More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1209 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_1209  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 309 aa  594  1e-169  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  45.87 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  44.97 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.96 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.33 
 
 		 309 aa  185  9e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.49 
 
 		 300 aa  182  8.000000000000001e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  40.14 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.86 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  44.52 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  41.95 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  40.48 
 
 		 308 aa  179  8e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.18 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.18 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  38.28 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  38.28 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  43.69 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  42.03 
 
 		 308 aa  175  8e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.84 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  41.3 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  40.67 
 
 		 310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  41.5 
 
 		 309 aa  172  5e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  41.86 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.64 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.33 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  42.18 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  38.78 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  40.53 
 
 		 312 aa  170  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.27 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.45 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.55 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.42 
 
 		 391 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  40.66 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  38 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  37.15 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  39.22 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  40.78 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  39.16 
 
 		 541 aa  167  2e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  40.78 
 
 		 316 aa  166  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  38.76 
 
 		 344 aa  166  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  43.13 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 400 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.86 
 
 		 296 aa  166  4e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  40.26 
 
 		 360 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  39.67 
 
 		 334 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.9 
 
 		 313 aa  165  8e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.89 
 
 		 334 aa  165  8e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  39.22 
 
 		 334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  36.62 
 
 		 396 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  38.31 
 
 		 344 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.58 
 
 		 402 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.93 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.04 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  39.3 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  35.76 
 
 		 420 aa  163  3e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  39.94 
 
 		 402 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 405 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.4 
 
 		 308 aa  164  3e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  39.94 
 
 		 402 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 407 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 303 aa  164  3e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  32.87 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  41.61 
 
 		 327 aa  162  6e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  40.71 
 
 		 436 aa  162  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.89 
 
 		 333 aa  162  6e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.53 
 
 		 334 aa  162  7e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.53 
 
 		 347 aa  162  8.000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.57 
 
 		 403 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  37.94 
 
 		 334 aa  162  8.000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  37.74 
 
 		 356 aa  162  9e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  38.73 
 
 		 344 aa  162  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.78 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.64 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  42.52 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  36.68 
 
 		 525 aa  160  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.55 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  33.23 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  32.89 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.61 
 
 		 395 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  35.1 
 
 		 321 aa  160  3e-38  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.61 
 
 		 395 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  39.61 
 
 		 395 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  39.61 
 
 		 389 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  39.61 
 
 		 389 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  39.61 
 
 		 389 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  39.61 
 
 		 389 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  36.73 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  36.54 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  36.39 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  40.83 
 
 		 318 aa  159  5e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  43.19 
 
 		 309 aa  159  6e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  34.57 
 
 		 347 aa  159  6e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  36.13 
 
 		 318 aa  159  6e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.91 
 
 		 314 aa  159  6e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.77 
 
 		 400 aa  159  7e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.44 
 
 		 343 aa  158  9e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  33.01 
 
 		 304 aa  158  9e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>