23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5820 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5820  hypothetical protein  100 
 
 
150 aa  291  2e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14720  hypothetical protein  55.94 
 
 
153 aa  163  8e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.100012  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2228  hypothetical protein  57.75 
 
 
160 aa  159  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00165353  normal  0.456563 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2375  tetratricopeptide TPR_2  54.14 
 
 
155 aa  138  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0445663 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4012  TPR repeat-containing protein  49.62 
 
 
155 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.678483  decreased coverage  0.00532252 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2173  hypothetical protein  48.15 
 
 
169 aa  131  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.142438  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7873  hypothetical protein  47.55 
 
 
149 aa  130  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.157939 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1451  tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  49.24 
 
 
159 aa  125  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000199447 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1449  TPR repeat-containing protein  48.12 
 
 
157 aa  122  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.262816  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2108  tetratricopeptide TPR_2  47.66 
 
 
154 aa  114  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2154  TPR repeat-containing protein  47.66 
 
 
154 aa  114  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.289892 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2091  TPR repeat-containing protein  47.66 
 
 
154 aa  114  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.100902 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12785  transmembrane protein  48.85 
 
 
157 aa  111  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.443244 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3552  hypothetical protein  41.88 
 
 
166 aa  101  4e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.497079  normal  0.345074 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1757  hypothetical protein  41.98 
 
 
158 aa  96.7  9e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2471  tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  49.07 
 
 
147 aa  94.4  5e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.514415  normal  0.576006 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23340  hypothetical protein  43.45 
 
 
152 aa  94  6e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.863031  normal  0.0195601 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07130  hypothetical protein  44.76 
 
 
172 aa  77  0.00000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.183807  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1220  hypothetical protein  42.62 
 
 
155 aa  71.2  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1028  hypothetical protein  37.25 
 
 
167 aa  68.6  0.00000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1522  hypothetical protein  40.94 
 
 
164 aa  68.2  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1469  conserved hypothetical secreted protein  45.97 
 
 
149 aa  62.4  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.22177 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10410  hypothetical protein  32 
 
 
133 aa  55.1  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0104588  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>