More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0053 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0053  RNA methyltransferase, TrmA family  100 
 
 		 415 aa  862    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  44.39 
 
 		 401 aa  343  2e-93  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.368035  normal  0.582976 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2903  RNA methyltransferase, TrmA family  40.32 
 
 		 438 aa  317  3e-85  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1654  RNA methyltransferase  40.79 
 
 		 554 aa  312  9e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000278759  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02120  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  37.33 
 
 		 543 aa  298  1e-79  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  39.71 
 
 		 457 aa  292  7e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  38.11 
 
 		 460 aa  285  7e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  38.29 
 
 		 458 aa  283  6.000000000000001e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  37.86 
 
 		 453 aa  282  9e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  37.5 
 
 		 454 aa  281  2e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  38.05 
 
 		 458 aa  280  4e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  37.8 
 
 		 458 aa  279  6e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  36.5 
 
 		 459 aa  279  7e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  37.8 
 
 		 458 aa  278  9e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  37.8 
 
 		 458 aa  278  9e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  37.8 
 
 		 458 aa  278  1e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  36.71 
 
 		 455 aa  276  6e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1438  RNA methyltransferase  38.17 
 
 		 459 aa  275  8e-73  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  37.32 
 
 		 454 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1951  RNA methyltransferase  36.52 
 
 		 453 aa  275  1.0000000000000001e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.602794  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  37.56 
 
 		 458 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  37.56 
 
 		 454 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  37.56 
 
 		 458 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1985  RNA methyltransferase  36.52 
 
 		 453 aa  275  1.0000000000000001e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  36.47 
 
 		 455 aa  274  3e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  37.38 
 
 		 468 aa  266  5.999999999999999e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  35.85 
 
 		 460 aa  266  7e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1435  RNA methyltransferase  34.95 
 
 		 456 aa  261  2e-68  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  36.23 
 
 		 453 aa  258  1e-67  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0703  RNA methyltransferase, TrmA family  35.61 
 
 		 448 aa  256  5e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0633  RNA methyltransferase  34.99 
 
 		 451 aa  249  6e-65  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.449857  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1577  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  33.98 
 
 		 464 aa  242  7.999999999999999e-63  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1674  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  35.61 
 
 		 458 aa  235  1.0000000000000001e-60  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0451  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  34.33 
 
 		 463 aa  233  5e-60  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.450901  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0406  RNA methyltransferase  33.41 
 
 		 459 aa  231  2e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  34.96 
 
 		 458 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0455  RNA methyltransferase, TrmA family  33.9 
 
 		 451 aa  226  6e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  33.25 
 
 		 459 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  34.06 
 
 		 459 aa  224  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  33.25 
 
 		 459 aa  224  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  33.25 
 
 		 459 aa  224  2e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1308  RNA methyltransferase, TrmA family  33.74 
 
 		 467 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  33.25 
 
 		 459 aa  224  2e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0428  RNA methyltransferase, TrmA family  32.29 
 
 		 460 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  32.93 
 
 		 459 aa  224  3e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  33.09 
 
 		 459 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  33.09 
 
 		 459 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  33.01 
 
 		 458 aa  223  6e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  33.82 
 
 		 453 aa  222  9.999999999999999e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0535  RNA methyltransferase  34.53 
 
 		 465 aa  221  9.999999999999999e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  33.41 
 
 		 457 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4832  RNA methyltransferase, TrmA family  32.36 
 
 		 459 aa  218  1e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000374128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1493  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  33.83 
 
 		 450 aa  217  2e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00115343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0423  tRNA methyltransferase, TrmA family  31.63 
 
 		 439 aa  216  5.9999999999999996e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0413  RNA methyltransferase  33.01 
 
 		 451 aa  212  7.999999999999999e-54  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3654  TrmA family RNA methyltransferase  31.23 
 
 		 455 aa  212  1e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.412422  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0391  RNA methyltransferase, TrmA family  33.17 
 
 		 457 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  33.33 
 
 		 460 aa  203  5e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1354  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  31.7 
 
 		 456 aa  200  3e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.452487  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.97 
 
 		 485 aa  199  9e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  31.16 
 
 		 460 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0862  RNA methyltransferase, TrmA family  33.02 
 
 		 472 aa  195  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  28.4 
 
 		 454 aa  192  1e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  31.05 
 
 		 455 aa  191  2e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1235  RNA methyltransferase, TrmA family  29.81 
 
 		 462 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  33.25 
 
 		 489 aa  189  8e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14811  SAM-dependent methyltransferase  31.82 
 
 		 465 aa  187  2e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0686712 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1989  RNA methyltransferase, TrmA family  28.28 
 
 		 451 aa  187  3e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0553091  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0147  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  30.1 
 
 		 496 aa  186  5e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.689993  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2695  RNA methyltransferase  30.14 
 
 		 457 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  32.37 
 
 		 436 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2557  RNA methyltransferase, TrmA family  31.52 
 
 		 466 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  30.27 
 
 		 439 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1688  RNA methyltransferase, TrmA family  31.69 
 
 		 476 aa  181  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.618499 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2487  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  29.22 
 
 		 513 aa  181  2e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0134453  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  30.05 
 
 		 452 aa  180  4.999999999999999e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2500  RNA methyltransferase  29.55 
 
 		 470 aa  178  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  30.27 
 
 		 439 aa  177  2e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0089  RNA methyltransferase  28.99 
 
 		 468 aa  174  2.9999999999999996e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000133484  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1355  RNA methyltransferase  30.7 
 
 		 463 aa  174  2.9999999999999996e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.547923  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4083  RNA methyltransferase, TrmA family  28.67 
 
 		 461 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  29.59 
 
 		 488 aa  171  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  29.62 
 
 		 471 aa  172  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4122  RNA methyltransferase, TrmA family  28.67 
 
 		 461 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.840048 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0994  RNA methyltransferase, TrmA family  28.54 
 
 		 457 aa  171  1e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  29.85 
 
 		 447 aa  171  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3623  RNA methyltransferase, TrmA family  30.72 
 
 		 481 aa  170  3e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2157  RNA methyltransferase, TrmA family  31.07 
 
 		 471 aa  170  3e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.615925  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1077  RNA methyltransferase, TrmA family  30.5 
 
 		 465 aa  170  4e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000901811  normal  0.660905 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0571  RNA methyltransferase, TrmA family  27.59 
 
 		 473 aa  167  2e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2028  23S rRNA methyltransferase/RumA  30.5 
 
 		 477 aa  167  2e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  29.02 
 
 		 572 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2518  RNA methyltransferase  29.52 
 
 		 479 aa  166  5e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0005  TrmA family RNA methyltransferase  30.05 
 
 		 468 aa  166  5.9999999999999996e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  25.98 
 
 		 446 aa  166  9e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2332  RNA methyltransferase, TrmA family  28.07 
 
 		 478 aa  165  1.0000000000000001e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.45026 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1868  RNA methyltransferase, TrmA family  29.66 
 
 		 485 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0782  RNA methyltransferase, TrmA family  29.38 
 
 		 456 aa  164  3e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.14607  normal  0.115427 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2126  23S rRNA methyltransferase  29.7 
 
 		 476 aa  162  1e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.965938  normal  0.654469 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08576  putative RNA methyltransferase  27.42 
 
 		 470 aa  162  1e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.695835  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>