More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0002 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
378 aa  750  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  72.56 
 
 
379 aa  509  1e-143  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  2.51098e-09  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  61.01 
 
 
388 aa  461  1e-129  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  61.07 
 
 
396 aa  462  1e-129  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  58.52 
 
 
398 aa  447  1e-124  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  57.32 
 
 
402 aa  443  1e-123  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  57.51 
 
 
398 aa  436  1e-121  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  58.16 
 
 
398 aa  431  1e-120  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  58.16 
 
 
398 aa  431  1e-119  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  58.16 
 
 
398 aa  431  1e-119  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.89 
 
 
386 aa  400  1e-110  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.64 
 
 
408 aa  388  1e-107  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.91 
 
 
375 aa  387  1e-106  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  6.84448e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  54.05 
 
 
379 aa  384  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.35 
 
 
380 aa  380  1e-104  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  1.43991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.21 
 
 
377 aa  375  1e-103  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  1.86271e-08 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  54.21 
 
 
377 aa  370  1e-101  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  3.16606e-10  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.91 
 
 
408 aa  371  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.58 
 
 
374 aa  369  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.83 
 
 
379 aa  368  1e-101  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.62 
 
 
378 aa  362  5e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  48.17 
 
 
379 aa  358  1e-97  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50 
 
 
374 aa  357  2e-97  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.5514e-14 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.95 
 
 
396 aa  354  2e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.77 
 
 
377 aa  351  1e-95  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  48.15 
 
 
376 aa  348  7e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  47.3 
 
 
402 aa  348  9e-95  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  1.38278e-05  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.77 
 
 
376 aa  345  6e-94  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  47.12 
 
 
378 aa  343  2e-93  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  46.54 
 
 
374 aa  343  3e-93  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.05 
 
 
383 aa  342  4e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.83 
 
 
376 aa  342  8e-93  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  8.49521e-07  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.29 
 
 
378 aa  340  2e-92  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.21 
 
 
387 aa  340  2e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.09 
 
 
380 aa  340  3e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  48.72 
 
 
386 aa  325  6e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  46.81 
 
 
365 aa  321  1e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  43.54 
 
 
374 aa  319  4e-86  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  45.08 
 
 
384 aa  314  1e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  41.01 
 
 
374 aa  279  5e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  43.47 
 
 
364 aa  273  3e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  37.4 
 
 
374 aa  272  8e-72  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  42.26 
 
 
404 aa  247  2e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  37.96 
 
 
433 aa  223  4e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.19 
 
 
365 aa  208  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  33.51 
 
 
366 aa  203  4e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  5.53224e-06  hitchhiker  3.89013e-07 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  31.05 
 
 
365 aa  201  1e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.47 
 
 
366 aa  187  4e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.47 
 
 
366 aa  187  4e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.89 
 
 
366 aa  185  1e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.02 
 
 
369 aa  183  4e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.81 
 
 
375 aa  180  3e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  4.18991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.18 
 
 
370 aa  174  3e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.97 
 
 
385 aa  172  9e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 
378 aa  171  3e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.67002e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  28.72 
 
 
375 aa  170  4e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  1.5774e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.97 
 
 
385 aa  169  1e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.72 
 
 
385 aa  166  4e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.41 
 
 
378 aa  166  6e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  26.12 
 
 
366 aa  164  2e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.92 
 
 
390 aa  164  2e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  28.03 
 
 
379 aa  164  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.16 
 
 
397 aa  164  3e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.03 
 
 
379 aa  164  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.03 
 
 
379 aa  164  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.72 
 
 
385 aa  163  6e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  28.03 
 
 
379 aa  162  9e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  8.20509e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.03 
 
 
379 aa  162  1e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.7 
 
 
389 aa  162  1e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.62 
 
 
379 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.58 
 
 
365 aa  161  2e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  5.99685e-05 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  27.62 
 
 
379 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.64 
 
 
381 aa  160  4e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 
366 aa  160  5e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 
366 aa  159  7e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.26321e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 
366 aa  158  1e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.25 
 
 
380 aa  158  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1009  DNA polymerase III, beta subunit  26.94 
 
 
369 aa  157  2e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.32 
 
 
378 aa  158  2e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  27.27 
 
 
377 aa  157  3e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.41 
 
 
385 aa  157  3e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  27.27 
 
 
377 aa  157  4e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  27.64 
 
 
381 aa  156  5e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.64 
 
 
381 aa  156  5e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  3.41772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.14 
 
 
381 aa  156  6e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  29.37 
 
 
362 aa  155  1e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.72 
 
 
370 aa  155  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  7.29086e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  28.32 
 
 
381 aa  155  1e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  1.66783e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.39 
 
 
367 aa  154  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.93 
 
 
388 aa  154  3e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  29.32 
 
 
367 aa  154  4e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  8.74025e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  27.58 
 
 
377 aa  153  5e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.97 
 
 
373 aa  152  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  9.29484e-07 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  28.21 
 
 
382 aa  152  8e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  27.13 
 
 
374 aa  152  9e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  5.79402e-05  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.32 
 
 
377 aa  151  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.32 
 
 
377 aa  151  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0251  DNA polymerase III, beta subunit  34.05 
 
 
365 aa  151  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  27.44 
 
 
376 aa  150  4e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  29.07 
 
 
393 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>