More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_0272 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_0272  penicillin-binding protein 6  100 
 
 
387 aa  795  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0245093  hitchhiker  2.25718e-06 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0385  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  83.03 
 
 
389 aa  650  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.235008  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0332  penicillin-binding protein 6  85.35 
 
 
393 aa  674  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0227892 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0267  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  99.74 
 
 
387 aa  793  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000362711  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1254  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  81.04 
 
 
402 aa  624  1e-178  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.814321  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4921  Beta-lactamase  75.89 
 
 
389 aa  590  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0610644  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3801  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  70.68 
 
 
394 aa  590  1e-167  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  2.64221e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0250  penicillin-binding protein 6  74.19 
 
 
400 aa  573  1e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000463975  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0197  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  71.77 
 
 
402 aa  563  1e-159  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00107938  normal  0.937465 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0311  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  61.85 
 
 
384 aa  466  1e-130  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.692445  decreased coverage  0.00122162 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4237  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  56.91 
 
 
389 aa  424  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.507304 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0291  penicillin-binding protein 6  53.44 
 
 
391 aa  385  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.774777 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0280  penicillin-binding protein 6  50.55 
 
 
399 aa  377  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.892374  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0225  penicillin-binding protein 6  50.83 
 
 
397 aa  375  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0242  Beta-lactamase  50.55 
 
 
375 aa  369  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.984857  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1991  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  50.84 
 
 
404 aa  367  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0212  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  48.41 
 
 
409 aa  354  1e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0498  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  47.94 
 
 
409 aa  352  4e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0047366 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2943  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  49.46 
 
 
436 aa  353  4e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4218  penicillin-binding protein 6  48.66 
 
 
418 aa  353  4e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0380  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  49.72 
 
 
436 aa  352  6e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0327  penicillin-binding transmembrane protein  50.42 
 
 
397 aa  352  6e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6236  penicillin-binding protein 6  49.19 
 
 
437 aa  351  1e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.960923 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2805  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  49.19 
 
 
437 aa  351  1e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.816207  normal  0.794908 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2903  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  48.92 
 
 
436 aa  349  5e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.392153  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2893  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  48.92 
 
 
436 aa  349  5e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2278  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  48.92 
 
 
529 aa  348  8e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1369  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  48.89 
 
 
437 aa  347  3e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0458  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  48.89 
 
 
437 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.980224  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3192  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  48.89 
 
 
437 aa  347  3e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0224  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  48.89 
 
 
437 aa  347  3e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0620  penicillin-binding protein 6  48.89 
 
 
437 aa  346  5e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.696128  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0058  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  49.17 
 
 
403 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0183  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  48.34 
 
 
400 aa  343  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0189  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  48.34 
 
 
400 aa  343  2e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0133986  normal  0.43472 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0438  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  48.61 
 
 
437 aa  343  2e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0411  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  47.44 
 
 
438 aa  343  4e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0177027 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2497  penicillin-binding protein 6  46.02 
 
 
385 aa  342  9e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3337  penicillin-binding protein 6  41.73 
 
 
393 aa  313  2e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  1.46078e-06  normal  0.0197837 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0105  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  43.65 
 
 
392 aa  313  2e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1635  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.82 
 
 
396 aa  309  6e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.37172e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1549  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.34 
 
 
359 aa  305  6e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2410  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.11 
 
 
391 aa  304  1e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0176  penicillin-binding protein 6  43.68 
 
 
381 aa  303  3e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1012  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.11 
 
 
392 aa  301  1e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.56176  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4821  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  41.69 
 
 
386 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12100  D-ala-D-ala-carboxypeptidase  42.51 
 
 
386 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4361  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  41.69 
 
 
395 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0572554  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1110  D-ala-D-ala-carboxypeptidase  42.51 
 
 
386 aa  300  3e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3794  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  41.73 
 
 
386 aa  300  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4966  penicillin-binding protein 6  42.7 
 
 
385 aa  300  3e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1267  Beta-lactamase  43.77 
 
 
425 aa  300  4e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00143172  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1517  hypothetical protein  43.21 
 
 
430 aa  299  6e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4803  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.09 
 
 
386 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.273378 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4678  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.36 
 
 
403 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.526181  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1466  hypothetical protein  42.94 
 
 
430 aa  298  2e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2632  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  41.96 
 
 
382 aa  297  2e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08430  D-Alanyl-D-Alanine carboxypeptidase  42.11 
 
 
404 aa  294  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000566286  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0618  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  41.55 
 
 
386 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143344  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4856  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  41.55 
 
 
386 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.399898  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2707  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.75 
 
 
391 aa  292  7e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2844  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  38.21 
 
 
382 aa  288  8e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  2.02548e-05  hitchhiker  0.000178418 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1970  Beta-lactamase  42.25 
 
 
415 aa  288  9e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.714135  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1471  penicillin-binding protein 6  41.73 
 
 
386 aa  286  3e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000138032  normal  0.281403 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1408  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  40.96 
 
 
418 aa  286  6e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  5.62956e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1345  D-alanyl-D-alanine serine-type carboxypeptidase  40.96 
 
 
418 aa  286  6e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  6.2707e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0647  serine-type D-ala-D-ala-carboxypeptidase  43.73 
 
 
402 aa  285  1e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3446  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  41.18 
 
 
406 aa  282  8e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.601063 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0470  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  39.53 
 
 
391 aa  279  6e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  3.48683e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01214  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  39.27 
 
 
392 aa  273  3e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1758  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.17 
 
 
413 aa  273  4e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235603  hitchhiker  5.54663e-05 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0982  penicillin-binding protein 5 precursor (D-alanyl-D-alanin carboxypeptidase fraction A)  39.95 
 
 
391 aa  271  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.843783  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3027  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  38.4 
 
 
406 aa  271  2e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004225  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  39.53 
 
 
392 aa  270  3e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.32513e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2506  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  40.3 
 
 
400 aa  270  3e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01652  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  38.56 
 
 
394 aa  270  3e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.84002e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2803  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.05 
 
 
400 aa  269  5e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.898477  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00823  hypothetical protein  40.05 
 
 
400 aa  269  6e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0866  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  40.05 
 
 
403 aa  269  6e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2803  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  40.05 
 
 
400 aa  269  6e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.93217  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0992  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  40.05 
 
 
403 aa  269  6e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.858923  normal  0.226305 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0900  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  40.05 
 
 
400 aa  269  6e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.739941  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00806  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein 6a)  40.05 
 
 
400 aa  269  6e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0910  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  40.05 
 
 
400 aa  269  7e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06426  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  38.92 
 
 
389 aa  268  1e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2143  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.06 
 
 
385 aa  268  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1305  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.68 
 
 
422 aa  267  2e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00907014  normal  0.179482 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0996  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  38.99 
 
 
400 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0266  serine-type D-ala-D-ala carboxypeptidase  40.11 
 
 
377 aa  266  5e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.179024  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0935  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  38.99 
 
 
400 aa  265  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0899  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  38.99 
 
 
426 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0967  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  38.99 
 
 
426 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1015  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  38.99 
 
 
426 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151648  normal  0.456667 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0920  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.96 
 
 
414 aa  263  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04285  penicillin-binding protein 6  37.33 
 
 
401 aa  262  7e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0658  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  37.27 
 
 
388 aa  262  9e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0735664  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1712  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  38.29 
 
 
399 aa  261  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000595  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  38.05 
 
 
389 aa  260  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  8.67195e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1362  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  38.14 
 
 
396 aa  260  4e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0687  penicillin-binding protein 6  37.47 
 
 
388 aa  259  5e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.869929  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>