60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0037 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  70.98 
 
 
456 aa  660  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
460 aa  944  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  32.86 
 
 
457 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  27.46 
 
 
524 aa  139  7e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  28.03 
 
 
478 aa  129  1e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  28.2 
 
 
497 aa  121  2e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.14 
 
 
515 aa  109  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  27.05 
 
 
487 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  28.46 
 
 
398 aa  104  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  30.85 
 
 
469 aa  103  7e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  27.79 
 
 
437 aa  102  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  24.01 
 
 
530 aa  100  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  25.94 
 
 
433 aa  96.3  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  30.17 
 
 
452 aa  93.2  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  25.86 
 
 
449 aa  89.7  9e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  26.97 
 
 
449 aa  89  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  24.6 
 
 
443 aa  87.8  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  25.71 
 
 
526 aa  86.7  9e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  24.15 
 
 
443 aa  84.3  4e-15  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  24.6 
 
 
441 aa  84.3  4e-15  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  28.27 
 
 
447 aa  83.2  9e-15  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1136  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
282 aa  82.8  1e-14  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113401  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  27.56 
 
 
467 aa  82.4  1e-14  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5332  XRE family transcriptional regulator  51.25 
 
 
392 aa  81.6  3e-14  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0702  hypothetical protein  28.78 
 
 
405 aa  80.5  6e-14  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  27.98 
 
 
403 aa  79  2e-13  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  24.51 
 
 
468 aa  78.2  3e-13  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0334  hypothetical protein  25.21 
 
 
475 aa  76.6  7e-13  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.663709  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  24.11 
 
 
453 aa  75.1  2e-12  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  25.54 
 
 
249 aa  75.1  2e-12  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  25.17 
 
 
432 aa  72.8  1e-11  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  3.76274e-09 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  21.96 
 
 
412 aa  70.1  7e-11  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0340  tetratricopeptide domain-containing protein  29.1 
 
 
418 aa  68.6  2e-10  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  23.49 
 
 
401 aa  68.6  2e-10  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  25.22 
 
 
477 aa  68.6  2e-10  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 
397 aa  68.9  2e-10  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2079  hypothetical protein  39.09 
 
 
161 aa  65.1  2e-09  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0491227  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  24.22 
 
 
463 aa  65.5  2e-09  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5282  hypothetical protein  34.29 
 
 
470 aa  64.7  3e-09  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  26.9 
 
 
441 aa  64.3  5e-09  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  22.86 
 
 
461 aa  62.8  1e-08  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  23.81 
 
 
413 aa  58.5  3e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  30.77 
 
 
510 aa  55.5  2e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3226  hypothetical protein  31.58 
 
 
443 aa  55.8  2e-06  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.407522 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  22.26 
 
 
420 aa  53.9  6e-06  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1397  hypothetical protein  30.43 
 
 
443 aa  53.5  7e-06  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4244  formylmethionine deformylase  37.35 
 
 
549 aa  51.6  3e-05  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.928565  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  23.53 
 
 
502 aa  51.2  4e-05  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  24.2 
 
 
444 aa  50.8  6e-05  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2192  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
218 aa  50.4  6e-05  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.426149  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1481  transcriptional regulator, XRE family  26.43 
 
 
427 aa  48.9  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.438769  normal  0.39369 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4907  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 
433 aa  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5500  helix-turn-helix domain protein  34.34 
 
 
400 aa  47  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  1.65306e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  33.08 
 
 
554 aa  47  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.19709 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2821  helix-turn-helix domain protein  31.43 
 
 
290 aa  46.6  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.803112  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9064  hypothetical protein  21.27 
 
 
431 aa  45.1  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1281  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 
419 aa  43.5  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.525264  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  24.57 
 
 
311 aa  43.5  0.009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1942  hypothetical protein  22.08 
 
 
449 aa  43.5  0.009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.251834  normal  0.229464 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  25.81 
 
 
474 aa  43.1  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>