More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_1645 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010655  Amuc_1645  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 		 352 aa  731    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.173532 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  41.21 
 
 		 384 aa  248  9e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  37.7 
 
 		 378 aa  212  1e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  28.88 
 
 		 324 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  27.41 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0098  dihydrouridine synthase DuS  33.73 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00993648  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  29.65 
 
 		 315 aa  123  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  28.98 
 
 		 314 aa  123  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2912  dihydrouridine synthase, DuS  30.23 
 
 		 342 aa  122  9e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  29.02 
 
 		 317 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  28.67 
 
 		 323 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  29.02 
 
 		 317 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  29.56 
 
 		 315 aa  122  9e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  26.73 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  28.37 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0080  dihydrouridine synthase DuS  33.73 
 
 		 341 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.28082e-22 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  29.02 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  28.67 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  29.56 
 
 		 315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  28.67 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  26.77 
 
 		 335 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  29 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  29.25 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  27.55 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  29.32 
 
 		 319 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  28.71 
 
 		 315 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  27.38 
 
 		 340 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.43 
 
 		 306 aa  118  1.9999999999999998e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  24.83 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  29 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  27.13 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  27.47 
 
 		 326 aa  116  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  28.66 
 
 		 319 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  29.02 
 
 		 317 aa  116  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  26.35 
 
 		 318 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0273  dihydrouridine synthase, DuS  31.68 
 
 		 333 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  28.48 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  27.39 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.07 
 
 		 370 aa  114  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  28.33 
 
 		 317 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0258  dihydrouridine synthase, DuS  26.85 
 
 		 331 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.704286  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  27.39 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.03 
 
 		 308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  28.1 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.87 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  29.86 
 
 		 340 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  28.52 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  28.76 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  29.39 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.03 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  26.25 
 
 		 319 aa  110  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  29.18 
 
 		 310 aa  110  5e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  26.07 
 
 		 315 aa  109  6e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  26.38 
 
 		 315 aa  109  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.66 
 
 		 343 aa  109  6e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.12 
 
 		 321 aa  109  6e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  28.77 
 
 		 320 aa  109  9.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  28.17 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  28.09 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  27.9 
 
 		 342 aa  107  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  29.44 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  27.8 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  26.02 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  27.86 
 
 		 354 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  27.86 
 
 		 354 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  27.86 
 
 		 354 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  27.86 
 
 		 354 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  27.86 
 
 		 354 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  27.86 
 
 		 354 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  28.57 
 
 		 346 aa  106  6e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0536  dihydrouridine synthase DuS  29.15 
 
 		 312 aa  106  6e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0115488  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  26.65 
 
 		 310 aa  106  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  24.45 
 
 		 319 aa  106  7e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  27.7 
 
 		 316 aa  105  9e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  26.71 
 
 		 310 aa  105  9e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  28.97 
 
 		 331 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  27.76 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  27.76 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  28.97 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  27.76 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  28.97 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  28.97 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  28.97 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  27.76 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  27.76 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  27.16 
 
 		 354 aa  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  27.55 
 
 		 319 aa  105  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  27.04 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  28.03 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  26 
 
 		 309 aa  104  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  27.36 
 
 		 315 aa  104  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  28.15 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  28.15 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  28.1 
 
 		 319 aa  103  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.48 
 
 		 351 aa  103  4e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.95 
 
 		 318 aa  103  6e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  27.24 
 
 		 355 aa  103  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.93 
 
 		 346 aa  103  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  27.93 
 
 		 315 aa  102  7e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  29.1 
 
 		 326 aa  102  8e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>