More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_1441 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010655  Amuc_1441  pseudouridine synthase  100 
 
 
258 aa  526  1e-149  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0301733  normal  0.808281 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0896  pseudouridine synthase  40.42 
 
 
251 aa  157  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.925257 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2644  pseudouridine synthase  37.55 
 
 
279 aa  134  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263697  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  39.59 
 
 
369 aa  132  6.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  37.39 
 
 
350 aa  128  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  34.16 
 
 
310 aa  125  8.000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  33.47 
 
 
298 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  36.97 
 
 
323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2094  pseudouridine synthase, RluD  35.68 
 
 
304 aa  120  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.51 
 
 
391 aa  119  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.65 
 
 
438 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  29.05 
 
 
293 aa  118  9e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  35.71 
 
 
323 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.04 
 
 
304 aa  117  9.999999999999999e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  36.11 
 
 
389 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  36.11 
 
 
389 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.11 
 
 
395 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  36.11 
 
 
389 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  34.68 
 
 
407 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.51 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.11 
 
 
395 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  36.55 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  36.11 
 
 
395 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  33.47 
 
 
298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  35.02 
 
 
299 aa  116  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.45 
 
 
313 aa  116  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  34.68 
 
 
405 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  36.11 
 
 
389 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  38.06 
 
 
547 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  37.3 
 
 
318 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  34.14 
 
 
400 aa  115  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  35.08 
 
 
402 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  35.08 
 
 
402 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.46 
 
 
403 aa  115  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.08 
 
 
402 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  33.76 
 
 
304 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  34.68 
 
 
360 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.79 
 
 
326 aa  115  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  33.08 
 
 
351 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.95 
 
 
310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  35.46 
 
 
431 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.29 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  34.4 
 
 
346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.92 
 
 
325 aa  113  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  33.87 
 
 
347 aa  113  3e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  35.92 
 
 
341 aa  112  4.0000000000000004e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  33.46 
 
 
343 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  34.66 
 
 
370 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  34.54 
 
 
436 aa  112  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  34.13 
 
 
426 aa  111  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  33.46 
 
 
343 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  34.66 
 
 
370 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  31.58 
 
 
321 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.34 
 
 
333 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  34.31 
 
 
364 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  38.78 
 
 
315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  33.97 
 
 
319 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  31.58 
 
 
321 aa  110  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  35.69 
 
 
334 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  34.14 
 
 
324 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  36.33 
 
 
325 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  34.73 
 
 
336 aa  109  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  34.29 
 
 
323 aa  110  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0680  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  31.01 
 
 
299 aa  110  3e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  33.46 
 
 
344 aa  110  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  36.51 
 
 
337 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.09 
 
 
323 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  33.76 
 
 
345 aa  109  4.0000000000000004e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  35.86 
 
 
324 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.99 
 
 
276 aa  109  5e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  33.73 
 
 
308 aa  109  5e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
311 aa  109  5e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  34.77 
 
 
310 aa  108  7.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  32.91 
 
 
304 aa  108  7.000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  34.38 
 
 
264 aa  108  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0494  pseudouridine synthase  34.9 
 
 
268 aa  108  9.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.931297  normal  0.454399 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  33.2 
 
 
311 aa  108  1e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  33.73 
 
 
391 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  33.33 
 
 
376 aa  107  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  33.75 
 
 
525 aa  107  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.29 
 
 
322 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2844  pseudouridine synthase, RluD  35.29 
 
 
324 aa  107  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.546073  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  33.08 
 
 
345 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.48 
 
 
324 aa  107  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  32.26 
 
 
305 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.2 
 
 
334 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  35.48 
 
 
323 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  34.15 
 
 
358 aa  106  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.2 
 
 
347 aa  106  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.69 
 
 
356 aa  106  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  36.07 
 
 
304 aa  106  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  33.74 
 
 
344 aa  107  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.07 
 
 
333 aa  106  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  33.72 
 
 
341 aa  106  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  37.8 
 
 
329 aa  105  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  36.61 
 
 
334 aa  105  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.36 
 
 
304 aa  105  8e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  30.56 
 
 
301 aa  105  9e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000115636  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  32.41 
 
 
420 aa  105  1e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  34.12 
 
 
314 aa  104  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>