32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_4264 on replicon NC_008766
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007337  Reut_D6512  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  95.15 
 
 
572 aa  806    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4264  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  100 
 
 
577 aa  1101    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.121202  decreased coverage  0.00233607 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6625  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  95.15 
 
 
572 aa  806    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15540  putative mating pair formation protein TrbL  51.15 
 
 
540 aa  355  1e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145282  unclonable  1.75241e-21 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004334  conjugative transfer protein TrbL  49.42 
 
 
534 aa  335  2e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0056  conjugal transfer protein TrbL/VirB6  45.98 
 
 
473 aa  305  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2646  P-type conjugative transfer protein TrbL  47.06 
 
 
463 aa  296  7e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.740918  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1718  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  55.53 
 
 
550 aa  283  6.000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0685182  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2235  P-type conjugative transfer protein TrbL  55.41 
 
 
456 aa  281  2e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2536  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  49.61 
 
 
532 aa  258  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.804219  hitchhiker  0.0000361128 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4694  P-type conjugative transfer protein TrbL  26.05 
 
 
443 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0366  trbL protein  30.56 
 
 
547 aa  124  5e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4643  conjugal transfer protein  48.76 
 
 
323 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.846302  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5382  conjugal transfer protein TrbL  28.37 
 
 
402 aa  99  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0685398 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9261  conjugal transfer protein TrbL  29.3 
 
 
398 aa  97.8  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.24282  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4563  conjugal transfer protein TrbL  27.54 
 
 
384 aa  89.7  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87565  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2505  Type IV secretory pathway TrbL components-like protein  26.32 
 
 
541 aa  88.2  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0763  P-type conjugative transfer protein TrbL  26.02 
 
 
394 aa  85.1  0.000000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9653  conjugal transfer protein TrbL  29.37 
 
 
368 aa  82.8  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.912606  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5488  conjugal transfer protein TrbL  28.02 
 
 
382 aa  80.5  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0710712  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8328  conjugal transfer protein TrbL  28.11 
 
 
342 aa  76.6  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169501  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0395  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  30.81 
 
 
647 aa  74.7  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1614  P-type conjugative transfer protein TrbL  22.96 
 
 
493 aa  63.5  0.000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1433  putative plasmid conjugal transfer protein  41.58 
 
 
124 aa  59.3  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1234  putative conjugal transfer protein TrbL  54.17 
 
 
48 aa  54.3  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0251  P-type conjugative transfer protein TrbL  23.83 
 
 
563 aa  48.5  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1343  P-type conjugative transfer protein TrbL  24.1 
 
 
589 aa  48.5  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.794081 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1642  conjugal transfer protein trbL, putative  24.1 
 
 
589 aa  48.1  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.476386  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2273  conjugal transfer protein TrbL  24.83 
 
 
418 aa  47.8  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0312  conjugal transfer protein TrbL  23.23 
 
 
436 aa  45.8  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3092  conjugal transfer protein TrbL  24.35 
 
 
450 aa  45.1  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5370  P-type conjugative transfer protein TrbL  21.97 
 
 
437 aa  43.9  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228409  normal  0.443323 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>