More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_1478 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 
247 aa  489  1e-137  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  70.08 
 
 
264 aa  341  6e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  63.68 
 
 
293 aa  301  5e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  64.38 
 
 
466 aa  300  1e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  61.09 
 
 
598 aa  300  2e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  60.67 
 
 
598 aa  298  5e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.8 
 
 
576 aa  297  8e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  61.92 
 
 
687 aa  295  6e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  61.37 
 
 
499 aa  295  7e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  61.09 
 
 
680 aa  294  1e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  62.93 
 
 
704 aa  293  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  64.22 
 
 
689 aa  292  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  60.25 
 
 
690 aa  292  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.25 
 
 
620 aa  290  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  62.13 
 
 
576 aa  289  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  61.76 
 
 
698 aa  287  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  60.5 
 
 
736 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  60.52 
 
 
743 aa  285  6e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  60.52 
 
 
795 aa  284  8e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  60.94 
 
 
322 aa  281  5e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.15 
 
 
327 aa  280  1e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  57.94 
 
 
296 aa  280  2e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.48 
 
 
609 aa  278  4e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.52 
 
 
466 aa  276  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  57.33 
 
 
372 aa  275  3e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  58.72 
 
 
676 aa  276  3e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.2 
 
 
501 aa  275  4e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.45 
 
 
601 aa  275  5e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.8 
 
 
489 aa  275  6e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  58.3 
 
 
577 aa  274  9e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  58.8 
 
 
508 aa  274  1e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  58.87 
 
 
576 aa  273  2e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  60.52 
 
 
784 aa  272  4e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.87 
 
 
669 aa  271  8e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  57.87 
 
 
674 aa  271  9e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  56.6 
 
 
422 aa  270  1e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.32 
 
 
528 aa  270  2e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.08 
 
 
457 aa  269  3e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  56.77 
 
 
286 aa  256  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  54.62 
 
 
285 aa  246  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  51.64 
 
 
270 aa  243  2e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  44.68 
 
 
736 aa  166  3e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20893  predicted protein  40 
 
 
331 aa  164  1e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.775902  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.78 
 
 
686 aa  164  2e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.35 
 
 
290 aa  160  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.62 
 
 
292 aa  160  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  41.56 
 
 
289 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  42.62 
 
 
292 aa  160  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  43.44 
 
 
556 aa  157  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  40.71 
 
 
239 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.24724e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  44.09 
 
 
624 aa  156  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.15 
 
 
247 aa  155  4e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.45 
 
 
258 aa  154  9e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  8.97909e-06  hitchhiker  2.06079e-07 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  42.27 
 
 
274 aa  154  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  42.66 
 
 
567 aa  154  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 
355 aa  153  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  41.86 
 
 
417 aa  153  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  41.03 
 
 
253 aa  152  3e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.99 
 
 
301 aa  152  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  41.86 
 
 
587 aa  152  4e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  39.66 
 
 
298 aa  152  6e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.45 
 
 
299 aa  151  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  5.12691e-07 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.95 
 
 
325 aa  151  1e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.51 
 
 
318 aa  150  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  39.42 
 
 
248 aa  150  1e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  39.42 
 
 
248 aa  150  1e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.53 
 
 
294 aa  150  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.47 
 
 
328 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.51 
 
 
344 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  39.73 
 
 
271 aa  150  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  38.33 
 
 
266 aa  150  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  2.12991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  38.33 
 
 
266 aa  150  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.80053e-32 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.51 
 
 
344 aa  149  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.99 
 
 
291 aa  149  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  4.02657e-07 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.56 
 
 
291 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.99 
 
 
291 aa  149  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.56 
 
 
291 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  3.05854e-06 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.99 
 
 
290 aa  149  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.99 
 
 
290 aa  149  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  3.16134e-07 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.99 
 
 
291 aa  149  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  6.61811e-13 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.69 
 
 
289 aa  149  4e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.56 
 
 
291 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.74 
 
 
290 aa  149  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  41.99 
 
 
291 aa  149  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.56 
 
 
291 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  3.24002e-05 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.41 
 
 
294 aa  149  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.56 
 
 
291 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  5.21291e-13 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  41.99 
 
 
291 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  41.99 
 
 
291 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  39.2 
 
 
278 aa  149  4e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.73 
 
 
332 aa  149  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.13 
 
 
291 aa  149  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  3.12166e-05 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  40 
 
 
527 aa  148  9e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  40.6 
 
 
287 aa  147  2e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  39.74 
 
 
288 aa  146  2e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  40.17 
 
 
295 aa  146  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0608  pseudouridine synthase, Rsu  41.23 
 
 
310 aa  146  3e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.543804  normal  0.283386 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  39.74 
 
 
291 aa  145  4e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  38.75 
 
 
380 aa  146  4e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  40.17 
 
 
290 aa  146  4e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>