More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4241 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_4241  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
422 aa  826  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1269  extracellular solute-binding protein family 1  50.76 
 
 
412 aa  378  1e-104  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  28.65 
 
 
441 aa  109  9e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  33.23 
 
 
419 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2832  extracellular solute-binding protein family 1  31.48 
 
 
417 aa  97.8  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3983  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 
456 aa  97.1  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3121  extracellular solute-binding protein family 1  26.11 
 
 
445 aa  88.2  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116931 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4993  extracellular solute-binding protein family 1  27.03 
 
 
432 aa  86.7  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0450999  normal  0.012477 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7906  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 
420 aa  86.7  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819994  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 
424 aa  86.3  1e-15  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3216  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 
425 aa  85.5  2e-15  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.949389 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 
455 aa  85.1  2e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  28.66 
 
 
427 aa  84.3  3e-15  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  27.36 
 
 
431 aa  82.8  9e-15  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  29.77 
 
 
435 aa  82.8  1e-14  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4632  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 
419 aa  82.4  1e-14  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.448727  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2703  extracellular solute-binding protein family 1  24.68 
 
 
450 aa  82.8  1e-14  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  2.63225e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2218  extracellular solute-binding protein family 1  27.96 
 
 
479 aa  82.8  1e-14  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00910899  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  30.4 
 
 
420 aa  81.6  2e-14  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 
427 aa  81.6  2e-14  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5802  extracellular solute-binding protein family 1  26.75 
 
 
444 aa  81.3  3e-14  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0809589 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  24.94 
 
 
415 aa  80.9  4e-14  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3712  extracellular solute-binding protein family 1  30.74 
 
 
421 aa  80.9  4e-14  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.411366 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  24.83 
 
 
424 aa  80.5  5e-14  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4148  extracellular solute-binding protein  29.19 
 
 
426 aa  79  1e-13  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0472509  normal  0.106363 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2267  extracellular solute-binding protein family 1  24.94 
 
 
445 aa  79  1e-13  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00064551 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1941  sugar ABC transporter, sugar-binding protein, putative  36.67 
 
 
434 aa  78.6  2e-13  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 
433 aa  79  2e-13  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3988  extracellular solute-binding protein family 1  26.06 
 
 
422 aa  79  2e-13  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  27.83 
 
 
429 aa  78.6  2e-13  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.38 
 
 
407 aa  78.2  3e-13  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  26.76 
 
 
422 aa  78.2  3e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0803  extracellular solute-binding protein  29.81 
 
 
433 aa  77.8  3e-13  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.437157  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 
415 aa  77.4  5e-13  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  27.31 
 
 
423 aa  77  6e-13  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 
421 aa  76.6  7e-13  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3910  extracellular solute-binding protein family 1  26.39 
 
 
412 aa  76.6  8e-13  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1511  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 
424 aa  76.3  9e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1454  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 
445 aa  75.9  1e-12  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.71759  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 
420 aa  76.3  1e-12  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1150  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 
441 aa  75.9  1e-12  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.344094  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1698  extracellular solute-binding protein family 1  27.56 
 
 
447 aa  75.9  1e-12  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0224  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 
431 aa  75.1  2e-12  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4320  extracellular solute-binding protein family 1  27.41 
 
 
425 aa  75.1  2e-12  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.811375  hitchhiker  0.00841489 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
424 aa  75.5  2e-12  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2582  extracellular solute-binding protein family 1  29.39 
 
 
416 aa  75.5  2e-12  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2119  extracellular solute-binding protein  38.97 
 
 
382 aa  75.1  2e-12  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3842  extracellular solute-binding protein family 1  24.46 
 
 
429 aa  75.5  2e-12  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0316121  normal  0.0422385 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3957  extracellular solute-binding protein family 1  29 
 
 
432 aa  74.3  3e-12  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  26.09 
 
 
410 aa  74.7  3e-12  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 
459 aa  74.7  3e-12  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  26.09 
 
 
410 aa  74.7  3e-12  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  29.12 
 
