More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2245 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2245  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
956 aa  1768    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.00000425814  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4197  transcriptional regulator, LuxR family  33.43 
 
 
998 aa  336  2e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1998  transcriptional regulator, LuxR family  37.26 
 
 
956 aa  268  5e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0120259  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1095  transcriptional regulator, LuxR family  29.95 
 
 
919 aa  194  8e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.860504  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4346  LuxR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
1030 aa  183  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5781  transcriptional regulator, LuxR family  31.32 
 
 
895 aa  178  5e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2089  transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 
959 aa  166  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.840433 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2610  transcriptional regulator, LuxR family  33.04 
 
 
981 aa  114  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.701031  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  27.37 
 
 
1837 aa  105  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  28.14 
 
 
1833 aa  100  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1429  transcriptional regulator, LuxR family  32.38 
 
 
932 aa  98.2  7e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0848  transcriptional regulator, LuxR family  31.44 
 
 
954 aa  96.3  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0281  transcriptional regulator, LuxR family  31.01 
 
 
947 aa  95.5  5e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2227  XRE family transcriptional regulator  28.24 
 
 
1015 aa  94.7  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  26.07 
 
 
1822 aa  94.7  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1406  transcriptional activator domain-containing protein  29.79 
 
 
1067 aa  94  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2978  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.73 
 
 
1942 aa  94.4  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3154  transcriptional regulator, LuxR family  28.47 
 
 
1089 aa  93.2  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.639432 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  26.26 
 
 
1845 aa  92.4  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5741  serine/threonine protein kinase  22.41 
 
 
1914 aa  90.5  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7756  PAS sensor protein  26.75 
 
 
1809 aa  89  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3812  transcriptional regulator, LuxR family  31.02 
 
 
927 aa  87.8  9e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.142204  normal  0.0901624 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5743  ATPase domain-containing protein  28.68 
 
 
1685 aa  85.9  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2277  multi-sensor signal transduction multi-kinase  29.05 
 
 
1797 aa  85.9  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.947046 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1600  ATPase-like protein  31.52 
 
 
1071 aa  85.5  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6496  ATPase domain-containing protein  28.68 
 
 
1685 aa  85.5  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53789  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5349  transcriptional regulator, LuxR family  30.36 
 
 
900 aa  85.1  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0835513  normal  0.0775284 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2181  ATP-binding region ATPase domain protein  25.4 
 
 
1922 aa  84.3  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.116239 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5023  transcriptional regulator, LuxR family  31.63 
 
 
982 aa  84  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2055  ATPase-like protein  28.18 
 
 
1289 aa  83.6  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.125092  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0498  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  31.88 
 
 
1150 aa  83.6  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.813194  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2398  ATP-binding region ATPase domain protein  25.97 
 
 
1712 aa  82.4  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623096  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4382  regulatory protein, LuxR  27.41 
 
 
1006 aa  82  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.172901  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0183  protein kinase  25 
 
 
1697 aa  82  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1960  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25 
 
 
1080 aa  81.3  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2845  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF and PAS/PAC sensor  23.72 
 
 
1934 aa  80.5  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.218586  normal  0.818872 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  24.93 
 
 
2051 aa  80.9  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.417988  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1262  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.48 
 
 
1055 aa  80.5  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1020  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.32 
 
 
1441 aa  80.1  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2730  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  27.65 
 
 
1429 aa  79.3  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.225426  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4365  serine/threonine protein kinase  28.04 
 
 
1398 aa  79.7  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161943  normal  0.271622 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0761  LuxR family transcriptional regulator  25.56 
 
 
881 aa  79.3  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2662  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.3 
 
 
1422 aa  79.3  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4504  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  23.16 
 
 
1795 aa  78.6  0.0000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3549  transcriptional regulator, LuxR family  30.38 
 
 
1022 aa  78.6  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.642921  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5181  adenylate/guanylate cyclase  26.12 
 
 
1227 aa  78.6  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.454407  normal  0.397726 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3533  transcriptional regulator, LuxR family  34.76 
 
 
1064 aa  78.6  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3683  transcriptional activator domain-containing protein  27.35 
 
 
1034 aa  78.6  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00198659  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2311  regulatory protein LuxR  29.34 
 
 
922 aa  78.6  0.0000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1238  adenylate/guanylate cyclase  29.02 
 
 
1050 aa  78.6  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.431531  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1255  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  29.02 
 
 
1050 aa  78.6  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.922944 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1068  transcriptional regulator, LuxR family  30.55 
 
 
966 aa  78.2  0.0000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7885  ATPase-like protein  33.43 
 
