More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeg_1659 on replicon NC_013385
Organism: Ammonifex degensii KC4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
303 aa  606  9.999999999999999e-173  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  49.62 
 
 
310 aa  261  1e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  48.63 
 
 
309 aa  260  2e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  45.72 
 
 
305 aa  236  3e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 
309 aa  232  7.000000000000001e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  41.96 
 
 
294 aa  226  4e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  47.88 
 
 
305 aa  225  6e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  39.79 
 
 
283 aa  225  9e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  45.14 
 
 
297 aa  222  6e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  42.77 
 
 
304 aa  218  7e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  41.04 
 
 
302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  44.9 
 
 
306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  39.87 
 
 
307 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1447  tRNA pseudouridine synthase B  42.69 
 
 
299 aa  209  4e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000785982  normal  0.274975 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  43.08 
 
 
300 aa  209  7e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  39.22 
 
 
307 aa  208  8e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  42.13 
 
 
303 aa  206  3e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 
307 aa  206  4e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  38.56 
 
 
307 aa  206  5e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 
300 aa  206  5e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  39.22 
 
 
307 aa  206  5e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 
307 aa  205  9e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  38.56 
 
 
307 aa  204  1e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 
307 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 
307 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 
307 aa  203  3e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 
300 aa  202  4e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  41.75 
 
 
301 aa  202  5e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  43.82 
 
 
292 aa  202  8e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  38.56 
 
 
307 aa  200  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  40.72 
 
 
302 aa  198  7e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  42.33 
 
 
310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  44.25 
 
 
303 aa  197  3e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 
300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 
294 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  47.55 
 
 
315 aa  195  7e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 
294 aa  195  8.000000000000001e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  48.25 
 
 
371 aa  195  9e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  48.62 
 
 
313 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  48.22 
 
 
313 aa  193  2e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  48.22 
 
 
313 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  42.18 
 
 
304 aa  192  8e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  40.33 
 
 
299 aa  191  9e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  46.22 
 
 
295 aa  189  4e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 
297 aa  189  7e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  43.6 
 
 
301 aa  188  1e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  41.6 
 
 
293 aa  186  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  42.57 
 
 
308 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  42.57 
 
 
308 aa  186  5e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  45.82 
 
 
295 aa  186  5e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  37.41 
 
 
298 aa  186  5e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  38.85 
 
 
307 aa  185  7e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  43.27 
 
 
318 aa  183  3e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  37.17 
 
 
304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 
299 aa  182  6e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  44.8 
 
 
308 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 
310 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  43.12 
 
 
314 aa  179  7e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 
310 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  41.22 
 
 
304 aa  178  9e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 
301 aa  177  1e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  42.55 
 
 
299 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  40.68 
 
 
293 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  40.68 
 
 
293 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  35.47 
 
 
308 aa  177  3e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  42.71 
 
 
310 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  41.6 
 
 
291 aa  176  4e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  41.8 
 
 
306 aa  176  5e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  37.89 
 
 
294 aa  176  6e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  37.63 
 
 
309 aa  175  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  38.68 
 
 
323 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1415  tRNA pseudouridine synthase B  43.45 
 
 
265 aa  174  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334463  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  36.73 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 
280 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  41.79 
 
 
311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  37.63 
 
 
309 aa  172  3.9999999999999995e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  40.94 
 
 
295 aa  172  3.9999999999999995e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  37.65 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  37.65 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  42.76 
 
 
328 aa  171  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 
310 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  31.51 
 
 
317 aa  171  1e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  41.07 
 
 
311 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  41.07 
 
 
302 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  41.07 
 
 
321 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  41.07 
 
 
321 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  41.34 
 
 
310 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  41.07 
 
 
302 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  41.34 
 
 
310 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  41.07 
 
 
302 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  42.34 
 
 
310 aa  170  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  37.79 
 
 
309 aa  170  3e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  41.43 
 
 
309 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  41.07 
 
 
302 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  38.21 
 
 
313 aa  169  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  39.2 
 
 
368 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1212  tRNA pseudouridine synthase B  32.62 
 
 
288 aa  169  4e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.977984  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  34.47 
 
 
314 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  41.87 
 
 
366 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  36.96 
 
 
307 aa  169  5e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>