More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeg_0089 on replicon NC_013385
Organism: Ammonifex degensii KC4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
215 aa  431  1e-120  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.87 
 
 
205 aa  203  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.22 
 
 
203 aa  201  5e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  58.86 
 
 
200 aa  189  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0132  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.53 
 
 
194 aa  184  1e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  1.56135e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.26 
 
 
206 aa  163  2e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.67 
 
 
220 aa  150  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.3 
 
 
193 aa  149  4e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.77 
 
 
200 aa  142  5e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.54 
 
 
200 aa  140  1e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.16 
 
 
200 aa  138  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.66 
 
 
200 aa  135  7e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  40.46 
 
 
190 aa  133  2e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4933  RNA polymerase sigma factor RpoE  45.56 
 
 
218 aa  132  4e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.366814 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1640  RNA polymerase sigma factor RpoE  43.79 
 
 
221 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.651448  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4185  ECF subfamily RNA polymerase sigma 24 subunit  45.56 
 
 
218 aa  130  2e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.465475  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.11 
 
 
195 aa  127  1e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  43.58 
 
 
187 aa  127  2e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1857  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  43.35 
 
 
201 aa  127  2e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.389355  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1923  RNA polymerase sigma factor RpoE  43.65 
 
 
218 aa  127  2e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.802306  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5146  RNA polymerase sigma factor RpoE  43.2 
 
 
219 aa  126  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  5.4492e-25 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06430  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  41.99 
 
 
197 aa  126  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  36.72 
 
 
183 aa  125  6e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  5.64665e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.31 
 
 
232 aa  124  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0582871  normal  0.0116011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.44 
 
 
184 aa  123  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.64 
 
 
223 aa  123  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  4.67073e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.11 
 
 
206 aa  123  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.41 
 
 
192 aa  123  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1826  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.08 
 
 
235 aa  122  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.184258  normal  0.243335 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.78 
 
 
222 aa  122  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4749  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.16 
 
 
204 aa  122  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2921  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.45 
 
 
195 aa  122  5e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.55 
 
 
202 aa  122  6e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0795  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.37 
 
 
194 aa  120  1e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.27 
 
 
206 aa  120  1e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.27 
 
 
206 aa  120  1e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4370  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.44 
 
 
218 aa  120  2e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.338054  normal  0.0299236 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1067  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.76 
 
 
215 aa  120  2e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0267044  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  39.04 
 
 
204 aa  119  2e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8416  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.03 
 
 
210 aa  120  2e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0723517  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2077  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.25 
 
 
197 aa  120  2e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  1.18183e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.11 
 
 
193 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.19 
 
 
193 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0335  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.76 
 
 
217 aa  119  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0811  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.77 
 
 
177 aa  119  3e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0504  RNA polymerase sigma factor SigE  43.11 
 
 
191 aa  119  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.221643  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.11 
 
 
193 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.19 
 
 
193 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  3.1272e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0342  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.76 
 
 
217 aa  119  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.63 
 
 
193 aa  119  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.11 
 
 
193 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.11 
 
 
193 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1123  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.24 
 
 
196 aa  119  5e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.31 
 
 
193 aa  119  5e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1210  RNA polymerase sigma factor SigE  41.9 
 
 
230 aa  118  6e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.380405  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.5 
 
 
192 aa  118  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0459  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.13 
 
 
199 aa  118  6e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.11 
 
 
201 aa  118  6e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4008  RNA polymerase sigma factor SigE  39.13 
 
 
253 aa  117  1e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.290369  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25900  RNA polymerase, sigma 29 subunit, SigE  42.53 
 
 
234 aa  117  1e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.933402 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  39.13 
 
 
192 aa  117  1e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.96 
 
 
192 aa  116  2e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.89 
 
 
191 aa  116  2e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.91 
 
 
190 aa  117  2e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.99 
 
 
191 aa  117  2e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4068  RNA polymerase sigma factor SigE  39.13 
 
 
260 aa  117  2e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0887025  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.27 
 
 
203 aa  117  2e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00112474  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.81 
 
 
192 aa  117  2e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3994  RNA polymerase sigma factor SigE  39.13 
 
 
260 aa  117  2e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.622546  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.3 
 
 
198 aa  116  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.87 
 
 
193 aa  116  3e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1006  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.11 
 
 
194 aa  115  4e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.8 
 
 
199 aa  115  4e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  36.6 
 
 
193 aa  115  4e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.8 
 
 
199 aa  115  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.23 
 
 
206 aa  115  5e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.04 
 
 
199 aa  115  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.04 
 
 
199 aa  115  5e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.79 
 
 
216 aa  115  5e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4496  RNA polymerase sigma factor SigE  42.44 
 
 
269 aa  115  6e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.11684  normal  0.283711 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3014  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  43.71 
 
 
211 aa  115  6e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.608235  normal  0.939252 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.54 
 
 
208 aa  114  7e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  36.6 
 
 
193 aa  114  8e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  40 
 
 
194 aa  114  9e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2630  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.76 
 
 
186 aa  114  1e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0312805  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.04 
 
 
192 aa  114  1e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3891  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.26 
 
 
204 aa  114  1e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.611109  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.34 
 
 
190 aa  113  2e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2544  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.65 
 
 
187 aa  113  2e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  3.29231e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
192 aa  113  2e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.44 
 
 
224 aa  113  2e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0395  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.23 
 
 
195 aa  113  2e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.01 
 
 
211 aa  113  2e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.94 
 
 
202 aa  113  2e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.592334  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
192 aa  113  2e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
192 aa  113  2e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.41 
 
 
208 aa  113  2e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
199 aa  112  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
192 aa  112  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  7.20782e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  43.53 
 
 
257 aa  112  3e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>