More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0558 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 
237 aa  473  1e-132  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4508  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.09 
 
 
231 aa  283  1.0000000000000001e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3036  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.43 
 
 
273 aa  278  4e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.106658  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0321  two component transcriptional regulator  60.7 
 
 
406 aa  278  5e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  59.73 
 
 
233 aa  276  2e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1449  two component transcriptional regulator  61.88 
 
 
246 aa  276  3e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.566781  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3686  response regulator receiver  59.73 
 
 
233 aa  275  5e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2130  response regulator receiver  61.28 
 
 
252 aa  273  1.0000000000000001e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.539517  hitchhiker  0.00279069 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2277  two component transcriptional regulator  61.64 
 
 
248 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.113906  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  59.74 
 
 
271 aa  272  3e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.442824  normal  0.485424 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2937  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.72 
 
 
243 aa  272  4.0000000000000004e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3620  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.4 
 
 
239 aa  271  6e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0253056  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3631  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.91 
 
 
235 aa  271  9e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.39 
 
 
240 aa  270  1e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.31 
 
 
242 aa  270  1e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0234  two component transcriptional regulator  58.48 
 
 
242 aa  270  2e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.925989 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5175  two component transcriptional regulator  58.74 
 
 
236 aa  269  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4590  two component transcriptional regulator  56.41 
 
 
239 aa  269  4e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4678  two component transcriptional regulator  56.41 
 
 
239 aa  269  4e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.337028  normal  0.895878 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4973  two component transcriptional regulator  56.41 
 
 
239 aa  269  4e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0822  response regulator receiver  55.65 
 
 
241 aa  268  7e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0530683  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6588  two component transcriptional regulator  58.93 
 
 
229 aa  267  1e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.13217  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3695  response regulator receiver  57.02 
 
 
236 aa  266  2e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.795948  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1581  two component transcriptional regulator  58.3 
 
 
238 aa  265  4e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10772  two component system response transcriptional positive regulator phoP  56.5 
 
 
247 aa  263  1e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.864575 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0578  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.08 
 
 
244 aa  261  6e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04130  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  58.41 
 
 
236 aa  261  6.999999999999999e-69  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.118973  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07910  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  57.89 
 
 
239 aa  260  1e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0784  two component transcriptional regulator  57.81 
 
 
239 aa  260  1e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0804  two component transcriptional regulator, winged helix family  56 
 
 
246 aa  258  4e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0655  two component transcriptional regulator  56.44 
 
 
246 aa  257  9e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0005  response regulator  52.87 
 
 
243 aa  256  1e-67  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.201532  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5255  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.87 
 
 
242 aa  255  5e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0134474  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31480  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  57.02 
 
 
239 aa  254  6e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00376265  normal  0.556858 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8872  response regulator receiver protein  57.01 
 
 
234 aa  253  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.347509  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3926  two component transcriptional regulator  57.39 
 
 
254 aa  252  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4000  two component transcriptional regulator  57.39 
 
 
254 aa  252  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3941  two component transcriptional regulator  57.39 
 
 
254 aa  252  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0990172 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21620  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  58.74 
 
 
238 aa  251  8.000000000000001e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.019443  normal  0.0473518 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8879  response regulator receiver protein  54.71 
 
 
235 aa  251  9.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103439  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0899  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.55 
 
 
236 aa  249  2e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.383063 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1724  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.23 
 
 
243 aa  249  2e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13797  two component transcriptional regulatory protein  56.28 
 
 
286 aa  249  2e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.173423 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2266  two component transcriptional regulator  57.58 
 
 
249 aa  250  2e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00896474  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0219  two component transcriptional regulator  58.15 
 
 
237 aa  249  3e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.127265  hitchhiker  0.00333518 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4429  two component transcriptional regulator  56.71 
 
 
250 aa  249  4e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.133228  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5144  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.39 
 
 
236 aa  248  5e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.204078  normal  0.858106 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4916  response regulator receiver protein  56.83 
 
 
233 aa  248  8e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0720  response regulator receiver domain protein  52.12 
 
 
246 aa  247  9e-65  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.351492 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0840  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.83 
 
 
241 aa  247  1e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.214337  normal  0.533835 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6496  two component transcriptional regulator  59.73 
 
 
231 aa  247  1e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00132974  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.59 
 
 
236 aa  241  5e-63  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22060  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  54.91 
 
 
254 aa  241  6e-63  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0729677  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6507  two component transcriptional regulator  51.74 
 
 
270 aa  238  9e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0763131  normal  0.20607 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4688  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.69 
 
 
252 aa  237  1e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  52.84 
 
 
241 aa  236  3e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1384  two component transcriptional regulator  55.2 
 
 
252 aa  236  3e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00801111  normal  0.0620226 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0308  two component transcriptional regulator  52.65 
 
 
239 aa  234  6e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11051  two component system transcriptional regulator trcR  52.59 
 
 
257 aa  235  6e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2296  two component transcriptional regulator  53.68 
 
 
255 aa  235  6e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398969  normal  0.240289 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3276  winged helix family two component transcriptional regulator  53.6 
 
 
234 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.208422  normal  0.192837 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1418  response regulator receiver  54.3 
 
 
251 aa  232  4.0000000000000004e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0582944 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3267  winged helix family two component transcriptional regulator  54.5 
 
 
229 aa  231  1e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0891778  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6147  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.15 
 
 
244 aa  223  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.200947 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 
240 aa  222  4e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0379  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.98 
 
 
233 aa  222  4e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.605912  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 
227 aa  222  4.9999999999999996e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3340  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.66 
 
 
258 aa  220  9.999999999999999e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0454745 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4408  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 
230 aa  216  2e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0759  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 
223 aa  216  4e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128917  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2095  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.25 
 
 
256 aa  215  5.9999999999999996e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2290  two component transcriptional regulator  48.87 
 
 
224 aa  212  2.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  46.44 
 
 
246 aa  211  5.999999999999999e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.96 
 
 
224 aa  211  9e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  48.88 
 
 
224 aa  210  1e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 
231 aa  211  1e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 
224 aa  209  3e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 
231 aa  209  4e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2487  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 
224 aa  208  5e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.431556  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.53 
 
 
225 aa  207  1e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 
224 aa  206  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 
230 aa  206  2e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 
230 aa  206  2e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 
230 aa  206  2e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0569  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 
248 aa  206  3e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00419725 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2104  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.66 
 
 
225 aa  206  4e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.302064  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.46 
 
 
233 aa  204  9e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  48.71 
 
 
237 aa  204  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.32 
 
 
228 aa  204  1e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.32 
 
 
224 aa  203  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1823  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.63 
 
 
241 aa  203  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506413  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0343  response regulator receiver  50 
 
 
232 aa  202  3e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.86362  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 
236 aa  202  3e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.9 
 
 
224 aa  202  3e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  48.87 
 
 
228 aa  202  4e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 
283 aa  202  4e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0323  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 
227 aa  202  5e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  44 
 
 
224 aa  202  6e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  47.09 
 
 
223 aa  201  6e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.9 
 
 
224 aa  201  6e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>