171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5304 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5304  AAA ATPase  100 
 
 		 1153 aa  2319    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2182  RecB family nuclease, putative  52.68 
 
 		 1198 aa  1043    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.000250648  decreased coverage  0.00000209405 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1529  hypothetical protein  46.31 
 
 		 1175 aa  803    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0907559  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4472  RecB family-like nuclease  40.12 
 
 		 1151 aa  654    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.836505  normal  0.104003 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2223  RecB family-like nuclease  40.54 
 
 		 1163 aa  662    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02510  predicted nuclease (RecB family)  41.92 
 
 		 1250 aa  654    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11277  hypothetical protein  40.43 
 
 		 1139 aa  648    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.72071 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1000  hypothetical protein  38.38 
 
 		 1215 aa  627  1e-178  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0219894 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3239  RecB family nuclease, putative  38.63 
 
 		 1228 aa  611  1e-173  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.262679 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0890  hypothetical protein  38.42 
 
 		 1215 aa  607  9.999999999999999e-173  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3969  RecB family-like nuclease  38.36 
 
 		 1143 aa  581  1e-164  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4043  RecB family-like nuclease  38.36 
 
 		 1143 aa  581  1e-164  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3983  RecB family-like nuclease  39.38 
 
 		 1143 aa  578  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0895851 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00610  predicted nuclease (RecB family)  38.19 
 
 		 1270 aa  575  1.0000000000000001e-162  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1784  hypothetical protein  35.4 
 
 		 1118 aa  575  1.0000000000000001e-162  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.424401  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2456  hypothetical protein  36.18 
 
 		 1247 aa  560  1e-158  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.320615  normal  0.0142117 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20350  predicted nuclease (RecB family)  38.6 
 
 		 1196 aa  562  1e-158  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2717  hypothetical protein  35.14 
 
 		 1126 aa  561  1e-158  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375535 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1283  hypothetical protein  34.47 
 
 		 1116 aa  552  1e-155  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.112248 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0117  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  41.13 
 
 		 1324 aa  537  1e-151  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0229984  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3698  RecB family nuclease, putative  37.6 
 
 		 1082 aa  538  1e-151  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1535  ATPase  49.91 
 
 		 1280 aa  465  1e-129  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0935  hypothetical protein  31.18 
 
 		 1172 aa  466  1e-129  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.576468  hitchhiker  0.000557734 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0250  hypothetical protein  44.37 
 
 		 1350 aa  307  8.000000000000001e-82  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1107  hypothetical protein  44.63 
 
 		 1121 aa  281  5e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4059  hypothetical protein  37.48 
 
 		 522 aa  259  2e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0056  AAA ATPase  29.06 
 
 		 606 aa  124  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.414788  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0336  hypothetical protein  26.01 
 
 		 487 aa  116  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1059  helicase  27.72 
 
 		 986 aa  106  3e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3226  nuclease (RecB family)-like protein  24.58 
 
 		 493 aa  104  9e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.492235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2870  hypothetical protein  24.58 
 
 		 493 aa  104  9e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0455  DNA replication factor Dna2  29.55 
 
 		 902 aa  102  3e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2111  DNA replication factor Dna2  28.61 
 
 		 934 aa  102  6e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2916  DNA replication factor Dna2  28.04 
 
 		 902 aa  100  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2207  AAA ATPase  26.86 
 
 		 1255 aa  97.8  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4335  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  28.02 
 
 		 752 aa  95.1  6e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2410  RecB family nuclease, putative  24.74 
 
 		 486 aa  95.1  7e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3349  hypothetical protein  23.92 
 
 		 512 aa  94  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.134566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1720  hypothetical protein  27.9 
 
 		 1259 aa  92  6e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4865  hypothetical protein  23.6 
 
 		 494 aa  91.3  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.120137  unclonable  0.000000212393 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43905  predicted protein  25.7 
 
 		 1038 aa  89.7  3e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.352902  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1698  DNA replication factor Dna2  28.76 
 
 		 901 aa  89.7  3e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37931  predicted protein  25.77 
 
 		 486 aa  87.8  0.000000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.310178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0186  hypothetical protein  22.75 
 
 		 512 aa  85.9  0.000000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.12716 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1511  hypothetical protein  23.74 
 
 		 1275 aa  85.5  0.000000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03653  essential tripartite DNA replication factor with single-stranded DNA-dependent ATPase (Eurofung)  25.7 
 
 		 1048 aa  83.6  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1516  AAA ATPase  25.18 
 
 		 1271 aa  82  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.18518 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2051  hypothetical protein  26.87 
 
 		 480 aa  81.6  0.00000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0958  AAA ATPase  25.32 
 
 		 629 aa  81.6  0.00000000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_1178  predicted protein  25.76 
 
 		 609 aa  80.9  0.0000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.243815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2411  AAA ATPase  27.67 
 
