More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2404 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 424 aa  860    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  56.63 
 
 		 435 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2719  extracellular solute-binding protein family 1  44.6 
 
 		 434 aa  386  1e-106  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  44.6 
 
 		 433 aa  380  1e-104  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  45.67 
 
 		 431 aa  369  1e-101  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000238529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  44.09 
 
 		 428 aa  360  3e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  45.64 
 
 		 441 aa  339  4e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  45.55 
 
 		 429 aa  333  5e-90  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  42.59 
 
 		 427 aa  325  8.000000000000001e-88  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0477  extracellular solute-binding protein family 1  45.04 
 
 		 432 aa  319  5e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  40.54 
 
 		 427 aa  300  2e-80  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0185  extracellular solute-binding protein family 1  35.59 
 
 		 436 aa  287  2e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.515223  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  37.95 
 
 		 427 aa  261  1e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  36.36 
 
 		 495 aa  257  2e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2754  extracellular solute-binding protein family 1  36.68 
 
 		 443 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 		 431 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  32.82 
 
 		 419 aa  203  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  33.67 
 
 		 434 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2950  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 		 435 aa  201  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110397  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  32.55 
 
 		 434 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  30.73 
 
 		 420 aa  179  5.999999999999999e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1133  extracellular solute-binding protein family 1  30 
 
 		 451 aa  167  4e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  28.9 
 
 		 435 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 422 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  27.19 
 
 		 434 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1136  extracellular solute-binding protein family 1  25.96 
 
 		 431 aa  127  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 441 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  27.17 
 
 		 424 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 		 451 aa  125  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  27.34 
 
 		 442 aa  125  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  28.08 
 
 		 435 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  25.19 
 
 		 441 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.76 
 
 		 438 aa  120  3.9999999999999996e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  28.53 
 
 		 441 aa  118  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  28.81 
 
 		 410 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  28.28 
 
 		 442 aa  117  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0296  hypothetical protein  26.8 
 
 		 439 aa  116  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  26.49 
 
 		 448 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.3 
 
 		 435 aa  112  9e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  23.53 
 
 		 441 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  28.53 
 
 		 413 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  28.53 
 
 		 399 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  23.98 
 
 		 424 aa  109  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1025  extracellular solute-binding protein family 1  22.55 
 
 		 444 aa  107  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000399953  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 408 aa  107  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 		 421 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 		 408 aa  99  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4751  extracellular solute-binding protein family 1  27.04 
 
 		 417 aa  97.1  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.378465 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3251  extracellular solute-binding protein family 1  26.11 
 
 		 428 aa  96.7  8e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.292164  normal  0.0559218 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 412 aa  94.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 412 aa  94.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 412 aa  94  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 419 aa  93.2  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 412 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4662  extracellular solute-binding protein family 1  25.96 
 
 		 417 aa  90.9  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917353 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  26.51 
 
 		 419 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 		 419 aa  90.9  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.66 
 
 		 426 aa  90.5  5e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  26.17 
 
 		 417 aa  90.5  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  25.86 
 
 		 414 aa  90.1  7e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  27.06 
 
 		 422 aa  89.7  8e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 439 aa  89.7  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 420 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 419 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 420 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 		 452 aa  87  6e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  26.18 
 
 		 417 aa  83.6  0.000000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  22.97 
 
 		 437 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 434 aa  80.9  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3941  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.41 
 
 		 436 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  24.86 
 
 		 423 aa  80.5  0.00000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2115  extracellular solute-binding protein family 1  21.99 
 
 		 432 aa  79.7  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.845793  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2170  extracellular solute-binding protein family 1  25.28 
 
 		 428 aa  79.3  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8236  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.66 
 
 		 434 aa  78.2  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.764848 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4454  extracellular solute-binding protein family 1  24.3 
 
 		 466 aa  78.6  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5441  extracellular solute-binding protein family 1  24.34 
 
 		 452 aa  77.8  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.95 
 
 		 420 aa  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2783  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 		 431 aa  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4612  extracellular solute-binding protein family 1  26.06 
 
 		 437 aa  77.4  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  24.51 
 
 		 468 aa  77.8  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  22.38 
 
 		 417 aa  77  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  23.8 
 
 		 430 aa  77  0.0000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3041  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 		 429 aa  77  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.887996  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7906  extracellular solute-binding protein family 1  27.43 
 
 		 420 aa  76.6  0.0000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3546  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 419 aa  76.6  0.0000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000421461  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0616  extracellular solute-binding protein family 1  27.6 
 
 		 432 aa  76.6  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  24.94 
 
 		 434 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 		 427 aa  75.9  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1638  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  31.41 
 
 		 434 aa  75.9  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000325816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2983  extracellular solute-binding protein family 1  25.53 
 
 		 425 aa  75.5  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  25.24 
 
 		 431 aa  75.1  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1243  extracellular solute-binding protein  22.17 
 
 		 444 aa  74.7  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4033  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 429 aa  74.7  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.4 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  26.75 
 
 		 445 aa  73.2  0.000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09490  extracellular solute-binding protein family 1  23.78 
 
 		 424 aa  72.4  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.48456e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 435 aa  72.8  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0516  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.94 
 
 		 419 aa  71.2  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 461 aa  71.2  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 445 aa  71.2  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>