More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0002 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
366 aa  723    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.37 
 
 
369 aa  169  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.03 
 
 
375 aa  155  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.4 
 
 
368 aa  133  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.66 
 
 
365 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.9 
 
 
372 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.33 
 
 
372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.38 
 
 
366 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.9 
 
 
368 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  25.68 
 
 
366 aa  126  7e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000108126  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.36 
 
 
372 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  27.81 
 
 
372 aa  125  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.66 
 
 
366 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  26.83 
 
 
368 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  27.27 
 
 
366 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.12 
 
 
402 aa  124  4e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  26.03 
 
 
368 aa  123  5e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.39 
 
 
366 aa  123  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.04 
 
 
366 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.04 
 
 
366 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.04 
 
 
366 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.04 
 
 
366 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.36 
 
 
372 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.91 
 
 
372 aa  122  9e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.81 
 
 
372 aa  122  9e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.75 
 
 
368 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.78 
 
 
366 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  27.78 
 
 
366 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  27.66 
 
 
366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.93 
 
 
365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  23.53 
 
 
367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.78 
 
 
366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.86 
 
 
374 aa  121  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  28 
 
 
372 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.13 
 
 
366 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  27.59 
 
 
366 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.65 
 
 
367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.47 
 
 
372 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  24.74 
 
 
385 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  26.61 
 
 
366 aa  118  1.9999999999999998e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.86 
 
 
366 aa  117  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  27.89 
 
 
378 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.6 
 
 
366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  26.37 
 
 
372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  28.34 
 
 
372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  26.15 
 
 
366 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.15 
 
 
366 aa  116  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  26.15 
 
 
366 aa  116  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.15 
 
 
366 aa  116  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  26.15 
 
 
366 aa  116  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  26.15 
 
 
366 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  26.15 
 
 
366 aa  116  5e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  26.15 
 
 
366 aa  116  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  26.15 
 
 
366 aa  116  5e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.47 
 
 
372 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.06 
 
 
374 aa  116  6e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  24.33 
 
 
366 aa  116  6e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  23.97 
 
 
385 aa  116  6e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  28.15 
 
 
371 aa  115  7.999999999999999e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  25.88 
 
 
366 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  25.88 
 
 
366 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.53 
 
 
367 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  25.88 
 
 
366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  25.88 
 
 
366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.75 
 
 
370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  25.88 
 
 
366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  24.06 
 
 
366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.6 
 
 
366 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.86 
 
 
372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  26.87 
 
 
367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.02 
 
 
396 aa  114  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.17 
 
 
386 aa  114  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 
366 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.84 
 
 
378 aa  114  3e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.34 
 
 
366 aa  114  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 
366 aa  114  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.27 
 
 
366 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0535  DNA polymerase III, beta subunit  22.13 
 
 
366 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 
366 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  26.26 
 
 
367 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.79 
 
 
367 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.04 
 
 
408 aa  113  5e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  25.94 
 
 
366 aa  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  23.45 
 
 
385 aa  113  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.94 
 
 
366 aa  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  25.94 
 
 
366 aa  113  6e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.54 
 
 
365 aa  112  8.000000000000001e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.74 
 
 
388 aa  112  9e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.61 
 
 
374 aa  112  1.0000000000000001e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.5 
 
 
367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.07 
 
 
367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  26.6 
 
 
390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  27.15 
 
 
366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.51 
 
 
372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  26.53 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.08 
 
 
379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.04 
 
 
374 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.59 
 
 
367 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.89 
 
 
374 aa  111  3e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 
375 aa  110  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>