More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0003 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 366 aa  751    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  39.62 
 
 		 366 aa  294  2e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  39.34 
 
 		 365 aa  278  1e-73  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  37.7 
 
 		 365 aa  261  2e-68  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.73 
 
 		 369 aa  197  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.35 
 
 		 367 aa  191  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.91 
 
 		 370 aa  191  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.27 
 
 		 367 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.92 
 
 		 366 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.92 
 
 		 366 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  29.33 
 
 		 377 aa  177  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 		 375 aa  177  3e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  27.87 
 
 		 366 aa  175  9.999999999999999e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.71 
 
 		 380 aa  173  2.9999999999999996e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.38 
 
 		 374 aa  173  5e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.8 
 
 		 365 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  29.33 
 
 		 377 aa  171  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  29.01 
 
 		 394 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  28.46 
 
 		 376 aa  170  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.38 
 
 		 374 aa  168  1e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  27.73 
 
 		 378 aa  168  1e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  27.47 
 
 		 378 aa  167  2e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.73 
 
 		 390 aa  167  2e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.68 
 
 		 372 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.73 
 
 		 367 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  27.73 
 
 		 378 aa  167  4e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.1 
 
 		 378 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.89 
 
 		 372 aa  164  3e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.89 
 
 		 372 aa  164  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  28.27 
 
 		 376 aa  162  6e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  27.56 
 
 		 382 aa  162  1e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.97 
 
 		 373 aa  162  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 		 377 aa  159  7e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  28.06 
 
 		 393 aa  159  7e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  28.06 
 
 		 393 aa  159  7e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.52 
 
 		 377 aa  159  8e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.52 
 
 		 377 aa  159  8e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.37 
 
 		 373 aa  157  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.67 
 
 		 372 aa  157  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  28.83 
 
 		 381 aa  157  4e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000166783  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.87 
 
 		 366 aa  156  4e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.29 
 
 		 397 aa  156  4e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 		 378 aa  157  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  26.98 
 
 		 378 aa  156  6e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.6 
 
 		 372 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  26.79 
 
 		 374 aa  155  1e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 		 397 aa  155  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  28.39 
 
 		 379 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.13 
 
 		 372 aa  155  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.45 
 
 		 396 aa  155  1e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.79 
 
 		 388 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.12 
 
 		 372 aa  154  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.33 
 
 		 372 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 378 aa  154  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  26.98 
 
 		 372 aa  153  4e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.45 
 
 		 398 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.73 
 
 		 372 aa  152  8.999999999999999e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  25.94 
 
 		 398 aa  152  1e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.38 
 
 		 367 aa  152  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  29.69 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.92 
 
 		 387 aa  151  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.71 
 
 		 372 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  29.76 
 
 		 371 aa  150  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.97 
 
 		 388 aa  150  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 		 385 aa  150  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  29.43 
 
 		 366 aa  150  4e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  28.15 
 
 		 366 aa  149  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  27.88 
 
 		 366 aa  149  5e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  29.26 
 
 		 373 aa  149  7e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.44 
 
 		 372 aa  149  8e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  27.32 
 
 		 374 aa  149  9e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  25.14 
 
 		 366 aa  149  9e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 		 372 aa  149  9e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.63 
 
 		 373 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  28.34 
 
 		 370 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1203  DNA polymerase III, beta subunit  29.76 
 
 		 367 aa  148  1.0000000000000001e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0971789  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.37 
 
 		 376 aa  148  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.72 
 
 		 375 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.53 
 
 		 374 aa  147  2.0000000000000003e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.46 
 
 		 385 aa  147  3e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.94 
 
 		 385 aa  147  3e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 380 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.75 
 
 		 386 aa  146  5e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  29.37 
 
 		 373 aa  146  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.14 
 
 		 372 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.06 
 
 		 372 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  29.76 
 
 		 366 aa  145  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  28.72 
 
 		 373 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 366 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  26.39 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  28.28 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  27.01 
 
 		 386 aa  145  2e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.13 
 
 		 398 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.03 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 372 aa  145  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  27.2 
 
 		 367 aa  144  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.25 
 
 		 374 aa  144  2e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.72 
 
 		 373 aa  144  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.39 
 
 		 379 aa  143  4e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.03 
 
 		 366 aa  143  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>