More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0016 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0009  tRNA-Gly  97.18 
 
 		 71 bp  125  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.365276  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0043  tRNA-Gly  97.18 
 
 		 71 bp  125  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.11456  normal  0.782815 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0017  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 74 bp  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.255177  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 74 bp  121  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  94.52 
 
 		 74 bp  113  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  94.52 
 
 		 74 bp  113  6e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  94.37 
 
 		 71 bp  109  9.000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0032  tRNA-Gly  94.37 
 
 		 71 bp  109  9.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.629344  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09060  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0250104 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0025  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000880116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0047  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0018  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0041  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.771709  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0034  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 71 bp  89.7  8e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.849322  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0057  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11940  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.872315 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0025  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0957376  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0055  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000930206  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0075  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.300561  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0045  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.223661  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571258  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0023  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00977111  normal  0.654981 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0264  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000581931  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0044  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000110049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0053  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118359  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0047  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0122655  normal  0.0125348 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0062  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000596481  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1215  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 71 bp  79.8  0.00000000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0040  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.697667  normal  0.123512 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0010  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0039  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0010  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0041  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0011  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  2.9187400000000002e-24  normal  0.0779261 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0006  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.328073  hitchhiker  0.00695117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0308  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0062  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0121694  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0057  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0051  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0007  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0036  tRNA-Gly  90 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0180  tRNA-Gly  90 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0303819  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0034  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1872  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0196085  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0331  tRNA-Gly  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.222457  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0003  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0053  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000611222  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0042  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0318  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000203347  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3796  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000000939303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0060  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000611366  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2154  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.480765  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>