109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeg_R0047 on replicon NC_013385
Organism: Ammonifex degensii KC4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  94.94 
 
 		 75 bp  123  6e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0017  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.233738  normal  0.0801926 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0032  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  86.08 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  86.08 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0086  tRNA-Arg  84.81 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0052  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.108148  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  84.81 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0065  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0069  tRNA-Arg  84.21 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0034  tRNA-Arg  84.21 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00361303  normal  0.0286488 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  84 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0019  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.414165 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0091  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000528633  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0048  tRNA-Arg  84 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0506396  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0049  tRNA-Arg  84.06 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.428212 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0016  tRNA-Arg  84.06 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0798603  decreased coverage  0.00114239 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0001  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.179964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0014  tRNA-Arg  84.06 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0043  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.473325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0060  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0055  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.763699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0047  tRNA-Arg  82.89 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0083  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19370  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0058  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0094  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0005  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00128122  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0057  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00918758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0017  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.121819  normal  0.240966 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>