More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0006 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010184  BcerKBAB4_3285  DNA topoisomerase IV subunit B  52.37 
 
 
654 aa  642    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.014971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0004  DNA gyrase, B subunit  53.78 
 
 
642 aa  673    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0005  DNA gyrase subunit B  55.11 
 
 
640 aa  679    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00060  DNA gyrase, B subunit  57.69 
 
 
642 aa  726    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0005  DNA gyrase subunit B  55.19 
 
 
640 aa  677    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00215329  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0002  DNA gyrase, B subunit  52.72 
 
 
638 aa  663    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1547  DNA gyrase, B subunit  56.48 
 
 
635 aa  699    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00189026  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2549  DNA gyrase, B subunit  53.62 
 
 
643 aa  650    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0005  DNA gyrase subunit B  55.76 
 
 
649 aa  689    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0006  DNA gyrase, B subunit  54.74 
 
 
650 aa  705    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000273734  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10005  DNA gyrase subunit B  49.56 
 
 
714 aa  651    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0005  DNA gyrase subunit B  55.26 
 
 
640 aa  680    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.19557  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3617  DNA topoisomerase IV subunit B  52.22 
 
 
654 aa  640    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000282926  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18231  DNA gyrase subunit B  50.23 
 
 
655 aa  642    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.654486  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0015  DNA gyrase, B subunit  51.39 
 
 
644 aa  668    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  unclonable  0.00000155334 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0623  DNA gyrase subunit B  53.42 
 
 
650 aa  667    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00302751  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0016  DNA gyrase, B subunit  51.77 
 
 
649 aa  662    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00028541  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1609  DNA topoisomerase IV subunit B  52.22 
 
 
654 aa  638    Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000967673  decreased coverage  0.000000000000694445 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2376  DNA gyrase subunit B  56.43 
 
 
641 aa  699    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0005  DNA gyrase subunit B  55.11 
 
 
640 aa  679    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3392  DNA topoisomerase IV subunit B  52.37 
 
 
654 aa  641    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00614907  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0005  DNA gyrase subunit B  55.11 
 
 
640 aa  679    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3355  DNA topoisomerase IV subunit B  52.37 
 
 
654 aa  642    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000033182  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1617  DNA topoisomerase IV subunit B  53.5 
 
 
656 aa  645    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000200667  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf800  DNA gyrase subunit B  51.16 
 
 
647 aa  650    Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0005  DNA gyrase subunit B  55.42 
 
 
640 aa  681    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3304  DNA topoisomerase IV subunit B  52.37 
 
 
654 aa  642    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0418623  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20881  DNA gyrase subunit B  50.75 
 
 
655 aa  642    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0006  DNA gyrase subunit B  54.67 
 
 
661 aa  661    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.60604  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1213  DNA gyrase subunit B  50.6 
 
 
655 aa  639    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0004  DNA gyrase subunit B  53.25 
 
 
642 aa  665    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2805  DNA gyrase subunit B  57.25 
 
 
633 aa  719    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.035041  hitchhiker  0.00161489 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0005  DNA gyrase subunit B  55.42 
 
 
640 aa  682    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.204678  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0094  DNA gyrase, B subunit  51.78 
 
 
636 aa  661    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000363706  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0006  DNA gyrase subunit B  51.26 
 
 
675 aa  650    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0596209 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1407  DNA gyrase, B subunit  51.05 
 
 
656 aa  648    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.68269  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1109  hypothetical protein  53.31 
 
 
651 aa  682    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.432981 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0010  DNA gyrase, B subunit  50.54 
 
 
644 aa  642    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000291276  normal  0.113655 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0133  DNA gyrase subunit B  50.83 
 
 
655 aa  640    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.879154  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0029  DNA gyrase, B subunit  51.55 
 
 
637 aa  652    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4986  DNA gyrase, B subunit  50.92 
 
 
651 aa  637    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639656  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0087  DNA gyrase subunit B  51.77 
 
 
650 aa  657    Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00050  DNA gyrase subunit B  51.17 
 
 
720 aa  649    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0005  DNA gyrase subunit B  55.11 
 
 
640 aa  679    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3657  DNA topoisomerase IV subunit B  52.37 
 
 
654 aa  641    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000134084  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1432  DNA gyrase subunit B  51.86 
 
 
696 aa  641    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5315  DNA gyrase subunit B  55.57 
 
 
640 aa  682    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.021698  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3706  DNA topoisomerase IV subunit B  52.22 
 
 
654 aa  637    Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000176643  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0006  DNA gyrase, B subunit  52.84 
 
 
657 aa  670    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0640432  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0005  DNA gyrase, B subunit  57.83 
 
