42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3485 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3485  hypothetical protein  100 
 
 
269 aa  536  1e-151  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3127  phospholipase/Carboxylesterase  38.06 
 
 
314 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07050  hypothetical protein  38.2 
 
 
322 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0646  hypothetical protein  37.83 
 
 
322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.399454  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0297  lpqC, putative  38.84 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.433259  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3891  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  31.76 
 
 
298 aa  94  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.947481  normal  0.780646 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1400  phospholipase/Carboxylesterase  28.68 
 
 
325 aa  91.7  1e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5398  hypothetical protein  28.57 
 
 
302 aa  91.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.330044  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3217  hypothetical protein  31.64 
 
 
282 aa  85.5  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1969  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  32.03 
 
 
363 aa  82.4  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0935555 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4595  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  30.31 
 
 
344 aa  79.7  0.00000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1204  phospholipase/carboxylesterase  29.55 
 
 
335 aa  72.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.299935  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5085  polyhydroxybutyrate depolymerase  30.82 
 
 
313 aa  72  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0474117  normal  0.355318 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0579  esterase, putative  29.01 
 
 
324 aa  72  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3854  putative lipoprotein  29.96 
 
 
336 aa  70.1  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.496382  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2408  carbohydrate esterase family 1 protein  25 
 
 
316 aa  69.7  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.211104  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2752  phospholipase/carboxylesterase  27.08 
 
 
309 aa  68.2  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1590  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  31.6 
 
 
353 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255211  normal  0.12664 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3576  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  31.2 
 
 
451 aa  66.6  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.875939  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10685  lipoprotein lpqP  32.1 
 
 
280 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.132448  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1493  phospholipase/Carboxylesterase  29.01 
 
 
317 aa  61.2  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.030471  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13327  esterase lipoprotein lpqC  33.52 
 
 
304 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000167103  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1651  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  28.82 
 
 
323 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0627752  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4460  polyhydroxybutyrate depolymerase  29.55 
 
 
322 aa  58.2  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.403398  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2301  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  32.43 
 
 
232 aa  57  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0967  putative esterase  32.09 
 
 
244 aa  56.6  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.127871 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1573  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  27.88 
 
 
326 aa  56.6  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7236  putative LpqP (hydrolase/esterase)  32.39 
 
 
405 aa  55.5  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0397136  normal  0.31443 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1167  hypothetical protein  29.59 
 
 
471 aa  53.9  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.428408  normal  0.287821 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3487  hypothetical protein  31.15 
 
 
332 aa  50.8  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3566  phospholipase/carboxylesterase  23.69 
 
 
331 aa  49.7  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1953  putative hydrolase  25.4 
 
 
308 aa  49.3  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0001445  hitchhiker  0.00199711 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1290  hypothetical protein  29.76 
 
 
305 aa  49.3  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0072  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  33.58 
 
 
392 aa  48.1  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0713  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  33.64 
 
 
287 aa  48.1  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0373  polyhydroxybutyrate depolymerase  29.63 
 
 
357 aa  45.4  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0880654  hitchhiker  0.00622899 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1990  esterase, PHB depolymerase family  28.5 
 
 
406 aa  45.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000642829  normal  0.085302 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1385  putative Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  25.34 
 
 
464 aa  45.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.516849  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_92192  predicted protein  28.77 
 
 
486 aa  43.9  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.865019  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2261  putative esterase/lipase/thioesterase  30.05 
 
 
361 aa  43.5  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.556081  normal  0.0820217 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0726  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  32.73 
 
 
462 aa  42.7  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.401494  normal  0.100919 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04140  carboxylesterase  31.52 
 
 
222 aa  42.4  0.008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>