More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0010 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0010  tRNA-Tyr  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00640732  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  96.97 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  95.24 
 
 		 83 bp  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  95.24 
 
 		 83 bp  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  95.24 
 
 		 83 bp  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  95.24 
 
 		 83 bp  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0053  tRNA-Tyr  93.55 
 
 		 83 bp  91.7  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0016  tRNA-Tyr  92.65 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.972544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0047  tRNA-Tyr  96 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  79.8  0.00000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  79.8  0.00000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0002  tRNA-Tyr  89.55 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  90.48 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  100 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0057  tRNA-Tyr  90.48 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.343924  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0057  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012008 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0013  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000015326  hitchhiker  0.00843441 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0024  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0059  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.234282  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00025  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.413695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0049  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00226201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0006  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220808  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0021  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173415  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0997724 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0083  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000525158  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1446  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0058  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1890  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.710503  normal  0.374202 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2800  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000115343  normal  0.0987715 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0054  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0090  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000426682  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0006  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000152746  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1884  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.162729 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0044  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.760185  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4665  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00193221  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5032  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0306816  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0052  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.573549  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4549  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000121072 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0006  tRNA-Tyr  89.23 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0005  tRNA-Tyr  89.23 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.998784  normal  0.9875 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5442  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000118281  hitchhiker  0.000431346 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1714  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0409502  normal  0.981337 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0043  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1385  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0321672  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1892  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.729122  normal  0.381192 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0012  tRNA-Tyr  90.77 
 
 		 82 bp  73.8  0.000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0787862  normal  0.921618 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4666  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000338441  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4232  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011561  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0005  tRNA-Tyr  89.23 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.1889 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1387  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0734169  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1570  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1568  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1947  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1949  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0006  tRNA-Tyr  89.23 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1716  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220424  normal  0.977011 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  89.71 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  89.71 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  89.71 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0015  tRNA-Tyr  95.45 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216156  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0035  tRNA-Tyr  95.45 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000283862  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0037  tRNA-Tyr  91.07 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000333812  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  89.71 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>