More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeg_0396 on replicon NC_013385
Organism: Ammonifex degensii KC4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013385  Adeg_0396  DNA repair protein RadA  100 
 
 
443 aa  880  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  50.95 
 
 
457 aa  446  1e-124  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  54.02 
 
 
449 aa  445  1e-124  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  54.93 
 
 
445 aa  446  1e-124  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  49.89 
 
 
458 aa  441  1e-123  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  49.44 
 
 
458 aa  439  1e-122  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  49.44 
 
 
458 aa  439  1e-122  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  49.44 
 
 
458 aa  439  1e-122  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  49.44 
 
 
458 aa  440  1e-122  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  49.67 
 
 
453 aa  441  1e-122  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  49.44 
 
 
458 aa  439  1e-122  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  49.44 
 
 
458 aa  439  1e-122  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  49.44 
 
 
458 aa  439  1e-122  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  49.44 
 
 
458 aa  440  1e-122  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  49.44 
 
 
458 aa  437  1e-121  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  49.34 
 
 
457 aa  437  1e-121  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  49.44 
 
 
458 aa  437  1e-121  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  52.33 
 
 
453 aa  434  1e-120  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  50.66 
 
 
484 aa  432  1e-120  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  50.48 
 
 
454 aa  431  1e-120  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  48.67 
 
 
457 aa  433  1e-120  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  47.46 
 
 
454 aa  434  1e-120  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  51.97 
 
 
465 aa  431  1e-119  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  55.16 
 
 
489 aa  429  1e-119  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  50.34 
 
 
449 aa  427  1e-118  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  48.33 
 
 
454 aa  426  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  48.33 
 
 
454 aa  426  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  52.13 
 
 
450 aa  424  1e-117  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  50.9 
 
 
453 aa  424  1e-117  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  7.66532e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  48.46 
 
 
459 aa  423  1e-117  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02144e-10 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  51.11 
 
 
460 aa  424  1e-117  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.85269e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  49 
 
 
457 aa  421  1e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  51 
 
 
476 aa  416  1e-115  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  49.78 
 
 
448 aa  416  1e-115  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0158  DNA repair protein RadA  46.77 
 
 
456 aa  415  1e-115  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00234882  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  51.45 
 
 
450 aa  415  1e-115  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.97198e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  50.72 
 
 
452 aa  413  1e-114  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  51.02 
 
 
449 aa  414  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  48.88 
 
 
448 aa  412  1e-114  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  46.98 
 
 
451 aa  410  1e-113  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  2.62714e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0956  DNA repair protein RadA  46.86 
 
 
517 aa  407  1e-112  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0419823 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  47.61 
 
 
446 aa  405  1e-112  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01471  DNA repair protein RadA  45.9 
 
 
461 aa  406  1e-112  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  47.8 
 
 
470 aa  406  1e-112  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  51.4 
 
 
453 aa  402  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  48.34 
 
 
514 aa  404  1e-111  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0309  DNA repair protein RadA  49.55 
 
 
465 aa  404  1e-111  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.503927  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2178  DNA repair protein RadA  51.06 
 
 
463 aa  402  1e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.965225  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  48.34 
 
 
514 aa  404  1e-111  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1803  DNA repair protein RadA  51.43 
 
 
415 aa  405  1e-111  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  48.66 
 
 
453 aa  401  1e-110  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  46.65 
 
 
520 aa  400  1e-110  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  49.57 
 
 
462 aa  401  1e-110  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1479  DNA repair protein RadA  45.09 
 
 
457 aa  400  1e-110  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0327327  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0058  DNA repair protein RadA  47.33 
 
 
462 aa  400  1e-110  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_58  DNA repair protein RadA  47.1 
 
 
462 aa  399  1e-110  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  48.45 
 
 
452 aa  396  1e-109  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0406  DNA repair protein RadA  47.47 
 
 
454 aa  398  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.509389  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2430  DNA repair protein RadA  45.56 
 
 
453 aa  397  1e-109  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  44.83 
 
 
507 aa  395  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  47.68 
 
 
455 aa  396  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  47.67 
 
 
453 aa  398  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  45.33 
 
 
453 aa  394  1e-108  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  48.32 
 
 
448 aa  392  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0052  DNA repair protein RadA  48.72 
 
 
464 aa  392  1e-108  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.980062  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 
451 aa  394  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  47.45 
 
 
453 aa  394  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1452  DNA repair protein RadA  48.31 
 
 
478 aa  394  1e-108  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00987951 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2383  DNA repair protein RadA  51.76 
 
 
465 aa  392  1e-108  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  47.46 
 
 
457 aa  394  1e-108  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  47.24 
 
 
455 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  47.56 
 
 
452 aa  395  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  45.18 
 
 
457 aa  395  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  48.24 
 
 
456 aa  389  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02051  DNA repair protein RadA  45.21 
 
 
459 aa  390  1e-107  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.169271  normal  0.619218 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  45.47 
 
 
455 aa  391  1e-107  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1499  DNA repair protein RadA  45.21 
 
 
459 aa  389  1e-107  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  47.12 
 
 
453 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  47.02 
 
 
455 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 
456 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  46.49 
 
 
455 aa  389  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1401  DNA repair protein RadA  49.78 
 
 
455 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227517  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 
456 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1188  DNA repair protein RadA  47.67 
 
 
458 aa  385  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  47.12 
 
 
453 aa  388  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  48.34 
 
 
462 aa  386  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  47.02 
 
 
477 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3667  DNA repair protein RadA  46.71 
 
 
460 aa  382  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.696085 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0667  DNA repair protein RadA  46.84 
 
 
461 aa  385  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0548  DNA repair protein RadA  46.27 
 
 
461 aa  383  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.342744 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4936  DNA repair protein RadA  46.71 
 
 
460 aa  382  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1372  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 
456 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.232721  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0584  DNA repair protein RadA  44.26 
 
 
518 aa  384  1e-105  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.50622  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2476  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 
458 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409258  hitchhiker  2.51063e-05 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  46.36 
 
 
451 aa  383  1e-105  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  6.55938e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4938  DNA repair protein RadA  46.71 
 
 
460 aa  382  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.664332 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0510  DNA repair protein RadA  46.27 
 
 
458 aa  382  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.150975  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  45.86 
 
 
451 aa  385  1e-105  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.21912e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4988  DNA repair protein RadA  46.71 
 
 
460 aa  382  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04265  predicted repair protein  46.71 
 
 
460 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>