 
1121 aa  77.8  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.811946  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5782  transcriptional regulator, LuxR family  29.35 
 
 
974 aa  77  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.239906  normal  0.713448 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1786  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.43 
 
 
1081 aa  77  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.145933 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0816  transcriptional activator domain protein  29.61 
 
 
1133 aa  76.6  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.437222  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0361  LuxR family transcriptional regulator  29.07 
 
 
973 aa  76.3  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4327  transcriptional activator domain-containing protein  28.73 
 
 
1029 aa  76.3  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.425746 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  29.3 
 
 
1744 aa  75.9  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4086  transcriptional regulator, LuxR family  32.69 
 
 
959 aa  75.9  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.105743  hitchhiker  0.000559176 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3968  serine/threonine protein kinase  21.38 
 
 
1908 aa  75.9  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.221286 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0554  transcriptional regulator, LuxR family  35.46 
 
 
948 aa  75.9  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.585074  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1546  Protein of unknown function DUF835  22.08 
 
 
1147 aa  75.9  0.000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.933731  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4205  ATPase-like protein  33.14 
 
 
963 aa  75.5  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181289  hitchhiker  0.00519851 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4622  multi-sensor signal transduction multi-kinase  29.5 
 
 
1780 aa  74.7  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.701325  normal  0.952257 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2785  transcriptional regulator, LuxR family  29.86 
 
 
1013 aa  74.3  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6954  transcriptional regulator, LuxR family  27.49 
 
 
1005 aa  74.3  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  25.44 
 
 
1644 aa  74.3  0.000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2863  transcriptional activator domain-containing protein  29.57 
 
 
1132 aa  74.3  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5653  regulatory protein, LuxR  28.53 
 
 
921 aa  73.9  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.794643  normal  0.376605 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0117  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF and PAS/PAC sensor  24.44 
 
 
2361 aa  73.2  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2803  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  22.1 
 
 
1805 aa  73.6  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.70885 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2954  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  30.29 
 
 
1146 aa  73.6  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00262132  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3785  ATPase-like protein  52.81 
 
 
937 aa  73.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.114558  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6796  transcriptional regulator  29.12 
 
 
1118 aa  73.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0072  LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
1000 aa  73.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.996458  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3535  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  23.56 
 
 
1804 aa  72.8  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.655347 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0048  adenylate/guanylate cyclase  26.3 
 
 
1142 aa  72.4  0.00000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4843  SARP family transcriptional regulator  28.29 
 
 
1151 aa  72.4  0.00000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0675424  hitchhiker  0.00881271 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4724  transcriptional activator domain-containing protein  28.27 
 
 
713 aa  72.4  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0999  hypothetical protein  23.16 
 
 
2272 aa  72  0.00000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4710  transcriptional regulator, LuxR family  37.76 
 
 
973 aa  72  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0640272  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3612  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.03 
 
 
1089 aa  72  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.758157  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5019  transcriptional regulator, LuxR family  29.52 
 
 
916 aa  71.6  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.385321 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  19.11 
 
 
1780 aa  71.6  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2880  transcriptional regulator, LuxR family  29.11 
 
 
905 aa  71.2  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0349194  hitchhiker  0.00245203 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3347  transcriptional activator domain-containing protein  30.94 
 
 
1109 aa  70.5  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4524  adenylate/guanylate cyclase  25.32 
 
 
1105 aa  70.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0773  transcriptional regulator, LuxR family  27.68 
 
 
967 aa  70.1  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0072  transcriptional activator domain protein  31.44 
 
 
1101 aa  69.7  0.0000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.713941  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4504  regulatory protein, LuxR  29.58 
 
 
929 aa  70.1  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1683  sterile alpha motif-containing protein  29.21 
 
 
1122 aa  70.5  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122095  normal  0.480972 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3995  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  23.43 
 
 
1794 aa  69.3  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5590  transcriptional regulator, LuxR family  31.34 
 
 
940 aa  69.3  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.508462  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6475  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  24.25 
 
 
1175 aa  69.7  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.928071  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4558  transcriptional regulator, LuxR family  31.92 
 
 
952 aa  69.7  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.025168  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3277  transcriptional regulator, LuxR family  43.97 
 
 
970 aa  69.3  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.737282  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4528  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  28.19 
 
 
1668 aa  69.3  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2417  transcriptional regulator, LuxR family  40.48 
 
 
998 aa  68.9  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0109186  decreased coverage  0.00199562 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6208  ATP-binding region ATPase domain protein  26.82 
 
 
1885 aa  68.6  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>