More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_2959 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  100 
 
 
444 aa  922  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4029  integrase family protein  59.48 
 
 
467 aa  578  1e-164  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.0270341 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2625  phage integrase family protein  64.96 
 
 
400 aa  532  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1865  integrase family protein  64.91 
 
 
401 aa  528  1e-149  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.94549  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31280  putative integrase  64.91 
 
 
401 aa  528  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.88668e-10  unclonable  4.84268e-22 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4137  phage integrase family protein  62.12 
 
 
400 aa  525  1e-148  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.031573  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1182  putative phage integrase  62.12 
 
 
400 aa  525  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.383522  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2622  integrase protein  63.43 
 
 
400 aa  524  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561112  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0671  phage integrase family protein  62.97 
 
 
401 aa  521  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.707055 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3747  integrase  63.68 
 
 
399 aa  516  1e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36120  Phage integrase  63.01 
 
 
400 aa  515  1e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1236  phage integrase  61.65 
 
 
399 aa  511  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449507  normal  0.10874 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1244  phage integrase family protein  61.56 
 
 
399 aa  512  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.797454  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2601  integrase family protein  64.29 
 
 
399 aa  504  1e-142  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.533125 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3045  phage integrase  64.69 
 
 
415 aa  503  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.172973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2745  integrase family protein  64.69 
 
 
415 aa  503  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.99512  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3540  integrase family protein  64.03 
 
 
399 aa  504  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0497  integrase family protein  63.57 
 
 
412 aa  494  1e-138  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0807  integrase protein  76.8 
 
 
181 aa  297  3e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  41.34 
 
 
411 aa  287  2e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  38.6 
 
 
397 aa  256  5e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  38.08 
 
 
384 aa  255  9e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  37.98 
 
 
384 aa  246  5e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  36.73 
 
 
393 aa  241  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  32.56 
 
 
388 aa  187  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3724  putative integrase protein  70 
 
 
143 aa  183  4e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  32.12 
 
 
434 aa  181  3e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  28.47 
 
 
463 aa  156  7e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2770  integrase family protein  29.1 
 
 
452 aa  150  4e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.251515  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3806  phage integrase  28.67 
 
 
451 aa  149  1e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0304559  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4157  integrase family protein  30.49 
 
 
432 aa  143  5e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225884  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  29.38 
 
 
429 aa  143  6e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7820  putative phage integrase  28.05 
 
 
451 aa  141  2e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  29.07 
 
 
400 aa  136  6e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  9.71423e-06 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0620  integrase family protein  27.85 
 
 
452 aa  135  2e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  26.68 
 
 
376 aa  131  2e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  27.18 
 
 
376 aa  130  4e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  26.36 
 
 
376 aa  130  4e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  26.61 
 
 
376 aa  130  5e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0154  phage integrase family protein  26.83 
 
 
451 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.543339  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  27.12 
 
 
430 aa  120  6e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  27.48 
 
 
402 aa  119  1e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  4.73566e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  26.7 
 
 
412 aa  115  2e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  27.76 
 
 
387 aa  112  1e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  25.27 
 
 
379 aa  111  2e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3752  phage integrase family protein  26.63 
 
 
422 aa  109  8e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.538338  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4340  phage integrase family protein  27.61 
 
 
420 aa  109  8e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.185587  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  26.75 
 
 
404 aa  106  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  26.59 
 
 
397 aa  100  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  25.95 
 
 
396 aa  99  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  25.2 
 
 
482 aa  97.8  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  24.82 
 
 
412 aa  93.6  7e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  26.67 
 
 
413 aa  92.4  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  26.69 
 
 
406 aa  90.5  6e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  25.71 
 
 
426 aa  89.7  8e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  23.91 
 
 
456 aa  89  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3121  phage integrase family protein  26.92 
 
 
449 aa  87.4  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  23.2 
 
 
451 aa  87  6e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  23.65 
 
 
451 aa  86.7  7e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  25.41 
 
 
415 aa  86.7  8e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  29.41 
 
 
448 aa  86.3  1e-15  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0217  phage-related integrase  24.57 
 
 
413 aa  85.1  2e-15  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838235  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  28.08 
 
 
410 aa  84.7  3e-15  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  23.65 
 
 
451 aa  84.7  3e-15  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1227  integrase family protein  27.84 
 
 
424 aa  83.2  8e-15  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149921  normal  0.536296 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  25.35 
 
 
401 aa  82.8  1e-14  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  24.56 
 
 
414 aa  81.6  2e-14  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  22.35 
 
 
429 aa  81.3  3e-14  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  26.61 
 
 
353 aa  81.6  3e-14  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0366  integrase family protein  30.73 
 
 
439 aa  80.5  5e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.134449 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2399  hypothetical protein  40.54 
 
 
137 aa  80.1  7e-14  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.229698  normal  0.0250128 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  29.37 
 
 
381 aa  80.1  7e-14  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3853  integrase family protein  24.6 
 
 
500 aa  80.1  8e-14  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  24.07 
 
 
389 aa  79.7  1e-13  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  24.31 
 
 
414 aa  79.3  1e-13  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  23.16 
 
 
401 aa  77.8  3e-13  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  25.12 
 
 
413 aa  76.6  8e-13  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  23.5 
 
 
402 aa  76.6  8e-13  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  26.25 
 
 
337 aa  75.9  1e-12  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1859  phage integrase family protein  26.03 
 
 
427 aa  76.3  1e-12  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0222826  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  27.63 
 
 
367 aa  76.3  1e-12  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1727  integrase family protein  25.36 
 
 
425 aa  75.5  2e-12  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  27.1 
 
 
392 aa  75.5  2e-12  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0519  phage integrase  25.19 
 
 
434 aa  75.5  2e-12  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0927  phage integrase family protein  26.2 
 
 
425 aa  74.3  4e-12  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000881827 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  28.4 
 
 
375 aa  73.9  5e-12  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  24.36 
 
 
444 aa  73.6  7e-12  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  26.06 
 
 
363 aa  73.2  8e-12  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  23.68 
 
 
421 aa  72.8  1e-11  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1370  phage integrase  25.36 
 
 
423 aa  73.2  1e-11  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  6.28694e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1761  integrase family protein  27.55 
 
 
361 aa  72  2e-11  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0064  integrative genetic element Gsu32, integrase  25.11 
 
 
439 aa  72.4  2e-11  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0241  Phage integrase  19.89 
 
 
377 aa  72  2e-11  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2136  phage integrase family protein  26.14 
 
 
389 aa  71.2  3e-11  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0404563  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  22.91 
 
 
417 aa  71.6  3e-11  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4708  integrase family protein  25.52 
 
 
342 aa  70.9  4e-11  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.014031  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  27.24 
 
 
420 aa  70.5  5e-11  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  25.63 
 
 
394 aa  69.3  1e-10  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3493  integrase family protein  22.57 
 
 
409 aa  69.3  1e-10  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.247982  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  23.68 
 
 
386 aa  69.3  1e-10  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>