More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_2872 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_2872  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
406 aa  816    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.618828  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  99.51 
 
 
406 aa  811    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.433272  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  78.2 
 
 
405 aa  638    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  88.13 
 
 
418 aa  708    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  90.43 
 
 
405 aa  731    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.423527  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0294  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  76.28 
 
 
406 aa  606  9.999999999999999e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.316386 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  72.26 
 
 
433 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  69.93 
 
 
412 aa  565  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  69.14 
 
 
411 aa  565  1e-160  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.62 
 
 
418 aa  550  1e-155  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0872  Formyl-CoA transferase  66.5 
 
 
397 aa  550  1e-155  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00148474  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.37 
 
 
396 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296049  normal  0.127031 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3894  CAIB/BAIF family protein  67.6 
 
 
396 aa  536  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0523257  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.84 
 
 
396 aa  533  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.58 
 
 
396 aa  532  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3268  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.54 
 
 
391 aa  530  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304167  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.33 
 
 
396 aa  531  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.82 
 
 
396 aa  527  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.82 
 
 
396 aa  527  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.31 
 
 
396 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.31 
 
 
396 aa  523  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.03 
 
 
398 aa  518  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.01 
 
 
398 aa  508  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  63.52 
 
 
405 aa  504  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1133  Formyl-CoA transferase  63.01 
 
 
402 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.55814 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1041  Formyl-CoA transferase  62.76 
 
 
402 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2722  hypothetical protein  63.78 
 
 
406 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.835037 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  57.54 
 
 
401 aa  473  1e-132  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.6 
 
 
413 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  56.6 
 
 
413 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.42 
 
 
397 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.61 
 
 
401 aa  461  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  58.49 
 
 
401 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  58.49 
 
 
401 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  58.49 
 
 
401 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.87 
 
 
401 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.47 
 
 
397 aa  461  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  58.22 
 
 
401 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  58.49 
 
 
401 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  58.49 
 
 
401 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.09 
 
 
421 aa  464  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  58.49 
 
 
401 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.87 
 
 
401 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.87 
 
 
401 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.87 
 
 
401 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126904  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5025  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.85 
 
 
396 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.422666  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.36 
 
 
401 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.89 
 
 
399 aa  457  1e-127  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.96 
 
 
397 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  53.94 
 
 
409 aa  455  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.11 
 
 
401 aa  456  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.49 
 
 
397 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5093  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.93 
 
 
397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.432845 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1444  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.46 
 
 
401 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.141686  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1380  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.46 
 
 
401 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  normal  0.260314 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.98 
 
 
397 aa  449  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1386  hypothetical protein  55.61 
 
 
399 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0255273  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1473  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.32 
 
 
411 aa  443  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.66 
 
 
399 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.698652 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1080  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.16 
 
 
399 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3391  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.81 
 
 
399 aa  434  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1033  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.57 
 
 
399 aa  432  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.914753 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.71 
 
 
399 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.45 
 
 
399 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0856  Formyl-CoA transferase  54.59 
 
 
399 aa  425  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  52.28 
 
 
404 aa  427  1e-118  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  52.03 
 
 
398 aa  400  9.999999999999999e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.53 
 
 
398 aa  393  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  46.95 
 
 
399 aa  386  1e-106  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  46.45 
 
 
404 aa  383  1e-105  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  46.85 
 
 
402 aa  381  1e-104  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  46.85 
 
 
402 aa  380  1e-104  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0174  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  48.87 
 
 
400 aa  377  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2861  Formyl-CoA transferase  51.09 
 
 
410 aa  377  1e-103  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.744926  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  48.26 
 
 
402 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0191  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.77 
 
 
416 aa  368  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26000  CAIB/BAIF family protein  56.87 
 
 
313 aa  359  5e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3718  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.69 
 
 
402 aa  352  8.999999999999999e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3975  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.38 
 
 
408 aa  348  1e-94  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.36423  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  50.13 
 
 
400 aa  344  2e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2318  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.36 
 
 
420 aa  335  7e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1923  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.48 
 
 
413 aa  335  1e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.94 
 
 
408 aa  332  6e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2775  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.03 
 
 
413 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6913  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.7 
 
 
396 aa  327  3e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.269365  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3446  Formyl-CoA transferase  44.86 
 
 
415 aa  324  1e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4465  Formyl-CoA transferase  43.75 
 
 
400 aa  323  3e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.115324 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1895  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44 
 
 
400 aa  321  9.999999999999999e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1559  Formyl-CoA transferase  44.58 
 
 
399 aa  321  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1613  Formyl-CoA transferase  44.33 
 
 
399 aa  317  2e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.860453 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1589  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.33 
 
 
399 aa  317  2e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0540324  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0953  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.85 
 
 
384 aa  315  9e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.14 
 
 
405 aa  305  8.000000000000001e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.397198  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1330  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.39 
 
 
405 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256533 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0990  putative carnitine dehydratase  39.9 
 
 
396 aa  299  7e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1331  Formyl-CoA transferase  40.66 
 
 
452 aa  297  2e-79  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277298 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3162  Citryl-CoA lyase  43.16 
 
 
395 aa  297  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.33357  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1620  Formyl-CoA transferase  41.98 
 
 
404 aa  297  3e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000596861  decreased coverage  0.0000000165542 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6300  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.71 
 
 
399 aa  295  1e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4175  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
406 aa  292  9e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>