More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0039 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_R0039  tRNA-Glu  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0061  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  139  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  94.44 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0003  tRNA-Glu  94.2 
 
 
77 bp  97.6  3e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0083  tRNA-Glu  92.65 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0012  tRNA-Glu  92.96 
 
 
77 bp  93.7  5e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418114  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0014  tRNA-Glu  92.96 
 
 
77 bp  93.7  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.807422  normal  0.0868676 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAGluVIMSS1309126  tRNA-Glu  90.28 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0010  tRNA-Glu  90.28 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.644532  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0011  tRNA-Glu  90.28 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.267714  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0024  tRNA-Glu  90.28 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGluVIMSS1309378  tRNA-Glu  90.28 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGluVIMSS1309208  tRNA-Glu  90.28 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.689492  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0061  tRNA-Glu  91.18 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180901  normal  0.112494 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAGluVIMSS1309075  tRNA-Glu  90.28 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAGluVIMSS1309151  tRNA-Glu  90.28 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0730688  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01850  tRNA-Glu  92.19 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0030  tRNA-Glu  92.19 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000392756  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0033  tRNA-Glu  91.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0516198  hitchhiker  0.000000402532 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0013  tRNA-Glu  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.330262 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0005  tRNA-Glu  94.83 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna14  tRNA-Glu  91.8 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.875319  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0031  tRNA-Glu  91.3 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0288989  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna16  tRNA-Glu  91.8 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0057  tRNA-Glu  91.3 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0003  tRNA-Glu  91.3 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0763147  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0039  tRNA-Glu  88.89 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022733  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0041  tRNA-Glu  89.71 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0007  tRNA-Glu  89.71 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.183145  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGluVIMSS1309264  tRNA-Glu  89.71 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.128341 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0005  tRNA-Glu  89.71 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00334016 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0060  tRNA-Glu  89.71 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  89.71 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0030  tRNA-Glu  88.89 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.032688  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0006  tRNA-Glu  89.71 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.766786  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0041  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119319  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1796  tRNA-Glu  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0057  tRNA-Glu  90.16 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000756674  normal  0.548722 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0022  tRNA-Glu  90.16 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0059  tRNA-Glu  90.16 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000917431  normal  0.553022 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0055  tRNA-Glu  90.16 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101693  normal  0.730333 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0022  tRNA-Glu  90.16 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.777286  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0062  tRNA-Glu  89.23 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.427189  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0040  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115197  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0113  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000136278  normal  0.205687 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11080  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0051  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.63793  hitchhiker  0.00823145 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0075  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000263239  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0045  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0637715  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0043  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0177795  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0104  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0156595  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0106  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00248374  normal  0.1959 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0111  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000137608  normal  0.208411 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0078  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000635495  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0058  tRNA-Glu  88.24 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.069455  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0041  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00117602  normal  0.194797 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0039  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037327  normal  0.202032 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0077  tRNA-Glu  88.24 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0010  tRNA-Glu  88.24 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0076  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000131941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0072  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000259101  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0083  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000720512  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0082  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000277046  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0112  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000133655  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0046  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113543  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0044  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369113  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0014  tRNA-Glu  88.24 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178243  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0042  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353157  normal  0.196649 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0107  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000800157  normal  0.198149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0105  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00614062  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0015  tRNA-Glu  88.24 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0110  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000208441  normal  0.204301 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0074  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000046104  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0079  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0077  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000145614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0073  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000527545  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0109  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000218236  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0084  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000679544  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0081  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000920417  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0066  tRNA-Glu  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000193579  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25080  tRNA-Glu  88.24 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0080  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0108  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0038  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000255678  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0037  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000218875  normal  0.202852 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0036  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000509558  normal  0.204566 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0052  tRNA-Glu  88.24 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.822673  hitchhiker  0.00818343 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0046  tRNA-Glu  88.24 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0047  tRNA-Glu  91.53 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00511598  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0023  tRNA-Glu  91.53 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000272439  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0389  tRNA-Glu  89.66 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0245226  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37130  tRNA-Glu  87.88 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.179999  normal  0.0419324 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0007  tRNA-Glu  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.866877  hitchhiker  0.000537745 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  87.14 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0026  tRNA-Glu  88.52 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.062518  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0052  tRNA-Glu  88.52 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.925449 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0026  tRNA-Glu  88.52 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.307498  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>