More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_3290 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01080  fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA-binding protein/RNA degradosome binding protein  60.47 
 
 
1061 aa  639    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00444981  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  70.41 
 
 
998 aa  958    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  55.26 
 
 
1144 aa  640    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  60.47 
 
 
1061 aa  639    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1579  ribonuclease, Rne/Rng family  52.76 
 
 
1060 aa  637    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00521114  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2187  ribonuclease E  60.67 
 
 
1068 aa  641    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.33181  hitchhiker  0.00000000773492 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  53.54 
 
 
1132 aa  671    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  63.75 
 
 
1091 aa  683    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  61.61 
 
 
1076 aa  1046    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  59.16 
 
 
1035 aa  655    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  63.91 
 
 
1014 aa  889    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  52.1 
 
 
1004 aa  649    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  66.99 
 
 
879 aa  843    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1282  ribonuclease E  60.67 
 
 
1068 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783205  hitchhiker  0.0000048225 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  55.65 
 
 
1088 aa  637    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  50.45 
 
 
1128 aa  685    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  59.29 
 
 
928 aa  667    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  61.65 
 
 
1090 aa  844    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  69.42 
 
 
1061 aa  785    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2657  ribonuclease, Rne/Rng family  55.26 
 
 
1154 aa  642    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00498519  hitchhiker  0.000418055 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  63.4 
 
 
1120 aa  680    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  68.97 
 
 
1038 aa  1018    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  82.35 
 
 
1074 aa  1000    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  48.88 
 
 
1216 aa  650    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  59.56 
 
 
1065 aa  643    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  59.8 
 
 
870 aa  790    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  80.52 
 
 
1044 aa  1084    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  64.53 
 
 
1042 aa  863    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  48.88 
 
 
1216 aa  650    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  64.64 
 
 
873 aa  755    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  64 
 
 
1086 aa  682    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  62.64 
 
 
1085 aa  854    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  62.13 
 
 
1056 aa  655    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  62.78 
 
 
764 aa  639    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  62.79 
 
 
1088 aa  860    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  52.57 
 
 
1082 aa  690    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  60.47 
 
 
1061 aa  639    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1463  ribonuclease E  60.47 
 
 
1061 aa  639    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00215249  hitchhiker  0.000000103406 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  60.41 
 
 
1011 aa  872    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1253  ribonuclease E  60.67 
 
 
1067 aa  641    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.16743 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  63.01 
 
 
1139 aa  687    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  56.69 
 
 
752 aa  646    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  100 
 
 
1025 aa  2039    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  59.97 
 
 
977 aa  801    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  62.58 
 
 
1015 aa  652    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1615  ribonuclease, Rne/Rng family  58.41 
 
 
1058 aa  641    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000319313  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  62.89 
 
 
1068 aa  836    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  60.57 
 
 
1097 aa  848    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2241  ribonuclease E  60.47 
 
 
1061 aa  639    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000115068  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  46.94 
 
 
1201 aa  648    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  61.31 
 
 
1128 aa  648    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  54.09 
 
 
1132 aa  677    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  48.88 
 
 
1216 aa  650    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  79.66 
 
 
1007 aa  999    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1600  ribonuclease E  58.12 
 
 
1048 aa  642    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000427165  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  60.91 
 
 
968 aa  657    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  50.51 
 
 
1071 aa  674    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0592  ribonuclease  68.96 
 
 
1058 aa  953    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0452769 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  58.83 
 
 
904 aa  756    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  55.05 
 
 
688 aa  644    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120942  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  80.67 
 
 
1041 aa  977    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  60.24 
 
 
1096 aa  843    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  55.26 
 
 
1148 aa  641    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  50 
 
 
1102 aa  645    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  61.65 
 
 
1090 aa  844    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  65.2 
 
 
865 aa  838    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  59.26 
 
 
1175 aa  684    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  60.47 
 
 
1057 aa  639    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  55.26 
 
 
1158 aa  642    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1353  ribonuclease E  58.24 
 
 
938 aa  690    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000765938  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  61.65 
 
 
1087 aa  847    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  70.3 
 
 
1037 aa  855    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2643  ribonuclease, Rne/Rng family  97.38 
 
 
1029 aa  1561    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  61.65 
 
 
1087 aa  847    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  60.47 
 
 
1061 aa  639    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738621  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1207  ribonuclease E  60.47 
 
 
1061 aa  639    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187022  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  51.3 
 
 
1141 aa  663    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  55.25 
 
 
1012 aa  691    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  58.58 
 
 
1128 aa  640    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  51.27 
 
 
1070 aa  679    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  56.27 
 
 
1072 aa  703    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01088  hypothetical protein  60.47 
 
 
1061 aa  639    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00236445  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  55.56 
 
 
1093 aa  642    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  55.72 
 
 
1095 aa  643    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2511  ribonuclease E  60.68 
 
 
1113 aa  636    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00474333  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  64.37 
 
 
1073 aa  689    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  61.23 
 
 
1124 aa  643    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  58.55 
 
 
1091 aa  653    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  57.14 
 
 
1057 aa  698    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  89.63 
 
 
1040 aa  1082    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1297  ribonuclease E  60.67 
 
 
1067 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148033 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  62.01 
 
 
1088 aa  851    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  63.91 
 
 
1092 aa  869    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  53.47 
 
 
1238 aa  694    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  54.56 
 
 
1084 aa  647    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  55.72 
 
 
1098 aa  644    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  57.14 
 
 
1073 aa  685    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2003  ribonuclease E  60.67 
 
 
1067 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000122213  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  48.3 
 
 
1142 aa  647    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  63.75 
 
 
1090 aa  682    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>