299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0076 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_R0076  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37120  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.176209  normal  0.041751 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0020  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0049  tRNA-Asp  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0046  tRNA-Asp  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.923307  normal  0.624215 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0051  tRNA-Asp  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0046  tRNA-Asp  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0045  tRNA-Asp  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.280943 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0016  tRNA-Asp  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.649998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14012  tRNA-Asp  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.2553699999999997e-37  hitchhiker  0.00000344638 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0014  tRNA-Asp  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0057  tRNA-Asp  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116847  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0055  tRNA-Asp  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.509832  normal  0.38034 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06170  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.58434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0055  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0054  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.521016 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0060  tRNA-Asp  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.488944  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0049  tRNA-Asp  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.85452 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0007  tRNA-Asp  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0006  tRNA-Asp  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108569 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01860  tRNA-Asp  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0073  tRNA-Asp  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.524429 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0074  tRNA-Asp  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.529781 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34020  tRNA-Asp  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.73239  normal  0.53918 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0005  tRNA-Asp  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0034  tRNA-Asp  90 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.848663  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0094  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0093  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0096  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.434013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0059  tRNA-Asp  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.938712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0102233  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Asp-3  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0557  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2174  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.333692  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0024  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00556712  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0173  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0414  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0616515  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.520938  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0038  tRNA-Asp  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1734  tRNA-Asp  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000527786  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1738  tRNA-Asp  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000457664  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2178  tRNA-Asp  94.87 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1160  tRNA-Asp  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0165656  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1156  tRNA-Asp  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00893597  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2219  tRNA-Asp  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2259  tRNA-Asp  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2182  tRNA-Asp  94.87 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0046  tRNA-Asp  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0038  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264026  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0040  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000865357  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0042  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000403419  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0158  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0599  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.20991  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0603  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.508716  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0027  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0245958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0029  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0028  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0607883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0026  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0397308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna40  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0029  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0025  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.140338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0028  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna39  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0028  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0003  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.541849 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0016  tRNA-Asp  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.034253  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0056  tRNA-Asp  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>