More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0034 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 74 bp  121  1.9999999999999998e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0032  tRNA-Gly  95.77 
 
 		 71 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.629344  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0017  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.255177  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0023  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00977111  normal  0.654981 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 71 bp  101  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0009  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 71 bp  101  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.365276  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0040  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 71 bp  101  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.697667  normal  0.123512 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0043  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 71 bp  101  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.11456  normal  0.782815 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0018  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0025  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000880116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09060  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0250104 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0047  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0025  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0957376  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11940  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.872315 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0051  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0034  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 71 bp  89.7  8e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.849322  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0025  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.351803  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0034  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0041  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0045  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0957385  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0057  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0039  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0039  tRNA-Gly  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0044  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000110049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0041  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.771709  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0042  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1215  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 71 bp  79.8  0.00000000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09840  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0598581  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0024  tRNA-Gly  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.2412  normal  0.247573 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0018  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00399522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0062  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0030  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0062  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0121694  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0067  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.38974  normal  0.157236 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0053  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118359  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0072  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0211705  normal  0.918041 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0085  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0843991  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0056  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.661302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0008  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.297445  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0049  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000210611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0043  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0009  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0034  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.530843  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2154  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.480765  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2514  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0272965  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2521  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000668115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2524  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000475976  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0031  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0057  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571258  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0059  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000205536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0031  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.754836  normal  0.341264 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0035  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.072829  normal  0.169297 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>