More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0251 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0251  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 365 aa  687    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.46 
 
 		 398 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.61 
 
 		 374 aa  170  3e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.3 
 
 		 398 aa  169  5e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  34.51 
 
 		 396 aa  169  6e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.15 
 
 		 374 aa  169  7e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.04 
 
 		 398 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  34.04 
 
 		 398 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  33.16 
 
 		 398 aa  166  8e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.24 
 
 		 408 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  31.97 
 
 		 374 aa  161  2e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  34.03 
 
 		 402 aa  159  7e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.75 
 
 		 388 aa  157  3e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.7 
 
 		 378 aa  156  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.05 
 
 		 378 aa  156  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  31.55 
 
 		 374 aa  154  2e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.24 
 
 		 375 aa  151  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.77 
 
 		 383 aa  150  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  32.35 
 
 		 365 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  31.92 
 
 		 402 aa  146  5e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  31.25 
 
 		 376 aa  145  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  32.79 
 
 		 379 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.42 
 
 		 376 aa  145  2e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.89 
 
 		 377 aa  140  4.999999999999999e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  26.54 
 
 		 374 aa  139  7e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  35.04 
 
 		 379 aa  139  7e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.32 
 
 		 378 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.19 
 
 		 386 aa  137  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.78 
 
 		 376 aa  136  6.0000000000000005e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.69 
 
 		 396 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.46 
 
 		 380 aa  134  3e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.27 
 
 		 379 aa  134  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  35.4 
 
 		 386 aa  134  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.2 
 
 		 408 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  32.99 
 
 		 384 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  31.18 
 
 		 379 aa  130  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.76 
 
 		 369 aa  129  6e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  32.79 
 
 		 377 aa  129  7.000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  31.38 
 
 		 433 aa  129  7.000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 		 378 aa  129  9.000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  31.61 
 
 		 364 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  22.79 
 
 		 374 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.65 
 
 		 380 aa  127  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.25 
 
 		 377 aa  125  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.08 
 
 		 378 aa  124  4e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.86 
 
 		 387 aa  122  7e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  33.14 
 
 		 404 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.36 
 
 		 365 aa  112  7.000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.98 
 
 		 375 aa  112  7.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  25.34 
 
 		 366 aa  109  7.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.72 
 
 		 366 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.72 
 
 		 366 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.98 
 
 		 380 aa  107  5e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  25.72 
 
 		 374 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.51 
 
 		 372 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.01 
 
 		 369 aa  103  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.66 
 
 		 368 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.16 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.16 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  24.46 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.46 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  24.46 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  24.46 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  24.46 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  24.46 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.46 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  24.29 
 
 		 385 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  24.46 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  25.54 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 		 366 aa  102  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  24.46 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  22.63 
 
 		 377 aa  100  4e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.74 
 
 		 367 aa  100  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.86 
 
 		 381 aa  99.8  6e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.34 
 
 		 366 aa  99.8  8e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.53 
 
 		 366 aa  99.4  9e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.34 
 
 		 381 aa  99  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  22.58 
 
 		 366 aa  99  1e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 		 368 aa  99  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.78 
 
 		 365 aa  97.8  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000318907  decreased coverage  0.000394754 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  23.24 
 
 		 379 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0001  DNA polymerase III, beta subunit  23.78 
 
 		 365 aa  97.8  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.336764  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  22.86 
 
 		 381 aa  97.8  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.47 
 
 		 368 aa  97.4  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  24.42 
 
 		 397 aa  97.4  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  23.77 
 
 		 385 aa  97.4  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.13 
 
 		 372 aa  97.4  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  22.86 
 
 		 381 aa  97.8  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  24.13 
 
 		 366 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  24.13 
 
 		 366 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  24.26 
 
 		 366 aa  96.7  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.33 
 
 		 366 aa  97.1  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  23.24 
 
 		 379 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  24.26 
 
 		 366 aa  96.7  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  23.32 
 
 		 385 aa  97.1  5e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.12 
 
 		 372 aa  96.7  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.26 
 
 		 366 aa  96.7  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  24.13 
 
 		 366 aa  96.7  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.03 
 
 		 367 aa  96.7  6e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>