 		 635 aa  77.4  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000174617  normal  0.335241 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3080  type III restriction protein res subunit  27.88 
 
 		 636 aa  76.3  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0518  RecB family-like nuclease  24.04 
 
 		 390 aa  75.9  0.000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.13317  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42380  predicted protein  26.09 
 
 		 479 aa  75.9  0.000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2554  superfamily I DNA/RNA helicase  25.19 
 
 		 1653 aa  75.5  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.237962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2796  transcription factor jumonji, jmjC  50 
 
 		 193 aa  74.7  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132584  hitchhiker  0.00000604093 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43802  predicted protein  28.32 
 
 		 1189 aa  73.9  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.327125  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3342  DEAD-like helicase  25.82 
 
 		 636 aa  72.8  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.182611 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0828  putative DNA helicase  24.72 
 
 		 633 aa  72.4  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4376  superfamily I DNA/RNA helicase  27.57 
 
 		 659 aa  72  0.00000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.568868 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03980  DNA replication helicase dna2, putative  22.31 
 
 		 1097 aa  72  0.00000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.450462  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0014  putative DNA helicase  25 
 
 		 925 aa  70.9  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3380  AAA ATPase  28.31 
 
 		 632 aa  70.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.134452  normal  0.835582 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24981  RecB family nuclease  25.32 
 
 		 535 aa  70.1  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37994  predicted protein  28.78 
 
 		 521 aa  70.1  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.273766 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3092  putative helicase  29.45 
 
 		 941 aa  70.1  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.0418433 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4371  superfamily I DNA and RNA helicase  27.91 
 
 		 622 aa  69.7  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.438014  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL04770  DNA helicase, putative  23.82 
 
 		 952 aa  68.9  0.0000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_443  predicted protein  24.26 
 
 		 797 aa  68.9  0.0000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00278314 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4216  superfamily I DNA/RNA helicase  31.32 
 
 		 619 aa  68.6  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.120406  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0744  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  24.44 
 
 		 932 aa  68.6  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0965735 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9531  helicase ATP-binding protein  29.49 
 
 		 1137 aa  68.6  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.964957  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4348  superfamily I DNA and RNA helicase  27.43 
 
 		 622 aa  68.6  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4394  superfamily I DNA/RNA helicase  23.34 
 
 		 585 aa  67.8  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.483682 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0719  RecB family-like nuclease  25.71 
 
 		 495 aa  66.6  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.253334  hitchhiker  0.0000000430551 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119646  predicted protein  26.07 
 
 		 795 aa  66.2  0.000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.44147  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00646  hypothetical protein similar to possible regulator of nonsense transcripts (Broad)  23.19 
 
 		 1077 aa  65.9  0.000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1556  DNA helicase  26.38 
 
 		 611 aa  65.9  0.000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.274637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3588  DNA helicase  23.72 
 
 		 1002 aa  65.9  0.000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.430381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_51262  predicted protein  27.73 
 
 		 388 aa  66.2  0.000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.21292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1828  putative DNA helicase  25.09 
 
 		 633 aa  65.9  0.000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC02960  ATP dependent helicase, putative  23.93 
 
 		 1090 aa  65.5  0.000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.275864  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0258  hypothetical protein  24.61 
 
 		 502 aa  64.3  0.00000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.715645  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0238  DNA helicase  25 
 
 		 922 aa  64.7  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4249  superfamily I DNA/RNA helicase  28.83 
 
 		 1185 aa  63.9  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61353  predicted protein  22.78 
 
 		 716 aa  64.3  0.00000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0893  putative DNA helicase  23.31 
 
 		 633 aa  63.9  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5419  hypothetical protein  28.57 
 
 		 439 aa  62.8  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.472975 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2292  predicted protein  26.35 
 
 		 464 aa  63.2  0.00000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27204  predicted protein  29.96 
 
 		 553 aa  63.2  0.00000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.332143  normal  0.0288393 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29705  predicted protein  29.96 
 
 		 553 aa  63.2  0.00000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0430706  hitchhiker  0.00367175 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1133  superfamily I DNA/RNA helicase  27.21 
 
 		 914 aa  62.8  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0229  hypothetical protein  24.46 
 
 		 491 aa  62.8  0.00000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5800  hypothetical protein  27.5 
 
 		 436 aa  62.8  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000132526 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5628  hypothetical protein  27.5 
 
 		 404 aa  61.6  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.431962  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1643  DNA repair enzyme  20.17 
 
 		 483 aa  61.6  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.845174  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5029  superfamily I DNA/RNA helicase  26.8 
 
 		 1620 aa  60.8  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03571  RecB family nuclease  20.11 
 
 		 483 aa  60.8  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.551533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2111  superfamily I DNA/RNA helicase  26.78 
 
 		 1408 aa  61.2  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1089  putative DNA helicase  24.72 
 
 		 633 aa  60.8  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.837557  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>