More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0220 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
67 aa  137  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1900  cold-shock DNA-binding domain protein  86.15 
 
 
67 aa  119  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.030523  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  79.1 
 
 
67 aa  112  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  80 
 
 
69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  77.27 
 
 
67 aa  111  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.27 
 
 
67 aa  111  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  80 
 
 
67 aa  111  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26130  cold-shock DNA-binding protein family  80.3 
 
 
67 aa  110  4.0000000000000004e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 
67 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  75.76 
 
 
67 aa  109  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  78.46 
 
 
67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  75.76 
 
 
67 aa  108  3e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 
67 aa  108  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  74.24 
 
 
67 aa  107  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.24 
 
 
67 aa  107  6e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 
67 aa  106  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.24 
 
 
67 aa  106  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 
67 aa  105  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 
67 aa  104  3e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 
67 aa  105  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  74.24 
 
 
67 aa  104  3e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 
67 aa  104  4e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 
67 aa  104  5e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 
67 aa  103  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1263  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 
67 aa  103  6e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  69.7 
 
 
67 aa  103  7e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.85 
 
 
67 aa  103  8e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.31 
 
 
67 aa  103  9e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 
67 aa  103  1e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 
68 aa  102  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
67 aa  102  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.77 
 
 
67 aa  100  5e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 
68 aa  100  5e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4477  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 
67 aa  100  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  69.7 
 
 
67 aa  100  9e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 
67 aa  100  9e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  99  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 
70 aa  99  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  98.6  3e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2701  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
67 aa  97.8  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  97.8  4e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
67 aa  97.4  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 
67 aa  97.8  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4077  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
67 aa  97.4  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.742445 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
67 aa  97.4  5e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 
77 aa  97.8  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 
67 aa  97.4  6e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  97.4  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
67 aa  97.1  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  97.1  7e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  66.67 
 
 
69 aa  97.1  7e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02500  cold-shock DNA-binding protein family  70.49 
 
 
62 aa  97.1  8e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169268  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
94 aa  96.7  8e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 
67 aa  96.7  9e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
68 aa  96.3  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  70.15 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.44 
 
 
69 aa  95.9  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
67 aa  94.7  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.88 
 
 
69 aa  94.4  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
67 aa  94.4  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  68.18 
 
 
67 aa  94.7  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  64.18 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
68 aa  94.4  5e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
66 aa  94.4  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
67 aa  94  7e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
67 aa  94  7e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
66 aa  93.6  8e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0073  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
67 aa  93.6  9e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.621224  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 
67 aa  93.6  9e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  69.84 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 
68 aa  92.8  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  64.18 
 
 
81 aa  92.8  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.84 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
68 aa  93.2  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>