More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_2004 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_2004  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 		 245 aa  471  1e-132  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00794918  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1733  regulatory protein GntR HTH  36.24 
 
 		 249 aa  96.7  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1852  GntR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 252 aa  71.6  0.00000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.232609  normal  0.988084 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1846  regulatory protein GntR, HTH  35.02 
 
 		 251 aa  68.6  0.00000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  26.29 
 
 		 255 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  26.69 
 
 		 255 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 255 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1326  GntR domain protein  52.31 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2307  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  35.92 
 
 		 259 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.672341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4409  GntR domain protein  39.42 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2080  GntR domain protein  39.56 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2203  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  39.13 
 
 		 255 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2019  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  40 
 
 		 254 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3843  GntR domain protein  30.73 
 
 		 254 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  25.76 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2160  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  39.13 
 
 		 254 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167061  normal  0.198333 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0606  GntR domain-containing protein  38.68 
 
 		 245 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3744  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  39.13 
 
 		 263 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0551  regulatory protein GntR HTH  54.55 
 
 		 263 aa  56.2  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.838284  normal  0.415559 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  38.05 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4834  regulatory protein GntR HTH  31.6 
 
 		 269 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.670361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 260 aa  54.7  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1633  regulatory protein GntR HTH  43.02 
 
 		 251 aa  54.7  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.248016 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 288 aa  54.7  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2588  GntR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 248 aa  54.7  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 255 aa  53.9  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 242 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  36.7 
 
 		 243 aa  53.9  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5880  GntR domain protein  34.33 
 
 		 223 aa  53.5  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  37.97 
 
 		 254 aa  53.9  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  27.4 
 
 		 256 aa  53.5  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2288  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  46.15 
 
 		 263 aa  53.5  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.718754  normal  0.252794 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4314  putative regulatory protein, GntR family  36.94 
 
 		 240 aa  52.8  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 252 aa  53.1  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4466  GntR family regulatory protein  36.94 
 
 		 240 aa  52.8  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.280387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4399  GntR family regulatory protein  36.94 
 
 		 240 aa  53.1  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 257 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  27.52 
 
 		 257 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1761  GntR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 239 aa  52.8  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.86506  normal  0.0126946 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4397  putative regulatory protein  36.94 
 
 		 240 aa  52.8  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4846  GntR domain protein  36.04 
 
 		 222 aa  52.8  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 251 aa  52.4  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4285  putative regulatory protein GntR family  36.94 
 
 		 240 aa  52.8  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.533887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1719  GntR domain-containing protein  33.82 
 
 		 254 aa  52.4  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  hitchhiker  0.00929417 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 249 aa  52.4  0.000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  34.09 
 
 		 251 aa  52  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 244 aa  51.6  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  32.54 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  32.73 
 
 		 255 aa  51.6  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  33.07 
 
 		 253 aa  51.6  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  32.5 
 
 		 223 aa  50.8  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  33.97 
 
 		 235 aa  51.2  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  33.94 
 
 		 255 aa  50.8  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 238 aa  50.4  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5046  GntR domain protein  36.75 
 
 		 240 aa  50.8  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43480  GntR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 215 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2282  regulatory protein GntR, HTH  34 
 
 		 282 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186933 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0915  GntR domain-containing protein  30.47 
 
 		 226 aa  50.1  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1432  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 239 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  36.75 
 
 		 235 aa  50.4  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2218  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  36.28 
 
 		 255 aa  50.4  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0409255  hitchhiker  0.007316 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0016  GntR domain-containing protein  28.07 
 
 		 233 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.504347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0457  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 239 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0554  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 239 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10060  transcriptional regulator, GntR family  27.98 
 
 		 226 aa  50.4  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0815539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.28 
 
 		 258 aa  50.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 257 aa  50.1  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 241 aa  50.1  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7478  glc operon transcriptional activator  36.78 
 
 		 247 aa  49.7  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5339  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.5 
 
 		 469 aa  49.7  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.485061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1872  GntR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 318 aa  49.7  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2081  GntR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 366 aa  49.7  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 218 aa  49.7  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4257  transcriptional regulator, GntR family  30.47 
 
 		 226 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030759 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0952  GntR domain-containing protein  33.61 
 
 		 225 aa  49.7  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  30.08 
 
 		 261 aa  49.7  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3756  GntR domain protein  34.68 
 
 		 234 aa  49.3  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6169  regulatory protein GntR HTH  46.75 
 
 		 234 aa  49.7  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.398183 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  34.09 
 
 		 251 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  25.4 
 
 		 255 aa  49.3  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2181  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 228 aa  49.3  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.79016  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 270 aa  49.3  0.00006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1503  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 472 aa  49.3  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0921845 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  30.58 
 
 		 254 aa  49.3  0.00006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1084  regulatory protein GntR HTH  33.62 
 
 		 226 aa  49.3  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00753008  hitchhiker  0.00000253482 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2418  GntR domain protein  36 
 
 		 251 aa  49.3  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172286  decreased coverage  0.00114845 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5644  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.88 
 
 		 263 aa  48.9  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181455  normal  0.540253 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  41.18 
 
 		 243 aa  48.9  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0374  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 243 aa  48.9  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1491  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 249 aa  48.9  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0628675  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6391  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  45.07 
 
 		 255 aa  48.9  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  39.68 
 
 		 243 aa  48.9  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1083  GntR domain protein  42.03 
 
 		 226 aa  48.9  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 255 aa  48.9  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 239 aa  48.9  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  25 
 
 		 255 aa  48.9  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  35.19 
 
 		 239 aa  48.9  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0593714 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>