More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeg_1541 on replicon NC_013385
Organism: Ammonifex degensii KC4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  100 
 
 
232 aa  461  1e-129  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  53.71 
 
 
233 aa  260  2e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  53.1 
 
 
227 aa  250  2e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  51.77 
 
 
230 aa  238  5e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  52.89 
 
 
228 aa  237  1e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  50 
 
 
236 aa  234  9e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  50.92 
 
 
226 aa  229  3e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  58.48 
 
 
229 aa  226  2e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  56.76 
 
 
227 aa  224  7e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  50.46 
 
 
226 aa  224  9e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  50 
 
 
225 aa  223  2e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  50 
 
 
225 aa  222  3e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  50.46 
 
 
225 aa  221  8e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  50.46 
 
 
225 aa  221  8e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  50 
 
 
225 aa  221  8e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  50.46 
 
 
225 aa  221  8e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  50 
 
 
225 aa  221  9e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  50 
 
 
225 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  53.15 
 
 
234 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  49.08 
 
 
225 aa  218  6e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1307  DNA repair protein RadC  51.1 
 
 
231 aa  218  7e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00169173  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  47.09 
 
 
229 aa  215  5.9999999999999996e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  48.26 
 
 
235 aa  214  7e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0777  DNA repair protein RadC  52.75 
 
 
229 aa  212  4.9999999999999996e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  46.15 
 
 
229 aa  207  1e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  46.43 
 
 
227 aa  205  6e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  45.54 
 
 
227 aa  204  1e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0037  DNA repair protein RadC  51.56 
 
 
233 aa  201  6e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0767  DNA repair protein RadC  50.67 
 
 
233 aa  201  8e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  49.54 
 
 
228 aa  200  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  45.37 
 
 
241 aa  200  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  48.44 
 
 
227 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  45.54 
 
 
228 aa  198  5e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  49.04 
 
 
233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  42.92 
 
 
228 aa  196  2.0000000000000003e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  44.14 
 
 
229 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  46.4 
 
 
228 aa  196  3e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2376  DNA repair protein RadC  42.22 
 
 
232 aa  194  8.000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000665213  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  48 
 
 
231 aa  193  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  47.56 
 
 
230 aa  193  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  47.56 
 
 
231 aa  191  1e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  47.51 
 
 
229 aa  187  9e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  49.56 
 
 
229 aa  187  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  46.15 
 
 
227 aa  187  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  43.69 
 
 
228 aa  186  2e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  41.86 
 
 
227 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  43.44 
 
 
222 aa  184  7e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  44.39 
 
 
223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  45 
 
 
224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  42.79 
 
 
245 aa  178  8e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2262  DNA repair proteins  44.78 
 
 
206 aa  175  7e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.195306  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  42.13 
 
 
242 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  44.44 
 
 
222 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  43.64 
 
 
224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  41.26 
 
 
224 aa  171  6.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  42.45 
 
 
225 aa  171  9e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  43.11 
 
 
223 aa  171  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  43.3 
 
 
224 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  39.3 
 
 
222 aa  169  2e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  43.3 
 
 
224 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  42.73 
 
 
224 aa  169  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1778  DNA repair protein RadC  39.57 
 
 
243 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.69629 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  40.81 
 
 
224 aa  169  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  43.05 
 
 
224 aa  169  4e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  43.18 
 
 
224 aa  168  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2667  DNA repair protein RadC  41 
 
 
243 aa  168  7e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.391418  normal  0.581751 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  44.08 
 
 
224 aa  168  8e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0172  DNA repair protein RadC  41.28 
 
 
243 aa  167  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00178125  normal  0.223385 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  42.08 
 
 
222 aa  167  1e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  42.67 
 
 
223 aa  167  1e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2073  DNA repair protein RadC  40 
 
 
243 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545763 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  43.18 
 
 
224 aa  167  1e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0391  DNA repair protein RadC  40.43 
 
 
243 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4541  DNA repair protein  47.75 
 
 
186 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0400  DNA repair protein RadC  40.43 
 
 
243 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.161465  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  45.25 
 
 
224 aa  167  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  41.78 
 
 
223 aa  166  2e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  43.33 
 
 
215 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  43.33 
 
 
222 aa  165  5.9999999999999996e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  42.73 
 
 
224 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  42.25 
 
 
224 aa  164  9e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  42.6 
 
 
224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3170  DNA repair protein RadC  48.3 
 
 
185 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  43.44 
 
 
223 aa  163  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  40.81 
 
 
224 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  42.79 
 
 
228 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  42.25 
 
 
224 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  41.31 
 
 
238 aa  162  6e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  40.81 
 
 
224 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 
224 aa  160  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0215  DNA repair protein RadC  39.51 
 
 
213 aa  160  1e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0147  DNA repair protein RadC  48.04 
 
 
226 aa  160  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  40.36 
 
 
224 aa  160  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  41.01 
 
 
224 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0983  DNA repair protein RadC  47.47 
 
 
231 aa  159  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  43.06 
 
 
221 aa  160  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 
224 aa  159  5e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 
223 aa  159  5e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  37.73 
 
 
224 aa  158  7e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  42.41 
 
 
225 aa  158  7e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>