More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0044 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  68.48 
 
 
611 aa  713  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  68.29 
 
 
582 aa  700  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  69.7 
 
 
573 aa  701  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  64.84 
 
 
585 aa  690  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  66.11 
 
 
573 aa  703  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  68.29 
 
 
582 aa  702  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  63.12 
 
 
582 aa  651  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  68.29 
 
 
582 aa  702  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  61.98 
 
 
582 aa  642  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  67.42 
 
 
583 aa  709  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  62.55 
 
 
581 aa  644  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
610 aa  1189  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  62.55 
 
 
581 aa  644  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  64.31 
 
 
592 aa  685  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3716  choline/carnitine/betaine transporter  55.38 
 
 
629 aa  624  1e-177  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.903721  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  57.05 
 
 
694 aa  619  1e-176  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  56.51 
 
 
580 aa  610  1e-173  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4898  choline/carnitine/betaine transporter  64.95 
 
 
586 aa  595  1e-168  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0184  BCCT transporter  57.53 
 
 
602 aa  582  1e-165  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4142  choline/carnitine/betaine transporter  58.61 
 
 
602 aa  559  1e-158  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  52.33 
 
 
577 aa  500  1e-140  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  55.41 
 
 
574 aa  496  1e-139  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  49.41 
 
 
663 aa  496  1e-139  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  59.88 
 
 
525 aa  498  1e-139  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  51.36 
 
 
531 aa  489  1e-137  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  51.38 
 
 
531 aa  476  1e-133  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  47.48 
 
 
600 aa  474  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  44.22 
 
 
678 aa  472  1e-131  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02380  choline/carnitine/betaine transport  49.8 
 
 
664 aa  467  1e-130  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.136626  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  48.28 
 
 
671 aa  462  1e-129  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00860  choline/carnitine/betaine transport  51.23 
 
 
662 aa  458  1e-127  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22280  choline/carnitine/betaine transport  47.75 
 
 
639 aa  447  1e-124  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16530  choline/carnitine/betaine transport  48.79 
 
 
651 aa  434  1e-120  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0532776  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  43.73 
 
 
573 aa  416  1e-115  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  42.8 
 
 
503 aa  416  1e-114  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  42.7 
 
 
523 aa  410  1e-113  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  46.26 
 
 
497 aa  408  1e-112  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  42.29 
 
 
494 aa  402  1e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  42.8 
 
 
490 aa  400  1e-110  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  43.93 
 
 
508 aa  399  1e-110  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  41.28 
 
 
546 aa  399  1e-109  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  43.25 
 
 
498 aa  396  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  45.77 
 
 
606 aa  397  1e-109  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  39.51 
 
 
580 aa  394  1e-108  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10935  glycine betaine transport integral membrane protein betP  47.83 
 
 
593 aa  390  1e-107  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  40.36 
 
 
558 aa  385  1e-106  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  38.76 
 
 
548 aa  386  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  2.12445e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  38.76 
 
 
548 aa  386  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  37.5 
 
 
532 aa  385  1e-105  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  41.1 
 
 
504 aa  382  1e-105  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  41.54 
 
 
505 aa  380  1e-104  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  38.31 
 
 
516 aa  382  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  39.76 
 
 
637 aa  380  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  38.51 
 
 
516 aa  381  1e-104  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  37.93 
 
 
516 aa  380  1e-104  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.13352e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  38.31 
 
 
516 aa  382  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  38.31 
 
 
516 aa  382  1e-104  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  1.0169e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  38.31 
 
 
516 aa  381  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  1.5754e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  38.12 
 
 
516 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  38.12 
 
 
516 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  40.94 
 
 
505 aa  379  1e-103  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  37.74 
 
 
516 aa  378  1e-103  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  8.51893e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  41.28 
 
 
520 aa  377  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  40.94 
 
 
505 aa  379  1e-103  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  37.86 
 
 
516 aa  377  1e-103  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  5.02789e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  39.66 
 
 
603 aa  376  1e-103  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  41.28 
 
 
520 aa  377  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  40.55 
 
 
505 aa  374  1e-102  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  40.66 
 
 
504 aa  374  1e-102  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  40.74 
 
 
505 aa  375  1e-102  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  40.66 
 
 
504 aa  373  1e-102  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.83656e-05 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  40.74 
 
 
505 aa  375  1e-102  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  40.74 
 
 
505 aa  375  1e-102  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  40.74 
 
 
505 aa  375  1e-102  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  42.91 
 
 
659 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  42.91 
 
 
659 aa  372  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  44.2 
 
 
506 aa  372  1e-101  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  43.95 
 
 
545 aa  365  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  39.07 
 
 
530 aa  366  1e-100  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  42.35 
 
 
698 aa  365  2e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  39.49 
 
 
556 aa  362  9e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  42.63 
 
 
538 aa  359  1e-97  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  37.45 
 
 
544 aa  358  1e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  42.47 
 
 
534 aa  358  1e-97  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  38.54 
 
 
567 aa  358  2e-97  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  38.21 
 
 
676 aa  357  4e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  38.91 
 
 
676 aa  357  4e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  43.72 
 
 
657 aa  355  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  38.25 
 
 
606 aa  353  3e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  42.52 
 
 
691 aa  353  4e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  40.79 
 
 
667 aa  352  1e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  35.74 
 
 
637 aa  352  1e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  41.58 
 
 
676 aa  351  2e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04020  choline/carnitine/betaine transport  36.74 
 
 
609 aa  351  3e-95  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0187444  normal  0.0477577 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30890  choline/carnitine/betaine transport  42.86 
 
 
572 aa  350  3e-95  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  38.16 
 
 
673 aa  351  3e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01900  choline/carnitine/betaine transport  38.76 
 
 
619 aa  350  4e-95  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06510  choline/carnitine/betaine transport  36.93 
 
 
642 aa  350  5e-95  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  35.73 
 
 
551 aa  348  1e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  39.7 
 
 
661 aa  347  3e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>