More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0012 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0012  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 
332 aa  689    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.294496  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1896  sugar-binding transcriptional regulator RegR  41.09 
 
 
333 aa  269  5e-71  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.150149  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0403  GalR family transcription regulator  37.27 
 
 
337 aa  216  5e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625005  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0407  LacI family transcription regulator  36.67 
 
 
337 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.210448  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  28.34 
 
 
338 aa  142  7e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  27.19 
 
 
339 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  27.11 
 
 
330 aa  139  6e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  27.78 
 
 
337 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  28.22 
 
 
332 aa  134  3e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  26.33 
 
 
347 aa  129  9.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0292  LacI family transcription regulator  26.65 
 
 
341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00151755  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  26.79 
 
 
353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  25.74 
 
 
346 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  25.74 
 
 
346 aa  125  9e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.13 
 
 
336 aa  125  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  27.1 
 
 
332 aa  125  1e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0484  LacI family transcription regulator  28.1 
 
 
335 aa  125  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  28.25 
 
 
346 aa  124  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  27.41 
 
 
346 aa  124  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  26.81 
 
 
347 aa  123  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0061  LacI family transcription regulator  25.95 
 
 
344 aa  122  7e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  28.88 
 
 
337 aa  122  9e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1668  LacI family transcription regulator  29.32 
 
 
335 aa  120  1.9999999999999998e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012495  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  26.52 
 
 
333 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29 
 
 
335 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0693  transcriptional regulator, LacI family  25.66 
 
 
354 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0058  LacI family transcription regulator  25.98 
 
 
338 aa  119  6e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3703  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.62 
 
 
338 aa  119  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1003  LacI family transcription regulator  26.21 
 
 
337 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0498  LacI family transcription regulator  29.11 
 
 
325 aa  118  9.999999999999999e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0182598  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2564  LacI family transcription regulator  27.04 
 
 
339 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.199542 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  26.17 
 
 
348 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1738  LacI family transcription regulator  27.19 
 
 
358 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.274916  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1245  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  25.57 
 
 
337 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  25.57 
 
 
340 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  26.61 
 
 
329 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  29.09 
 
 
337 aa  117  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1186  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  25.57 
 
 
337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  27.16 
 
 
333 aa  116  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0999  LacI family transcription regulator  25.57 
 
 
337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1002  LacI family transcription regulator  25.57 
 
 
337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1164  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  25.57 
 
 
337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1286  LacI family transcription regulator  25.15 
 
 
338 aa  116  5e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000013505  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1086  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  25.57 
 
 
325 aa  116  6e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  24.85 
 
 
339 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3380  transcriptional regulator PtxS  27.19 
 
 
339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.333102 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1186  transcriptional regulator, LacI family  26.3 
 
 
358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0882106  normal  0.328337 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4188  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  25.24 
 
 
338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.319231  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.93 
 
 
352 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35370  transcriptional regulator PtxS  26.54 
 
 
340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0118446  normal  0.0830147 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  24.37 
 
 
334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  26.99 
 
 
323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  25.77 
 
 
334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  26.45 
 
 
333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  26.45 
 
 
333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  26.45 
 
 
333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5122  transcriptional regulator, LacI family  27.3 
 
 
356 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.958101  normal  0.135885 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  26.23 
 
 
326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  25.32 
 
 
340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  25.57 
 
 
340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  28.48 
 
 
342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  26.45 
 
 
333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1296  catabolite control protein A  25.15 
 
 
329 aa  113  3e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.48685  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  24.7 
 
 
340 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  26.69 
 
 
323 aa  114  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  25.67 
 
 
338 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0837  alanine racemase  25.24 
 
 
337 aa  114  3e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  26.69 
 
 
323 aa  114  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2378  regulatory protein, LacI  27.19 
 
 
339 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1601  alanine racemase  26.06 
 
 
337 aa  114  3e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.520299  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  28.4 
 
 
335 aa  114  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  26.45 
 
 
333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0343  transcriptional regulator, LacI family  25.99 
 
 
327 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4604  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.3 
 
 
351 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4417  transcriptional regulator, LacI family  26.76 
 
 
351 aa  113  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.68385 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.47 
 
 
323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  26.38 
 
 
323 aa  112  6e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.71 
 
 
337 aa  112  6e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  26.38 
 
 
323 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5418  transcriptional regulator, LacI family  26.84 
 
 
356 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00263593 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  26.38 
 
 
323 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  26.57 
 
 
331 aa  112  9e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  26.07 
 
 
323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.21 
 
 
348 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0297  degradation activator  26.13 
 
 
334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0303599  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  29.45 
 
 
336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1118  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  24.92 
 
 
337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  26.07 
 
 
348 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  26.36 
 
 
338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  26.63 
 
 
347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  26.07 
 
 
323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  26.07 
 
 
323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  26.28 
 
 
332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  26.07 
 
 
323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.3 
 
 
333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2981  transcriptional regulator PtxS  25.93 
 
 
340 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.322306  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2567  LacI family transcription regulator  25.16 
 
 
340 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335258  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1493  regulatory protein, LacI  25.66 
 
 
376 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2710  regulatory protein, LacI  25.24 
 
 
336 aa  110  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.91732  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26870  transcriptional regulator PtxS  25.55 
 
 
340 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677113  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>