More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6811 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
393 aa  789    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  73.53 
 
 
379 aa  536  1e-151  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  67.46 
 
 
455 aa  502  1e-141  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  64.1 
 
 
394 aa  503  1e-141  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.68 
 
 
398 aa  500  1e-140  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.78 
 
 
396 aa  494  1e-139  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  66.4 
 
 
389 aa  492  9.999999999999999e-139  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  67.11 
 
 
377 aa  486  1e-136  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  68.85 
 
 
370 aa  480  1e-134  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  68.85 
 
 
370 aa  480  1e-134  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  68.85 
 
 
370 aa  480  1e-134  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  61.84 
 
 
406 aa  456  1e-127  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.72 
 
 
400 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.87 
 
 
394 aa  444  1.0000000000000001e-124  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  62.67 
 
 
419 aa  447  1.0000000000000001e-124  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.53 
 
 
380 aa  447  1.0000000000000001e-124  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  63.54 
 
 
379 aa  447  1.0000000000000001e-124  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  62.27 
 
 
391 aa  440  9.999999999999999e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  58.95 
 
 
436 aa  437  1e-121  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  62.13 
 
 
373 aa  436  1e-121  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  61.39 
 
 
388 aa  430  1e-119  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.36 
 
 
400 aa  428  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.88 
 
 
442 aa  417  9.999999999999999e-116  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.95 
 
 
397 aa  416  9.999999999999999e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  56.06 
 
 
415 aa  413  1e-114  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  58.81 
 
 
392 aa  411  1e-113  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  61.89 
 
 
368 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.63 
 
 
392 aa  403  1e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  58.24 
 
 
386 aa  380  1e-104  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  51.26 
 
 
414 aa  371  1e-101  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.42 
 
 
384 aa  359  5e-98  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.63 
 
 
328 aa  251  2e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  38.21 
 
 
326 aa  245  8e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  38.21 
 
 
326 aa  245  8e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.51 
 
 
322 aa  241  1e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.73 
 
 
332 aa  239  6.999999999999999e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.65 
 
 
325 aa  236  7e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  41.41 
 
 
319 aa  234  3e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  43.38 
 
 
347 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  40.61 
 
 
342 aa  233  5e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  37.69 
 
 
324 aa  229  7e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 
332 aa  228  2e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  38.01 
 
 
347 aa  227  3e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.69 
 
 
321 aa  226  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.13 
 
 
332 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.72 
 
 
320 aa  225  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40.68 
 
 
325 aa  224  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.99 
 
 
332 aa  224  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.18 
 
 
350 aa  224  2e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.99 
 
 
332 aa  223  3e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.3 
 
 
332 aa  223  4e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  37.99 
 
 
332 aa  223  7e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.99 
 
 
332 aa  223  7e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.82 
 
 
332 aa  223  7e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.48 
 
 
332 aa  222  9e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.35 
 
 
324 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.76 
 
 
351 aa  221  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.94 
 
 
333 aa  220  3e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.12 
 
 
322 aa  219  6e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.76 
 
 
357 aa  219  6e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  38.05 
 
 
324 aa  219  7e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  38.05 
 
 
324 aa  219  7e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  35.89 
 
 
325 aa  218  2e-55  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.81 
 
 
337 aa  217  2e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.75 
 
 
321 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.86 
 
 
327 aa  217  2.9999999999999998e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  41.39 
 
 
351 aa  216  5e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  38.97 
 
 
334 aa  216  5.9999999999999996e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.64 
 
 
334 aa  215  9.999999999999999e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  37.8 
 
 
334 aa  215  9.999999999999999e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.27 
 
 
333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.81 
 
 
321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  40.78 
 
 
333 aa  213  4.9999999999999996e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  38 
 
 
327 aa  212  1e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  38.82 
 
 
335 aa  211  1e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.56 
 
 
332 aa  211  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.02 
 
 
353 aa  210  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  38.83 
 
 
327 aa  208  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  36.64 
 
 
333 aa  206  6e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  39.01 
 
 
332 aa  204  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.62 
 
 
318 aa  204  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  38.18 
 
 
329 aa  203  4e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  34.72 
 
 
333 aa  202  8e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  37.08 
 
 
335 aa  202  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  41.64 
 
 
332 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.09 
 
 
354 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  34.09 
 
 
308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  41.64 
 
 
332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.16 
 
 
326 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  36.45 
 
 
325 aa  200  3.9999999999999996e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  36.31 
 
 
320 aa  199  6e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  35.33 
 
 
370 aa  199  6e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  33.85 
 
 
333 aa  199  7.999999999999999e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.61 
 
 
352 aa  199  9e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 
336 aa  199  9e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.5 
 
 
336 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.5 
 
 
336 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.98 
 
 
334 aa  198  2.0000000000000003e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.25 
 
 
330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.22 
 
 
332 aa  197  3e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>