More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1028 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_1028  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
200 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0479484  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3775  transcriptional regulator, TetR family  43.14 
 
 
224 aa  134  7.000000000000001e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4111  regulatory protein, TetR  38.69 
 
 
211 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.856223  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4043  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 
228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2904  transcriptional regulator, TetR family  36.18 
 
 
213 aa  112  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.349703 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2703  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
228 aa  110  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4734  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
242 aa  106  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1152  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 
203 aa  100  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1516  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
218 aa  97.4  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.875223  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3910  TetR family transcriptional regulator  37.06 
 
 
242 aa  94  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.104674 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0954  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 
213 aa  90.5  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0313  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
202 aa  85.5  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.121906  hitchhiker  0.00929139 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3447  regulatory protein TetR  33.33 
 
 
199 aa  85.1  6e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
211 aa  84  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2883  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 
211 aa  80.5  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2565  transcriptional regulator, TetR family  35.92 
 
 
248 aa  79  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000672076  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3146  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
203 aa  78.2  0.00000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.303801  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  38.02 
 
 
212 aa  73.6  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0412  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
212 aa  73.9  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.417244  normal  0.216002 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 
209 aa  70.9  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3212  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 
223 aa  69.3  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.59703  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3405  TetR family transcriptional regulator  29.78 
 
 
207 aa  69.3  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0751749 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0848  transcriptional regulator, TetR family  27.61 
 
 
204 aa  68.9  0.00000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000568716  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0314  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 
195 aa  68.6  0.00000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4467  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 
206 aa  68.6  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0963408 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1893  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
206 aa  67.8  0.00000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2778  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
205 aa  67.8  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1557  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 
205 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.873387  normal  0.65945 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
269 aa  67.4  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.261755 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1587  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 
205 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.568163  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1611  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 
205 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0181002  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2525  transcriptional regulator, TetR family  22.39 
 
 
203 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.905424  hitchhiker  0.00170542 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
205 aa  66.2  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
205 aa  66.2  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
218 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
215 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.175697 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  24.53 
 
 
291 aa  65.1  0.0000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 
217 aa  64.7  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1458  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
209 aa  64.7  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2788  TetR family transcriptional regulator  23.16 
 
 
203 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000644753  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2524  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 
203 aa  64.3  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000581245  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2489  TetR family transcriptional regulator  22.77 
 
 
203 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.371609  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2767  transcriptional regulator, TetR family  23.04 
 
 
203 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.430405  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 
194 aa  63.5  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2568  TetR family transcriptional regulator  23.83 
 
 
203 aa  63.9  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.21232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2754  TetR family transcriptional regulator  23.83 
 
 
203 aa  63.9  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.864254  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2762  transcriptional regulator, TetR family  23.83 
 
 
203 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000444516 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2809  transcriptional regulator, TetR family  23.04 
 
 
203 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.167328  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0316  putative transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 
211 aa  63.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4594  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
199 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 
184 aa  62.8  0.000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1745  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
195 aa  62.4  0.000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0399082  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1788  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
195 aa  62  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000202922  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1927  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
195 aa  62  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00399738  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  45.31 
 
 
209 aa  60.5  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2592  transcriptional regulator, TetR family  36.78 
 
 
192 aa  60.8  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0690788 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4931  TetR family transcriptional regulator  48.48 
 
 
497 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.475051  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  28.08 
 
 
215 aa  60.5  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0815  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 
207 aa  60.5  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2367  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
202 aa  60.5  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.445055  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3161  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 
195 aa  60.1  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000174477  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  27.81 
 
 
220 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 
220 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  27.81 
 
 
220 aa  59.7  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  27.81 
 
 
220 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  27.81 
 
 
220 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  27.81 
 
 
220 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8864  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 
202 aa  59.7  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  27.81 
 
 
220 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  27.81 
 
 
220 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2546  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 
223 aa  59.3  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.275318  decreased coverage  0.00000294801 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1963  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 
201 aa  58.9  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000168283 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0432  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
237 aa  58.9  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  40 
 
 
221 aa  59.3  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3559  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  27.33 
 
 
220 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00735263  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1794  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 
218 aa  58.5  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4627  regulatory protein TetR  26.2 
 
 
207 aa  58.2  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 
215 aa  58.2  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0167  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
213 aa  58.2  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2136  transcriptional regulator, TetR family  30.09 
 
 
212 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.547172  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  32.54 
 
 
211 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  38.55 
 
 
205 aa  57.4  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
211 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  45.59 
 
 
214 aa  57.4  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  47.46 
 
 
242 aa  57.4  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  32.54 
 
 
211 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  32.54 
 
 
211 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  32.54 
 
 
211 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  47.83 
 
 
218 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  32.54 
 
 
211 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2080  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 
219 aa  57.8  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740876  hitchhiker  0.00831587 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  32.54 
 
 
211 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0557  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
297 aa  57.4  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 
218 aa  57  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4113  TetR family transcriptional regulator  49.25 
 
 
236 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.249212  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5284  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 
217 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  31.95 
 
 
211 aa  57  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5615  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 
206 aa  56.6  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.328639  normal  0.169387 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  45.07 
 
 
232 aa  56.6  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1942  TetR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
253 aa  57  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.338038  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>