More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeh_1069 on replicon NC_007760
Organism: Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
300 aa  604  9.999999999999999e-173  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  98.33 
 
 
300 aa  596  1e-169  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  98.33 
 
 
300 aa  595  1e-169  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  88.22 
 
 
299 aa  535  1e-151  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  65.4 
 
 
307 aa  388  1e-107  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  66.78 
 
 
307 aa  386  1e-106  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  66.78 
 
 
307 aa  385  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  65.98 
 
 
307 aa  381  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  52.33 
 
 
285 aa  268  7e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  50.88 
 
 
279 aa  267  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  52.35 
 
 
285 aa  268  1e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  51.81 
 
 
280 aa  263  4e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  49.13 
 
 
284 aa  261  1e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  49.48 
 
 
292 aa  259  4e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  49.64 
 
 
286 aa  255  5e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  49.29 
 
 
280 aa  247  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.67 
 
 
282 aa  238  8e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  46.69 
 
 
306 aa  230  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  44.13 
 
 
295 aa  230  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.53 
 
 
350 aa  227  2e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  44.28 
 
 
299 aa  227  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.27 
 
 
285 aa  226  4e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  45.32 
 
 
300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  43.7 
 
 
295 aa  224  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  43.12 
 
 
295 aa  223  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  43.21 
 
 
296 aa  222  7e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  44.03 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  45.52 
 
 
297 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  45.15 
 
 
297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1929  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.51 
 
 
309 aa  220  3e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  45.52 
 
 
296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  45.15 
 
 
297 aa  219  5e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  45.15 
 
 
297 aa  219  5e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  44.22 
 
 
300 aa  219  6e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  42.96 
 
 
309 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  45.15 
 
 
296 aa  218  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  43.11 
 
 
311 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  43.11 
 
 
311 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  43.11 
 
 
311 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  43.11 
 
 
311 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  43.11 
 
 
311 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  43.16 
 
 
311 aa  216  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  42.76 
 
 
311 aa  215  7e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  44.12 
 
 
299 aa  215  8e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6145  RNA polymerase factor sigma-32  43.11 
 
 
311 aa  215  9e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1634  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.7 
 
 
307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.201615  normal  0.773763 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  43.36 
 
 
281 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  44.12 
 
 
299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  44.12 
 
 
299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  43.53 
 
 
326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000423948  unclonable  0.00000794083 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  42.47 
 
 
283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  44.24 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  43.21 
 
 
303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  44.12 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.59 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  41.26 
 
 
356 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000354786  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  41.9 
 
 
360 aa  212  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331512  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  43.75 
 
 
299 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  42.35 
 
 
298 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  42.35 
 
 
298 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  41.43 
 
 
281 aa  211  7.999999999999999e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  43.3 
 
 
298 aa  211  9e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  43.55 
 
 
299 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0477  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.64 
 
 
474 aa  210  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0144971 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.09 
 
 
340 aa  211  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  42.05 
 
 
309 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  43.7 
 
 
298 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  42.11 
 
 
309 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2845  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.61 
 
 
311 aa  211  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0547  RNA polymerase factor sigma-32  42.05 
 
 
311 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118318  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0107  RNA polymerase factor sigma-32  42.05 
 
 
311 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3138  RNA polymerase factor sigma-32  42.05 
 
 
311 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  43.75 
 
 
299 aa  210  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  42.05 
 
 
311 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3522  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.56 
 
 
321 aa  209  3e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1481  RNA polymerase factor sigma-32  42.05 
 
 
311 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0563  RNA polymerase factor sigma-32  42.05 
 
 
311 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2909  RNA polymerase factor sigma-32  42.05 
 
 
311 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  42.86 
 
 
303 aa  209  4e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  43.21 
 
 
308 aa  209  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  42.86 
 
 
303 aa  209  5e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  42.21 
 
 
306 aa  207  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0456  RNA polymerase factor sigma-32  41.7 
 
 
311 aa  208  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  42.5 
 
 
299 aa  207  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  42.81 
 
 
285 aa  208  1e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  40.99 
 
 
307 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.24 
 
 
389 aa  207  1e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  43.05 
 
 
301 aa  207  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  42.76 
 
 
286 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  42.51 
 
 
300 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  41.14 
 
 
302 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  40.7 
 
 
311 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  43.17 
 
 
301 aa  206  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2545  RNA polymerase sigma-70  45.32 
 
 
357 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0762323  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  41.3 
 
 
298 aa  206  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1859  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.64 
 
 
356 aa  206  4e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.539066  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  41.7 
 
 
311 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.12 
 
 
303 aa  205  6e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2641  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.17 
 
 
322 aa  205  7e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535725  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  41.22 
 
 
303 aa  205  7e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>