 
635 aa  734    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0006  DNA gyrase, B subunit  57.36 
 
 
638 aa  707    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.014329  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0007  DNA gyrase, B subunit  55.83 
 
 
634 aa  717    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000328066  unclonable  0.0000000130354 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0005  DNA gyrase subunit B  54.5 
 
 
640 aa  673    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4195  DNA gyrase, B subunit  51.55 
 
 
653 aa  637    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698411 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3624  DNA topoisomerase IV subunit B  52.22 
 
 
654 aa  640    Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000439989  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1044  DNA gyrase, B subunit  51.92 
 
 
675 aa  682    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.248456 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3685  DNA gyrase, B subunit  52.18 
 
 
636 aa  653    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.50658  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0822  DNA gyrase subunit B  51.25 
 
 
675 aa  647    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.795596  normal  0.437658 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0094  DNA gyrase, B subunit  51.94 
 
 
636 aa  660    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000129942  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0412  DNA gyrase subunit B  52.87 
 
 
651 aa  665    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.000264952  decreased coverage  0.0001901 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  56.63 
 
 
632 aa  733    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0008  DNA gyrase, B subunit  51.68 
 
 
719 aa  643    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.107754  hitchhiker  0.00597045 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0005  DNA gyrase, B subunit  54 
 
 
640 aa  640    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0005  DNA gyrase, B subunit  57.87 
 
 
644 aa  728    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00336478  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0007  DNA gyrase subunit B  55.47 
 
 
640 aa  737    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.630363  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0006  DNA gyrase subunit B  51.26 
 
 
675 aa  650    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  54.46 
 
 
644 aa  723    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2247  DNA topoisomerase IV subunit B  53.14 
 
 
654 aa  646    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000227299  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0015  DNA gyrase, B subunit  52.16 
 
 
643 aa  659    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00473367  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1413  DNA gyrase subunit B  50.77 
 
 
652 aa  647    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.805897  normal  0.136461 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0006  DNA gyrase subunit B  55.76 
 
 
638 aa  677    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2676  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  51.17 
 
 
638 aa  644    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000429732  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0006  DNA gyrase subunit B  55.92 
 
 
638 aa  677    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0005  DNA gyrase, B subunit  54.08 
 
 
642 aa  644    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0015  DNA gyrase, B subunit  51.39 
 
 
644 aa  658    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000401037  normal  0.862842 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0006  DNA gyrase subunit B  52.88 
 
 
695 aa  677    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000061906 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  57.45 
 
 
633 aa  750    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0006  DNA gyrase, B subunit  55.12 
 
 
642 aa  691    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.965796  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0984  DNA gyrase subunit B  53.5 
 
 
651 aa  660    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0995  DNA gyrase, B subunit  53.19 
 
 
645 aa  674    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0005  DNA gyrase subunit B  52.01 
 
 
652 aa  652    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.986745  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3608  DNA topoisomerase IV subunit B  52.37 
 
 
654 aa  642    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  8.88333e-33 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0005  DNA gyrase, B subunit  53.48 
 
 
655 aa  642    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.452102  hitchhiker  2.3265900000000002e-23 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11740  DNA gyrase, B subunit  54.6 
 
 
637 aa  706    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00171708  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0005  DNA gyrase subunit B  53.47 
 
 
672 aa  660    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.78617  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0007  DNA gyrase, B subunit  51.96 
 
 
648 aa  644    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000647413 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0005  DNA gyrase subunit B  55.11 
 
 
640 aa  679    Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00230725  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1480  DNA gyrase subunit B  54.81 
 
 
650 aa  679    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.515184  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0006  DNA gyrase subunit B  52.3 
 
 
696 aa  667    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.248414  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  58.85 
 
 
628 aa  770    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1048  DNA gyrase, B subunit  50.89 
 
 
665 aa  662    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.903378  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0006  DNA gyrase subunit B  51.18 
 
 
675 aa  651    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.313096 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0005  DNA gyrase subunit B  52.17 
 
 
666 aa  645    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0047  DNA gyrase, B subunit  51.86 
 
 
645 aa  639    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.109606 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0009  DNA gyrase subunit B  59.2 
 
 
633 aa  733    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000695632  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0036  DNA gyrase subunit B  52.32 
 
 
643 aa  662    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01571  DNA gyrase subunit B  50.68 
 
 
655 aa  635    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0005  DNA gyrase subunit B  54.95 
 
 
640 aa  678    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0005  DNA gyrase, B subunit  54 
 
 
640 aa  640    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0014  DNA gyrase subunit B  51.26 
 
 
675 aa  650    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.14054 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>