248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0076 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
458 aa  914    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0279  pyridoxal-dependent decarboxylase  52.93 
 
 
461 aa  414  1e-114  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6535  pyridoxal-dependent decarboxylase  52.47 
 
 
474 aa  407  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.240801 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  48.4 
 
 
442 aa  351  2e-95  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  30.3 
 
 
484 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  30.3 
 
 
484 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  30.3 
 
 
484 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  31.07 
 
 
484 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.85 
 
 
489 aa  211  2e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.22 
 
 
480 aa  202  9.999999999999999e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.54 
 
 
488 aa  194  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.6 
 
 
490 aa  192  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.42 
 
 
517 aa  191  2.9999999999999997e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.26 
 
 
510 aa  189  7e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.27 
 
 
529 aa  189  9e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.33 
 
 
551 aa  188  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  31.39 
 
 
522 aa  187  4e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.54 
 
 
495 aa  187  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  36.07 
 
 
483 aa  186  6e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.88 
 
 
484 aa  186  8e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.44 
 
 
479 aa  185  1.0000000000000001e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.84 
 
 
477 aa  183  6e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.69 
 
 
495 aa  182  8.000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  29.32 
 
 
515 aa  181  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  30.49 
 
 
491 aa  181  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.49 
 
 
459 aa  181  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  29.09 
 
 
515 aa  180  4.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.2 
 
 
511 aa  179  8e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.33 
 
 
479 aa  179  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.86 
 
 
515 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.55 
 
 
466 aa  177  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.06 
 
 
490 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.73 
 
 
474 aa  174  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.34 
 
 
488 aa  174  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  27.75 
 
 
961 aa  173  5e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31 
 
 
507 aa  171  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.01 
 
 
508 aa  171  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.55 
 
 
530 aa  171  4e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  33 
 
 
530 aa  170  4e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.58 
 
 
505 aa  169  7e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.75 
 
 
534 aa  169  1e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.94 
 
 
466 aa  167  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.46 
 
 
486 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  26.61 
 
 
967 aa  164  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.73 
 
 
476 aa  163  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.87 
 
 
527 aa  160  6e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.63 
 
 
515 aa  159  7e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31 
 
 
464 aa  159  8e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.22 
 
 
486 aa  158  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.42 
 
 
529 aa  157  5.0000000000000005e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.33 
 
 
492 aa  156  7e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.8 
 
 
494 aa  156  8e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  28.88 
 
 
963 aa  155  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.03 
 
 
486 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.79 
 
 
480 aa  155  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.68 
 
 
958 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.64 
 
 
511 aa  154  4e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.07 
 
 
496 aa  154  5e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.83 
 
 
466 aa  153  7e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.59 
 
 
484 aa  152  8.999999999999999e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.81 
 
 
486 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.82 
 
 
484 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.99 
 
 
503 aa  151  3e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.95 
 
 
579 aa  150  3e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.18 
 
 
471 aa  150  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.33 
 
 
517 aa  148  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.9 
 
 
497 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.22 
 
 
467 aa  146  7.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  31.02 
 
 
502 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.26 
 
 
465 aa  145  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.27 
 
 
474 aa  145  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.57 
 
 
502 aa  144  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.36 
 
 
460 aa  143  8e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.4 
 
 
789 aa  142  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.85 
 
 
474 aa  139  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.5 
 
 
478 aa  138  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.66 
 
 
492 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.12 
 
 
486 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.57 
 
 
483 aa  137  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.12 
 
 
482 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.12 
 
 
486 aa  136  8e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.5 
 
 
479 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.28 
 
 
529 aa  135  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  27.31 
 
 
462 aa  135  9.999999999999999e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.22 
 
 
470 aa  134  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.7 
 
 
480 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.82 
 
 
463 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.82 
 
 
463 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1177  hypothetical protein  31.02 
 
 
474 aa  131  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.23 
 
 
470 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.63 
 
 
552 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3931  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.73 
 
 
536 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.91 
 
 
573 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.82 
 
 
463 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.96 
 
 
471 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  28.74 
 
 
548 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.2 
 
 
478 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.87 
 
 
470 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  31.73 
 
 
489 aa  127  4.0000000000000003e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.21 
 
 
552 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362513  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>