More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0733 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_0733  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  100 
 
 
355 aa  695    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0413  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  56.18 
 
 
355 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0183855  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5901  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  55.9 
 
 
356 aa  385  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0713  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  55.62 
 
 
358 aa  382  1e-105  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.974379 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0631  dTDP-glucose pyrophosphorylase-like protein  55.31 
 
 
355 aa  384  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6491  dTDP-glucose pyrophosphorylase-like protein  52.96 
 
 
355 aa  357  1.9999999999999998e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5787  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  50 
 
 
358 aa  345  8.999999999999999e-94  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4128  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  49.44 
 
 
355 aa  343  2e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0631243  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1817  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  49.15 
 
 
355 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1214  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  49.44 
 
 
355 aa  340  2e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.383113  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2034  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  50.98 
 
 
357 aa  322  5e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1214  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  45.98 
 
 
357 aa  318  1e-85  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0065  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  46.91 
 
 
355 aa  317  2e-85  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1488  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  46.52 
 
 
357 aa  316  5e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000150762 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0065  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  46.63 
 
 
355 aa  315  8e-85  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2754  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  49.58 
 
 
355 aa  311  7.999999999999999e-84  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0258  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  48.48 
 
 
356 aa  311  1e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0493  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  44.41 
 
 
357 aa  309  5e-83  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.79936  normal  0.265363 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0480  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  44.13 
 
 
357 aa  309  5.9999999999999995e-83  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1450  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  44.13 
 
 
376 aa  308  1.0000000000000001e-82  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1800  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  41.9 
 
 
357 aa  304  1.0000000000000001e-81  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0954  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  46.39 
 
 
354 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.526326  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0628  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  46.39 
 
 
358 aa  302  5.000000000000001e-81  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.437993  normal  0.532658 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4165  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  45.45 
 
 
355 aa  301  9e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.387622  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4297  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  43.3 
 
 
357 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3356  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase, short form  44.17 
 
 
358 aa  298  7e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.971675  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1845  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  44.82 
 
 
349 aa  298  8e-80  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0548966  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2143  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  44.38 
 
 
357 aa  298  1e-79  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.591307  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1687  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  48.6 
 
 
356 aa  295  9e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2860  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  44.23 
 
 
355 aa  294  2e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1537  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  43.44 
 
 
364 aa  292  5e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.307864 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0747  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  41.11 
 
 
359 aa  290  2e-77  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2096  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  48.47 
 
 
353 aa  290  2e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00805861 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2508  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  43.47 
 
 
344 aa  289  6e-77  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0340  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  45.96 
 
 
355 aa  286  2.9999999999999996e-76  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.830656  normal  0.0393179 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1383  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  40.83 
 
 
355 aa  284  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2794  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  45.07 
 
 
354 aa  284  2.0000000000000002e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.181075 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2643  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  43.82 
 
 
354 aa  273  3e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0124  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  36.05 
 
 
351 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    unclonable  0.00000000000000322504 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2020  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  34.43 
 
 
397 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.611525 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0192  nucleotidyl transferase  35.41 
 
 
365 aa  192  7e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.415123 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0305  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40 
 
 
294 aa  189  5.999999999999999e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.132763  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3810  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  41.91 
 
 
292 aa  187  3e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1011  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  41.06 
 
 
292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2341  nucleotidyl transferase  34.73 
 
 
396 aa  183  3e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00221584  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1224  glucose-1-phosphate thymidyl transferase  40.42 
 
 
289 aa  181  1e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2130  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.98 
 
 
293 aa  181  2e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2693  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  42.92 
 
 
291 aa  181  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.468388  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1494  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40 
 
 
287 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1200  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  41.25 
 
 
289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1983  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40 
 
 
287 aa  179  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.967411  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1914  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.74 
 
 
298 aa  179  7e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00943889 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1069  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.83 
 
 
296 aa  179  9e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.69912  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1079  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.74 
 
 
296 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.857116  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3933  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.42 
 
 
296 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.527502  normal  0.192647 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03667  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.59 
 
 
293 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4187  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.59 
 
 
293 aa  177  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4300  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.59 
 
 
293 aa  177  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.671584  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4153  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.59 
 
 
293 aa  177  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4132  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.59 
 
 
293 aa  177  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03616  hypothetical protein  40.59 
 
 
293 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4006  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.59 
 
 
293 aa  177  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4214  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.59 
 
 
293 aa  177  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1007  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.59 
 
 
300 aa  177  3e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0153  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.83 
 
 
358 aa  177  3e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.34957 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0625  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.58 
 
 
290 aa  177  3e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.150141 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3286  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.92 
 
 
288 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5222  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.59 
 
 
293 aa  176  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.350144  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2377  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.75 
 
 
299 aa  176  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217402  hitchhiker  0.000893073 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2059  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  41.6 
 
 
302 aa  177  4e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.384582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4290  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.83 
 
 
290 aa  176  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.314543 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0752  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.17 
 
 
297 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4134  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.75 
 
 
293 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.886764  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2829  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.17 
 
 
289 aa  175  8e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0574416  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2321  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.08 
 
 
294 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00736153 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2763  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  41.32 
 
 
300 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.010329  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1402  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.33 
 
 
291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00196644 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2318  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.75 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.233006 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2539  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.49 
 
 
289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3038  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  37.5 
 
 
292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2130  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.33 
 
 
288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1798  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.75 
 
 
287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1894  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.26 
 
 
292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.284713  normal  0.0266706 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2277  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.08 
 
 
294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000187637 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1726  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.15 
 
 
291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000315653  normal  0.563962 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1270  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.5 
 
 
289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.106852  normal  0.0645307 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2220  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.08 
 
 
294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.281714  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01945  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.08 
 
 
292 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3970  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.75 
 
 
297 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00629806  normal  0.592005 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0838  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  41 
 
 
293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.22071  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01934  hypothetical protein  39.08 
 
 
270 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1470  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.17 
 
 
312 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.759037  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0303  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.08 
 
 
298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1277  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  41.42 
 
 
296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2858  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.59 
 
 
289 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0450568  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1919  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39 
 
 
298 aa  173  5e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.2077 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1760  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.15 
 
 
298 aa  173  5e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0453677 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2435  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.66 
 
 
294 aa  173  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000704371 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001807  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.91 
 
 
293 aa  173  5e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0879  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.33 
 
 
297 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>