More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0004 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  100 
 
 
371 aa  721    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  66.84 
 
 
390 aa  484  1e-135  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  64.96 
 
 
386 aa  461  1e-129  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  65.32 
 
 
389 aa  461  9.999999999999999e-129  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  66.76 
 
 
380 aa  457  1e-127  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  62.56 
 
 
390 aa  456  1e-127  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  66.76 
 
 
380 aa  457  1e-127  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  66.76 
 
 
380 aa  457  1e-127  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  62.6 
 
 
380 aa  440  9.999999999999999e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  64.63 
 
 
377 aa  436  1e-121  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  65.43 
 
 
376 aa  434  1e-120  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  61.23 
 
 
377 aa  432  1e-120  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  64.36 
 
 
377 aa  427  1e-118  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.24 
 
 
378 aa  427  1e-118  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  57.63 
 
 
414 aa  425  1e-118  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  61.5 
 
 
401 aa  427  1e-118  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  60.9 
 
 
399 aa  423  1e-117  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  64.29 
 
 
379 aa  420  1e-116  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  60.4 
 
 
401 aa  421  1e-116  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.48 
 
 
397 aa  409  1e-113  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  60 
 
 
385 aa  408  1e-113  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  54.63 
 
 
420 aa  411  1e-113  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.96 
 
 
381 aa  402  1e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  55.81 
 
 
399 aa  400  9.999999999999999e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.09 
 
 
398 aa  395  1e-109  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  53.9 
 
 
402 aa  394  1e-108  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  55.08 
 
 
397 aa  390  1e-107  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.38 
 
 
391 aa  382  1e-105  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  56.73 
 
 
390 aa  382  1e-105  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  52.41 
 
 
401 aa  380  1e-104  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  51.65 
 
 
415 aa  361  9e-99  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.57 
 
 
485 aa  349  6e-95  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  49.01 
 
 
414 aa  344  1e-93  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  52.68 
 
 
371 aa  337  9.999999999999999e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  50.53 
 
 
404 aa  300  3e-80  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  60.26 
 
 
457 aa  254  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  38.81 
 
 
395 aa  237  2e-61  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  32.22 
 
 
433 aa  237  2e-61  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  32.88 
 
 
375 aa  216  5e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  35.63 
 
 
375 aa  215  9.999999999999999e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  32.88 
 
 
374 aa  214  1.9999999999999998e-54  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  32.61 
 
 
375 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  32.61 
 
 
375 aa  212  7.999999999999999e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  32.35 
 
 
375 aa  211  1e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  32.35 
 
 
375 aa  211  1e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  32.88 
 
 
375 aa  211  1e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  32.35 
 
 
375 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  32.35 
 
 
375 aa  211  2e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  32.35 
 
 
375 aa  211  2e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  32.35 
 
 
375 aa  211  2e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  38.79 
 
 
398 aa  208  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  29.3 
 
 
361 aa  207  3e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  29.3 
 
 
361 aa  207  3e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  32.08 
 
 
373 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  33.06 
 
 
371 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  31.1 
 
 
371 aa  196  4.0000000000000005e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  36.65 
 
 
371 aa  196  5.000000000000001e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  30.83 
 
 
369 aa  195  1e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  32.88 
 
 
374 aa  195  1e-48  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  30.99 
 
 
369 aa  192  8e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  30.77 
 
 
374 aa  190  4e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.84 
 
 
360 aa  189  7e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  29.65 
 
 
370 aa  189  9e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  29.65 
 
 
370 aa  189  9e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.11 
 
 
365 aa  189  9e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.54 
 
 
376 aa  189  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.82 
 
 
386 aa  188  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.83 
 
 
372 aa  187  2e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  30.54 
 
 
374 aa  186  5e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  37.77 
 
 
371 aa  185  1.0000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  27.42 
 
 
362 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  31.71 
 
 
372 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  38.13 
 
 
394 aa  182  6e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.48 
 
 
370 aa  181  1e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  35.19 
 
 
392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  34.17 
 
 
370 aa  180  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  31.52 
 
 
366 aa  180  2.9999999999999997e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  36 
 
 
365 aa  178  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  36.26 
 
 
387 aa  176  5e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.32 
 
 
373 aa  176  5e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  30.61 
 
 
364 aa  175  9.999999999999999e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  30.05 
 
 
364 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  31.48 
 
 
359 aa  173  5e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  32.83 
 
 
384 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  33.16 
 
 
364 aa  170  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.69 
 
 
364 aa  169  6e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.02 
 
 
382 aa  168  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  34.05 
 
 
365 aa  167  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.64 
 
 
363 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  35.71 
 
 
385 aa  167  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  34.28 
 
 
376 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.61 
 
 
363 aa  162  7e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.66 
 
 
360 aa  162  7e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.17 
 
 
365 aa  162  1e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.94 
 
 
369 aa  161  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1620  recombination protein F  36.39 
 
 
358 aa  160  3e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.251361 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.96 
 
 
374 aa  160  3e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  30.2 
 
 
369 aa  158  2e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  30.98 
 
 
390 aa  157  2e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  26.15 
 
 
359 aa  157  4e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>