More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_1163 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  98.5 
 
 
334 aa  668    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 
334 aa  679    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  72.21 
 
 
356 aa  471  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  70.29 
 
 
344 aa  441  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.79 
 
 
339 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  65.44 
 
 
334 aa  426  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  65.59 
 
 
344 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.89 
 
 
344 aa  411  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  64.22 
 
 
327 aa  406  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.59 
 
 
334 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.7 
 
 
403 aa  288  9e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
370 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  49.7 
 
 
370 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.58 
 
 
403 aa  280  4e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  52.13 
 
 
358 aa  279  6e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.31 
 
 
395 aa  275  9e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.31 
 
 
395 aa  275  9e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 
395 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  50.31 
 
 
389 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  50.31 
 
 
389 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  50.31 
 
 
389 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 
389 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  49.25 
 
 
400 aa  270  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.15 
 
 
391 aa  269  4e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.06 
 
 
318 aa  266  4e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  51.78 
 
 
369 aa  263  3e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  51.62 
 
 
402 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  51.62 
 
 
402 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  51.62 
 
 
360 aa  262  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  50.97 
 
 
405 aa  261  8e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.3 
 
 
402 aa  261  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  50.97 
 
 
407 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.68 
 
 
438 aa  260  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  49.03 
 
 
325 aa  258  9e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  49.4 
 
 
436 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  49.35 
 
 
431 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.87 
 
 
313 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  47.42 
 
 
329 aa  253  4.0000000000000004e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  48.3 
 
 
318 aa  252  5.000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  50.5 
 
 
327 aa  251  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  46.56 
 
 
331 aa  250  2e-65  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.63 
 
 
325 aa  248  8e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.63 
 
 
325 aa  248  8e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  46.86 
 
 
327 aa  248  1e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.05 
 
 
318 aa  244  9.999999999999999e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.98 
 
 
326 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.37 
 
 
356 aa  243  3e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.22 
 
 
333 aa  242  5e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.9 
 
 
325 aa  241  9e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.66 
 
 
326 aa  241  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  44.34 
 
 
326 aa  241  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  44.34 
 
 
326 aa  241  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.34 
 
 
326 aa  241  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.34 
 
 
326 aa  241  2e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  44.34 
 
 
326 aa  241  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.66 
 
 
326 aa  241  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3214  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.34 
 
 
327 aa  240  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000301584  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.34 
 
 
326 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.98 
 
 
326 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.98 
 
 
326 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.98 
 
 
326 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.98 
 
 
326 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.98 
 
 
326 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.84 
 
 
325 aa  239  5e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.31 
 
 
325 aa  239  5.999999999999999e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  44.41 
 
 
322 aa  239  5.999999999999999e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.88 
 
 
325 aa  237  2e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.01 
 
 
325 aa  237  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.34 
 
 
325 aa  235  8e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.59 
 
 
324 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.86 
 
 
323 aa  233  2.0000000000000002e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  46.58 
 
 
319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  45.18 
 
 
327 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.93 
 
 
321 aa  233  2.0000000000000002e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.69 
 
 
326 aa  233  5e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  48 
 
 
315 aa  231  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  45.13 
 
 
325 aa  231  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.55 
 
 
323 aa  230  2e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.87 
 
 
324 aa  230  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  44.16 
 
 
325 aa  229  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  44.67 
 
 
320 aa  229  5e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  39.49 
 
 
321 aa  229  6e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.28 
 
 
305 aa  228  9e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  43.29 
 
 
305 aa  228  9e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  45.36 
 
 
324 aa  228  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  39.49 
 
 
321 aa  227  2e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  41.58 
 
 
304 aa  228  2e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  49.82 
 
 
318 aa  227  2e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  45.51 
 
 
304 aa  228  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  45.21 
 
 
324 aa  226  3e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000246501  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.54 
 
 
323 aa  226  3e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.54 
 
 
323 aa  226  3e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.84 
 
 
327 aa  226  3e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.54 
 
 
323 aa  226  4e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  44.37 
 
 
323 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  44.37 
 
 
323 aa  225  8e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.13 
 
 
321 aa  225  9e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  45.7 
 
 
344 aa  224  1e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  44.55 
 
 
323 aa  224  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  43.42 
 
 
302 aa  225  1e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>