aa  157  8e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00240862  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3619  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  50.68 
 
 
166 aa  155  2e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0325  tRNA-adenosine deaminase  51.06 
 
 
170 aa  155  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00296157  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2603  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  52.63 
 
 
155 aa  155  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000499641  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0013  hypothetical protein  48.63 
 
 
151 aa  155  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000252281  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0065  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  50.67 
 
 
179 aa  155  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.289308  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3324  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  47.2 
 
 
176 aa  155  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1840  tRNA-adenosine deaminase  51.63 
 
 
168 aa  155  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0533758  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0327  putative deaminase  52.05 
 
 
159 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.69995e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0014  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  49.02 
 
 
156 aa  154  7e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2493  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  53.79 
 
 
158 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0230  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.37 
 
 
165 aa  151  2.9999999999999998e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.617159  normal  0.0212463 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0367  cytosine/adenosine deaminase  46 
 
 
160 aa  152  2.9999999999999998e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000211246 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1225  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  49.66 
 
 
163 aa  151  4e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.800541  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2394  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.07 
 
 
198 aa  149  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2437  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.07 
 
 
198 aa  149  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142608  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1285  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.07 
 
 
198 aa  149  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.26979  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2538  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.07 
 
 
198 aa  149  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287066  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3297  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.07 
 
 
198 aa  149  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.62763  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2062  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  53.37 
 
 
194 aa  150  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0280  tRNA-adenosine deaminase  50.34 
 
 
176 aa  149  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2013  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.07 
 
 
198 aa  149  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4191  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.68 
 
 
159 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0274  tRNA-adenosine deaminase  48 
 
 
168 aa  149  2e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6871  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  52.71 
 
 
147 aa  148  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.385283 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2447  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  53.42 
 
 
461 aa  148  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.683334 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3536  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  56.29 
 
 
152 aa  148  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1846  tRNA-adenosine deaminase  46.05 
 
 
177 aa  147  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.916039  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1272  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  53.47 
 
 
148 aa  147  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2644  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  48.34 
 
 
164 aa  147  6e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2704  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.87 
 
 
154 aa  147  7e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3399  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.87 
 
 
154 aa  147  7e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.837271  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3893  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.14 
 
 
161 aa  146  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2502  tRNA-adenosine deaminase  46.36 
 
 
161 aa  146  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211119  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0635  tRNA-specific adenosine deaminase  49.32 
 
 
148 aa  146  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.481891  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0737  tRNA-specific adenosine deaminase  49.32 
 
 
148 aa  146  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1997  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  50 
 
 
411 aa  146  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.382734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1145  tRNA-specific adenosine deaminase  46.15 
 
 
200 aa  146  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9319  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  58.59 
 
 
154 aa  146  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.91468  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  50 
 
 
484 aa  145  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.323933  normal  0.500889 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1251  tRNA-specific adenosine deaminase  46.15 
 
 
187 aa  145  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0516611  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1956  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  50 
 
 
193 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0741  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  47.97 
 
 
177 aa  145  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0888  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.97 
 
 
177 aa  145  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2264  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  50.36 
 
 
181 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000142338  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00919  tRNA-specific adenosine deaminase  49.37 
 
 
170 aa  145  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0773913  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0518  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.9 
 
 
158 aa  145  3e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.63405  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3621  tRNA-specific adenosine deaminase  46.15 
 
 
200 aa  145  3e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4585  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.35 
 
 
178 aa  144  5e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.639578 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0202  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  53.6 
 
 
153 aa  144  6e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1883  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.9 
 
 
159 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.839631  normal  0.641763 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2996  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.27 
 
 
174 aa  144  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2773  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.33 
 
 
164 aa  143  8.000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3417  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  51.68 
 
 
158 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1238  tRNA-adenosine deaminase  46.1 
 
 
222 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.62 
 
 
231 aa  143  9e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1302  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.35 
 
 
187 aa  143  9e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0817948 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0025  tRNA-adenosine deaminase  48.25 
 
 
150 aa  143  9e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000596631  hitchhiker  0.00000110312 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1920  tRNA-adenosine deaminase  53.52 
 
 
196 aa  143  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.277263  normal  0.409738 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>