200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3912 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  100 
 
 		 339 aa  663    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  46.65 
 
 		 358 aa  277  2e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  35.35 
 
 		 338 aa  156  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  36.48 
 
 		 327 aa  156  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  34.85 
 
 		 339 aa  152  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  34.56 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  31.23 
 
 		 327 aa  142  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  31.54 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  33.9 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  34.69 
 
 		 328 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  34.81 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  32.5 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  34.25 
 
 		 330 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  34.25 
 
 		 330 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  33.22 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  28.75 
 
 		 320 aa  133  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  33.45 
 
 		 323 aa  133  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  31 
 
 		 316 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  32.26 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  29.49 
 
 		 318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  27.8 
 
 		 320 aa  129  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  33.22 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  30.56 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  32.55 
 
 		 350 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  31.65 
 
 		 316 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  32.09 
 
 		 317 aa  125  9e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  29.97 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  28.71 
 
 		 330 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  31.85 
 
 		 342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  32.07 
 
 		 660 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  31.39 
 
 		 344 aa  114  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  31.51 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  29.29 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  32.4 
 
 		 346 aa  109  7.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  28.09 
 
 		 331 aa  108  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  31.33 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  28.81 
 
 		 339 aa  104  3e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  30.14 
 
 		 326 aa  103  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  31.27 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  32.48 
 
 		 335 aa  101  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  31.63 
 
 		 394 aa  98.6  1e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  26.91 
 
 		 310 aa  97.4  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  26.28 
 
 		 355 aa  94  3e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  27.49 
 
 		 344 aa  92.8  8e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  28.48 
 
 		 317 aa  92.8  8e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  27.49 
 
 		 344 aa  92.8  8e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.79 
 
 		 332 aa  92  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  25.52 
 
 		 336 aa  90.5  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  31.42 
 
 		 273 aa  87  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  31.42 
 
 		 273 aa  87  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 349 aa  85.5  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  26.89 
 
 		 356 aa  83.2  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  29.35 
 
 		 334 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  29.35 
 
 		 334 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  26.23 
 
 		 343 aa  80.9  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  27.38 
 
 		 367 aa  80.5  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  28.22 
 
 		 343 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  25.81 
 
 		 332 aa  76.3  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  23.32 
 
 		 338 aa  73.9  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  27.39 
 
 		 325 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  26.03 
 
 		 321 aa  72.4  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  29.25 
 
 		 348 aa  71.2  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  26.13 
 
 		 342 aa  71.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  23.64 
 
 		 338 aa  70.1  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  23.86 
 
 		 393 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  23.84 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  30.14 
 
 		 306 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  23.02 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  28.05 
 
 		 478 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  25.23 
 
 		 336 aa  62  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.19 
 
 		 483 aa  61.6  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  25.64 
 
 		 336 aa  62  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  27.39 
 
 		 343 aa  61.6  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  26.78 
 
 		 312 aa  61.2  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04370  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.36 
 
 		 346 aa  60.8  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0648  hemin-binding periplasmic protein HmuT  22.31 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  22.33 
 
 		 336 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  23.78 
 
 		 336 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  23.4 
 
 		 364 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  25.16 
 
 		 335 aa  59.7  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  27.88 
 
 		 293 aa  58.9  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  21.1 
 
 		 332 aa  58.9  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0435  periplasmic binding protein  25.73 
 
 		 362 aa  59.3  0.0000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000278634  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.51 
 
 		 275 aa  58.5  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  23.2 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  23.76 
 
 		 336 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0978  periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 689 aa  56.6  0.0000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.194046 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  25.87 
 
 		 354 aa  56.6  0.0000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  24.71 
 
 		 354 aa  56.2  0.0000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0059  periplasmic binding protein  25.68 
 
 		 688 aa  55.5  0.000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.932595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  24.57 
 
 		 379 aa  54.7  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1645  periplasmic binding protein  25.64 
 
 		 354 aa  54.7  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.399451  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4113  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  21.89 
 
 		 317 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.98 
 
 		 304 aa  54.3  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0342  periplasmic binding protein  24.02 
 
 		 267 aa  54.3  0.000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.102535  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  24.58 
 
 		 377 aa  54.3  0.000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1622  iron transport periplasmic binding protein  32.08 
 
 		 370 aa  53.9  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000308392  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2551  periplasmic binding protein  23.36 
 
 		 361 aa  53.9  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.391022  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0388  periplasmic binding protein  25.25 
 
 		 396 aa  53.5  0.000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4488  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  20.97 
 
 		 315 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>