 
430 aa  74.7  3e-12  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0904  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  20.96 
 
 
439 aa  74.3  4e-12  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00221898  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0712  extracellular solute-binding protein family 1  24.83 
 
 
397 aa  74.3  4e-12  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.518168  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 
466 aa  73.9  5e-12  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3622  extracellular solute-binding protein family 1  26.39 
 
 
412 aa  73.9  5e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1634  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  26.04 
 
 
416 aa  73.9  5e-12  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0144  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 
403 aa  73.6  6e-12  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  27.94 
 
 
410 aa  73.2  7e-12  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0390662 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0719  extracellular solute-binding protein family 1  23.77 
 
 
413 aa  73.6  7e-12  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0236757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1899  extracellular solute-binding protein, putative  26.04 
 
 
416 aa  73.6  7e-12  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.41529  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0476  extracellular solute-binding protein family 1  26.58 
 
 
401 aa  73.2  8e-12  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1484  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 
444 aa  72.8  1e-11  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  9.80441e-12  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1060  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  25.47 
 
 
408 aa  72.8  1e-11  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.065415  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1732  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 
415 aa  72.8  1e-11  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  3.68486e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1438  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 
400 aa  72.4  1e-11  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  1.72655e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  27.75 
 
 
434 aa  72.8  1e-11  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  34.43 
 
 
438 aa  72.8  1e-11  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2209  extracellular solute-binding protein family 1  23.74 
 
 
487 aa  71.6  2e-11  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0508  extracellular solute-binding protein family 1  26.69 
 
 
421 aa  72  2e-11  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  5.06303e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1585  extracellular solute-binding protein family 1  25.81 
 
 
442 aa  71.6  2e-11  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0399  extracellular solute-binding protein family 1  25.11 
 
 
408 aa  72  2e-11  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  1.95685e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2758  extracellular solute-binding protein family 1  28.37 
 
 
423 aa  72  2e-11  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.736779  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
428 aa  71.6  2e-11  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2733  extracellular solute-binding protein family 1  28.03 
 
 
434 aa  72  2e-11  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0602915  normal  0.13145 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1846  extracellular solute-binding protein family 1  29.8 
 
 
425 aa  71.2  3e-11  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.169612  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3409  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 
404 aa  70.9  4e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.280364  normal  0.614723 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 
429 aa  70.9  4e-11  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  26.36 
 
 
430 aa  70.9  4e-11  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0475  extracellular solute-binding protein family 1  27.97 
 
 
397 aa  70.9  4e-11  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  28.12 
 
 
424 aa  70.9  5e-11  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0656  extracellular solute-binding protein family 1  26.26 
 
 
431 aa  70.5  5e-11  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.31335 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  25.16 
 
 
504 aa  70.1  6e-11  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3251  extracellular solute-binding protein family 1  28.82 
 
 
428 aa  70.5  6e-11  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.292164  normal  0.0559218 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3674  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  26.89 
 
 
404 aa  70.1  7e-11  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0183  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 
429 aa  70.1  7e-11  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  24.29 
 
 
461 aa  70.1  7e-11  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  26.03 
 
 
431 aa  70.1  8e-11  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0596  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 
390 aa  69.7  9e-11  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00439649  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  27.02 
 
 
428 aa  68.9  1e-10  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0721  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 
437 aa  68.9  1e-10  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540981  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04610  extracellular solute-binding protein family 1  29.82 
 
 
431 aa  69.3  1e-10  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2164  extracellular solute-binding protein family 1  28.1 
 
 
435 aa  69.3  1e-10  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0917  extracellular solute-binding protein family 1  25.88 
 
 
455 aa  68.9  2e-10  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.728334  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  26.05 
 
 
427 aa  68.2  2e-10  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0289  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
437 aa  68.6  2e-10  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  1.9091e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 
414 aa  68.2  3e-10  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.61 
 
 
426 aa  68.2  3e-10  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0729  extracellular solute-binding protein family 1  26.57 
 
 
443 aa  68.2  3e-10  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  2.54304e-05  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>