More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0658 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  100 
 
 		 547 aa  1082    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32350  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  54.55 
 
 		 628 aa  546  1e-154  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.32989 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1665  diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 530 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.772741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1657  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 530 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.22349 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 559 aa  124  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 696 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 354 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 516 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  43.16 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.24 
 
 		 843 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  41.61 
 
 		 690 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 463 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  44.87 
 
 		 668 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  39.66 
 
 		 457 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 278 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  44.23 
 
 		 671 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 354 aa  118  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 642 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 460 aa  117  7.999999999999999e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  43.83 
 
 		 645 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  39.11 
 
 		 457 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  38.55 
 
 		 457 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  36.74 
 
 		 461 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 645 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 530 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3516  diguanylate cyclase  49.68 
 
 		 370 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 314 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 298 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 555 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  37.89 
 
 		 518 aa  115  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  42.11 
 
 		 457 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 476 aa  114  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0266  diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 942 aa  114  5e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.78 
 
 		 324 aa  114  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 504 aa  114  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.81 
 
 		 901 aa  114  6e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  41.22 
 
 		 518 aa  114  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  33.96 
 
 		 425 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 612 aa  113  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 519 aa  113  9e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  39.42 
 
 		 387 aa  113  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3643  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 516 aa  113  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.93603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 718 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0089  diguanylate cyclase  43.58 
 
 		 407 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181863  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  40.24 
 
 		 308 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.51 
 
 		 565 aa  112  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2876  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 385 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.47 
 
 		 716 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  39.86 
 
 		 514 aa  112  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  40.85 
 
 		 308 aa  111  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  33.06 
 
 		 469 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  33.06 
 
 		 402 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  42.93 
 
 		 328 aa  111  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 517 aa  111  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 532 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 355 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 308 aa  110  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 380 aa  110  5e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 615 aa  110  5e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.44 
 
 		 772 aa  110  5e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  42.94 
 
 		 609 aa  110  5e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 461 aa  110  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 381 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  39.19 
 
 		 518 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  38.41 
 
 		 518 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  39.39 
 
 		 457 aa  110  7.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 385 aa  110  7.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 536 aa  110  7.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.46 
 
 		 557 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 603 aa  110  8.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0410  sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  40.8 
 
 		 335 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.294866  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 351 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 454 aa  110  8.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 518 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2064  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 335 aa  110  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.325381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.18 
 
 		 1021 aa  110  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 365 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 653 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  38.79 
 
 		 457 aa  109  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 610 aa  109  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 316 aa  109  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 495 aa  109  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 357 aa  109  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  37.95 
 
 		 355 aa  109  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 405 aa  109  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 370 aa  110  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6813  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 285 aa  108  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.823191  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3190  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 852 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43423  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  43.04 
 
 		 977 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 571 aa  109  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.37 
 
 		 728 aa  109  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  38.95 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0237  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 427 aa  108  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.124528  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  35.2 
 
 		 339 aa  108  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  37.89 
 
 		 455 aa  109  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  35.85 
 
 		 536 aa  108  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  38.38 
 
 		 466 aa  108  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 355 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>