211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3530 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3530  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 267 aa  528  1e-149  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0209016  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  61.57 
 
 		 263 aa  303  3.0000000000000004e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2060  transcriptional regulator, TetR family  47.19 
 
 		 266 aa  223  3e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.158127 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  38.83 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 		 255 aa  148  8e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 253 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3346  regulatory protein, TetR  39.49 
 
 		 262 aa  137  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.213794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3400  transcriptional regulator, TetR family  35.98 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.160802  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  36.96 
 
 		 272 aa  123  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4687  transcriptional regulator, TetR family  35.34 
 
 		 259 aa  122  9e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  36.21 
 
 		 268 aa  121  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4078  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 269 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.152777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4362  regulatory protein, TetR  33.82 
 
 		 256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2560  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 272 aa  113  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.283011  normal  0.208167 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3568  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 253 aa  109  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  33.74 
 
 		 229 aa  106  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  31.62 
 
 		 247 aa  100  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  31.3 
 
 		 304 aa  99  6e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4456  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 258 aa  99  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.162192 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1574  transcriptional regulator, TetR family  35.52 
 
 		 258 aa  98.6  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  28.76 
 
 		 272 aa  98.2  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9231  tetR-family regulatory protein  29.91 
 
 		 247 aa  96.7  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484933  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 247 aa  95.5  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2430  transcriptional regulator, TetR family  31.92 
 
 		 252 aa  95.1  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.522174  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1460  transcriptional regulator, TetR family  29.6 
 
 		 249 aa  93.6  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  32.76 
 
 		 315 aa  92.4  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1965  transcriptional regulator, TetR family  33.47 
 
 		 234 aa  90.9  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.66981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1694  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 252 aa  90.9  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.239761 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 255 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  38.26 
 
 		 239 aa  89.7  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  34.17 
 
 		 240 aa  89.7  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 238 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6279  transcriptional regulator, TetR family  39.63 
 
 		 235 aa  87.4  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.993212 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 230 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0801  transcriptional regulator, TetR family  32.74 
 
 		 226 aa  86.3  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0056  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 289 aa  85.5  8e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  28.68 
 
 		 268 aa  84.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30920  transcriptional regulator, tetR family  30.36 
 
 		 266 aa  84.3  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  39.72 
 
 		 218 aa  81.6  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 		 234 aa  80.9  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  28.36 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3083  regulatory protein TetR  33.53 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.143154  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3140  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.852276  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3202  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.437074 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3152  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.840022 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0092  GntR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 330 aa  79  0.00000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  33.62 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 250 aa  78.6  0.00000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0240  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 281 aa  78.2  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2698  Tetracyclin repressor domain protein  31.29 
 
 		 239 aa  78.6  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  38.58 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  40.94 
 
 		 263 aa  77  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  33.73 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4188  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 		 256 aa  76.6  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 271 aa  76.3  0.0000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 257 aa  75.5  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7747  putative transcriptional regulator  29.61 
 
 		 342 aa  74.7  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.117612  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1527  transcriptional regulator, TetR family  31.32 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.413191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 221 aa  74.7  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 218 aa  74.3  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 242 aa  74.3  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1669  transcriptional regulator, TetR family  26.84 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.269764  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  29.58 
 
 		 272 aa  73.6  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5933  regulatory protein TetR  32.05 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.164219 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  32.04 
 
 		 343 aa  72.4  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1632  transcriptional regulator, TetR family  48.24 
 
 		 310 aa  71.6  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.275496  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0672  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 		 257 aa  71.6  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.607833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 249 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4082  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 343 aa  71.2  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.63573 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5556  transcriptional regulator, GntR family  32.96 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  36.61 
 
 		 234 aa  69.3  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00320  transcriptional regulator, tetR family  37.1 
 
 		 256 aa  68.9  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.48619  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  34.71 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  31.06 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 233 aa  68.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2052  putative transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 		 241 aa  68.9  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.654374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5853  transcriptional regulator, TetR family  30.52 
 
 		 258 aa  68.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.389129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  28.51 
 
 		 249 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3445  transcriptional regulator, TetR family  34.01 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  30.87 
 
 		 234 aa  67.8  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 268 aa  67  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
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NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  34.35 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
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NC_013131  Caci_1711  regulatory protein TetR  28.45 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  30.07 
 
 		 232 aa  66.6  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
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NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_0252  transcriptional regulator, TetR family  38.14 
 
 		 221 aa  65.9  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
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NC_009921  Franean1_5781  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 230 aa  65.5  0.0000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
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NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  32.54 
 
 		 223 aa  63.9  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
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NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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