More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1161 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 429 aa  800    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  38.21 
 
 		 409 aa  130  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  34.64 
 
 		 457 aa  122  9e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  36.34 
 
 		 445 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  33.02 
 
 		 434 aa  121  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  32.09 
 
 		 425 aa  120  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  35.94 
 
 		 434 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  34.16 
 
 		 424 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  35.11 
 
 		 423 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  34.73 
 
 		 379 aa  117  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  32.57 
 
 		 398 aa  117  5e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  34.48 
 
 		 423 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  38.07 
 
 		 403 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  32.92 
 
 		 435 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  31.72 
 
 		 393 aa  113  8.000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  31.78 
 
 		 418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  33.8 
 
 		 378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  32.12 
 
 		 393 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  32.92 
 
 		 423 aa  111  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  30.99 
 
 		 398 aa  111  3e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  34.78 
 
 		 430 aa  109  8.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  34.04 
 
 		 430 aa  109  9.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  34.53 
 
 		 375 aa  107  3e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  34.73 
 
 		 431 aa  106  7e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  34.15 
 
 		 440 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  34.06 
 
 		 426 aa  106  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  31.91 
 
 		 431 aa  105  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  32.16 
 
 		 384 aa  104  4e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  36.48 
 
 		 419 aa  101  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  29.93 
 
 		 384 aa  101  3e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  29.35 
 
 		 389 aa  100  4e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  31.13 
 
 		 393 aa  100  6e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  31.13 
 
 		 393 aa  100  6e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  30 
 
 		 393 aa  99.4  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  34.22 
 
 		 406 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  34.22 
 
 		 400 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  33.88 
 
 		 406 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  33.23 
 
 		 443 aa  98.2  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  34.92 
 
 		 418 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  34.78 
 
 		 413 aa  97.4  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  33.44 
 
 		 406 aa  97.4  4e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  32.84 
 
 		 424 aa  96.7  7e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  31.19 
 
 		 420 aa  96.3  9e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  34.32 
 
 		 443 aa  95.9  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  33.56 
 
 		 416 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  31.91 
 
 		 403 aa  95.5  1e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  32.1 
 
 		 444 aa  94.7  3e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  26.73 
 
 		 387 aa  94  4e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  30.25 
 
 		 379 aa  94  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 		 376 aa  93.6  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  32.61 
 
 		 400 aa  94  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  30.94 
 
 		 379 aa  93.6  6e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  33.67 
 
 		 435 aa  91.7  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  26.6 
 
 		 390 aa  92  2e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  32.69 
 
 		 436 aa  91.7  2e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  30.89 
 
 		 398 aa  91.3  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  31.56 
 
 		 409 aa  91.3  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  32.67 
 
 		 415 aa  91.3  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  37.71 
 
 		 406 aa  90.9  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  25.55 
 
 		 382 aa  90.5  5e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  29.81 
 
 		 380 aa  89.7  8e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0862  geranylgeranyl reductase  37.74 
 
 		 387 aa  89.4  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  32.28 
 
 		 401 aa  88.2  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  30.39 
 
 		 380 aa  87.4  4e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0327  geranylgeranyl reductase  36.27 
 
 		 373 aa  87.4  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.252383  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  31.1 
 
 		 408 aa  87  5e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  28.95 
 
 		 399 aa  86.7  8e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  33.06 
 
 		 420 aa  86.3  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  27.84 
 
 		 390 aa  85.9  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  31.72 
 
 		 384 aa  85.5  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  30.66 
 
 		 384 aa  84.7  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  30.32 
 
 		 414 aa  84.7  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  30.1 
 
 		 362 aa  84.3  0.000000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  31.61 
 
 		 400 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1355  geranylgeranyl reductase  30.46 
 
 		 358 aa  83.6  0.000000000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0520333 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  29.25 
 
 		 380 aa  82.8  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  26.42 
 
 		 370 aa  81.6  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  29.77 
 
 		 411 aa  82  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  26.43 
 
 		 390 aa  81.3  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  30.08 
 
 		 380 aa  81.3  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  27.22 
 
 		 385 aa  80.9  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  28.06 
 
 		 390 aa  80.5  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  31.37 
 
 		 367 aa  79.7  0.00000000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  37.35 
 
 		 382 aa  79.3  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  30.07 
 
 		 362 aa  79.3  0.0000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  29.41 
 
 		 431 aa  78.6  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0807  geranylgeranyl reductase  28.43 
 
 		 348 aa  77.8  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00458422  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  29.14 
 
 		 368 aa  77.8  0.0000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  34.23 
 
 		 417 aa  77.4  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  31.6 
 
 		 393 aa  76.6  0.0000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  31.33 
 
 		 406 aa  74.7  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1739  geranylgeranyl reductase  31.77 
 
 		 358 aa  74.3  0.000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.539865  normal  0.0147858 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0671  geranylgeranyl reductase  33.62 
 
 		 381 aa  73.9  0.000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421353  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  26.88 
 
 		 391 aa  73.6  0.000000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  26.86 
 
 		 376 aa  73.6  0.000000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  29.78 
 
 		 407 aa  73.6  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  30.69 
 
 		 401 aa  73.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  29.09 
 
 		 380 aa  73.2  0.000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  26.15 
 
 		 395 aa  72.8  0.00000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  30.75 
 
 		 406 aa  72.4  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>