More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0022 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_0022  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
462 aa  920    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3210  cell wall biogenesis glycosyltransferase-like protein  52.17 
 
 
886 aa  176  7e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0102635  hitchhiker  0.00134579 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0888  cell wall biogenesis glycosyltransferase-like protein  42.62 
 
 
791 aa  158  2e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.876313  normal  0.779648 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  35.34 
 
 
454 aa  86.3  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  36.61 
 
 
385 aa  77.8  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  27.85 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.74 
 
 
917 aa  75.1  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3824  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.5 
 
 
877 aa  75.5  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.668765  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0965  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.41 
 
 
668 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.54558 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1002  diguanylate cyclase  32.41 
 
 
697 aa  74.7  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  37.17 
 
 
453 aa  73.9  0.000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  31.34 
 
 
250 aa  73.6  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2658  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.87 
 
 
641 aa  73.2  0.000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0317  GGDEF family protein  27.45 
 
 
481 aa  72.8  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3599  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.33 
 
 
944 aa  72  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.477673  normal  0.896375 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  28.46 
 
 
590 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  25.68 
 
 
254 aa  71.2  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.88 
 
 
581 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  30.92 
 
 
590 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.06 
 
 
790 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.39 
 
 
766 aa  70.9  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.51 
 
 
596 aa  70.9  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1138  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
827 aa  70.1  0.00000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0051075  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3056  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.41 
 
 
679 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.029022  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  26.56 
 
 
800 aa  70.1  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  31.71 
 
 
601 aa  70.1  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0142  sensory box protein  29.22 
 
 
1069 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2193  diguanylate cyclase  25.2 
 
 
1196 aa  68.9  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.941342  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.5 
 
 
590 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.91 
 
 
667 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000118993  normal  0.446718 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1048  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.25 
 
 
666 aa  68.6  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
1158 aa  68.2  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.48 
 
 
598 aa  68.2  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.77 
 
 
1524 aa  68.2  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.482461  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3642  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.18 
 
 
526 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.1 
 
 
773 aa  68.2  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.44 
 
 
422 aa  68.2  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.64 
 
 
541 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  37.62 
 
 
754 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0610  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.96 
 
 
901 aa  67.8  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.999827  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0952  diguanylate phosphodiesterase  29.69 
 
 
536 aa  67.8  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.658847  normal  0.777357 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.51 
 
 
1107 aa  67.4  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.2 
 
 
594 aa  67.4  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  32.34 
 
 
582 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.22 
 
 
599 aa  67.4  0.0000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.2 
 
 
594 aa  67.4  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.62 
 
 
754 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.98 
 
 
960 aa  67  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0967779  normal  0.228544 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  28.51 
 
 
475 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  34.56 
 
 
372 aa  66.6  0.0000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0228  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.69 
 
 
653 aa  66.6  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.1 
 
 
777 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0584  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.77 
 
 
617 aa  66.6  0.0000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1405  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.91 
 
 
1122 aa  66.6  0.0000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000520478  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.96 
 
 
758 aa  66.6  0.0000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0613125 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.99 
 
 
667 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3354  diguanylate cyclase  30.99 
 
 
667 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.96 
 
 
612 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.14 
 
 
239 aa  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  29.52 
 
 
584 aa  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00525  sensory box/GGDEF family protein  28.78 
 
 
653 aa  66.2  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.737023  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  30.71 
 
 
475 aa  66.2  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.41 
 
 
653 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.69 
 
 
580 aa  65.1  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2928  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.13 
 
 
731 aa  65.5  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0860795  normal  0.145544 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3177  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.84 
 
 
523 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.178264  normal  0.217843 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  32.74 
 
 
426 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.89 
 
 
1016 aa  65.1  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.37 
 
 
613 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  30.48 
 
 
382 aa  65.1  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  33.19 
 
 
447 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.37 
 
 
613 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.08 
 
 
615 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2992  diguanylate phosphodiesterase  26.67 
 
 
387 aa  64.7  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  30.86 
 
 
403 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3445  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.2 
 
 
1094 aa  65.1  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0616  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.25 
 
 
674 aa  64.7  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4485  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.63 
 
 
907 aa  64.7  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253902  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.52 
 
 
616 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  26.99 
 
 
284 aa  64.7  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  33.63 
 
 
426 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  29.84 
 
 
592 aa  65.1  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  32.3 
 
 
426 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  33.63 
 
 
426 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  30.86 
 
 
403 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.68 
 
 
572 aa  64.3  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.78 
 
 
734 aa  64.3  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  30.86 
 
 
427 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  30.77 
 
 
413 aa  64.7  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  29.44 
 
 
425 aa  64.3  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  33.73 
 
 
306 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.23 
 
 
584 aa  64.3  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36 
 
 
754 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0553  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.37 
 
 
699 aa  63.9  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  32.29 
 
 
424 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  27.4 
 
 
529 aa  64.3  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.88 
 
 
613 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2566  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.22 
 
 
649 aa  63.9  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0181477 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2291  diguanylate cyclase  29.78 
 
 
651 aa  63.9  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.05 
 
 
1077 aa  63.9  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0355057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>